玄晔率军回到阳谷城，青龙寨的缴获与磨石寨差不了仿佛，钱粮物资收获颇丰，俘虏共有七八百人，剔除老弱奸邪之辈，全部扔进新兵营进行训练和洗脑。
如此一来，加上不断归附的散兵和流民，阳谷城已然是足兵足食了。原来的组织和构架已然不敷使用了。
就兵制而言，狮耳山玄晔建立部曲制度，匆忙而已，止有框架，并未完备。战兵兵种有三：刀盾、长矛、弓弩，各占三分，这种分配比例只图简单省事，却不科学。辅兵只有火兵，辎兵，尚不足数。另有亲兵护卫，斥候若干，仅此而已。
“一军之制，若人之身体，须有首脑，眼耳口鼻之属，辅以肺、腑、肝、脏、筋脉、血肉等，外加手足、肌肤毛发，方能立于世，行动有方。
“一军首脑，是为主官，如营校尉、部司马、曲军候、屯将，须有幕僚（参谋）为佐助。
“心腹之事如：文书起草、兵籍登记、军法执事、军功核查、官兵教化培训、后勤钱粮、粮草收集储运、烧火做饭、修路架桥、修营立寨等等，须有机构，置属官主之。
“眼耳口鼻之属：军情收集如密探，前军耳目如斥候，通信传令如鼓手、旗手、传令兵，主将护卫等。
“手足则是战兵，刀矛弓弩，止为步卒，必有所漏，各兵种占比几何，如何配合编制。另须有骑兵补阙。如今，占据一城一乡，亦有治民之责，其官属如何设置，均需慎而思之。”
这些机构和制度终究是要尽早设立，否则只能沦为流寇山贼之辈，无能为大事。于是，玄晔召集徐杰、诸葛昝、臧袭、周达等高级军官和幕僚进行商议。
改革军制，这个议题一经提出，便遭到诸位将官的冷遇，他们此前不过斗食小吏或山贼之属，哪里会考虑这些问题。一时四下寂静，良久，徐杰方才提议，可循汉军旧制行事。
对此，玄晔虽然不是专业的军校生，也没有完备军事知识，此前的建军措施不过是摸着石头过河，但是依然对此时汉军的组织结构有一些看法，或者说他欲建立近现代化的军事组织。
“其一：汉军只有将军级别，才配有幕僚机构，充当全军的首脑，主持整支军队的运转。次级军官如部、曲、屯、队只有亲兵，充当其耳目，或探查敌情，或充当护卫，或为其传令，或为其参谋，或为其破阵主力等。可以说亲兵承担了中下级指挥机构的所有职能。”
说到此，玄晔毫不隐晦道：“汉军规定，亲兵部曲为将之所领军队总数的十分之一二，亲兵为将领的私兵。因此各级将领，都把军饷物资向自己的亲兵倾斜，甚至倾全军之力，供养亲兵，以至于整支军队只有将领的亲兵可堪一战。亲兵只忠于自己的将军，佣兵自重，由此可见端倪。”
玄晔是决意要杜绝这种军事体制的，军队为公器，岂能用国家之财力供养私兵，虽然一定会有将领反对，但为今后计，也要坚决改革。并且在此前已经在着手了，设立了由孙仁主导的亲兵队，专职训练将领的亲兵护卫，由玄晔统一调配、轮换，严禁私募亲兵，而且数量大为减少，仅供护卫兼做传令兵。
此外，玄晔的将军本部也要设立专门的参谋幕僚机构，并且把幕僚机构下放到营、部甚至曲一级，以储备中层军事干部，方便日后扩军。这也是基于现阶段，用兵规模小且多路出击的实情，必须赋予部、曲独立指挥出征的能力。其职能必须囊括：后勤运输、战和决策、文书往来、军纪监督、战功登记等等。
想法是美好的，真正实行起来却困难重重，就当前而言，如此多的文职官员，从何而来，这些人都是要读书识字并且有一定军事常识的人才能胜任的！
“其二：后勤系统，这是古今以来军队普遍的弱点。不得不说，这个弱点是致命的，古今很多著名的战役都是围绕着后勤粮草较量，从中分出胜负的。
“秦赵长平之战，多达四十万赵军被全歼，秦军是如何做到的呢？利用地利是一方面。此次，其实秦军不需要把赵军围死，也不可能围死，只要把赵军的后勤补线给切断，赵军人数越多，反而饿死得就越快！既如此，那么有人问赵军难道不能向其它方向突围么？关键是其它地方没粮啊，太行山方圆数百里，几十万人就算突出去了吃什么？
“况且，赵王为什么要临阵换帅？他难道真的不知廉颇之能，赵括之实？一国之君，怎能凭敌国只言片语而更换军前统帅数十万军队的主将？盖因长平对峙，经年累月，数十万大军的粮草物资供应，地小民疲的赵国如何顶得住？如若不战，待粮草耗尽，赵军将不败而败，不如放手一搏。打仗打得就是国力，诚如是。”
此例子一说，众人皆点头称是，若有所思。
其实最显著的例子就是曹操，他这个人最好劫人粮道，官渡之战不胜而胜，他却不能说。
问题已经很明显了：一，冷兵器时代，大兵团人员密集作战，单位时间内，单个地点，需要大批粮草物资；
二，刀枪箭戟，或磨损、折断，损耗巨大，一战下来，几乎要更换三分之一的刀矛弓剑，另外箭矢损耗巨大，数十万支箭，顷刻便射将出去。
三，路况太差，运具落后。这时代都是土石路面，且年久失修，晴天灰尘满地，雨时泥泞不堪；牛车老马不堪重负，肩扛手提，人吃马嚼，耗费巨大。千里运粮，十不存一，何况军辎。
四，古代战争的粮草物资都是临时征调民夫运输的，粮草官也是临时任命的，军队没有专门的后勤供应系统，更没有专业的运输团队。
五，全军粮草一般都集中在中军部，或者在后军部。一旦前、中、后各部，被敌人分割切断，队伍就会溃散。为何？士兵没有隔日之粮，或者仅有隔日粮，士兵及主将如何不慌张！
改变能改变的，设立专门的后勤运输机构和保障机构，势在必行。针对现在的情况，玄晔打算把粮草物资储运功能分散到部曲一级，即在曲一级设立随军辎重队，并在营、部设立专业的运输车队和马队。
“其三：临阵作战，成败皆系于主将一人之身，主将阵亡，则全军皆溃。此次磨石寨之战，我中箭落马，则全军立现溃散之势。何况乌合之众？组织不严，上下级权责不明，队伍杂乱，互不统属，全靠主将一人以威望驭之。主将死，则众不可控。”
因此，要强化服从意识，即下级无条件服从上级，玄晔决定建立军衔制度。主将阵亡，次级军官自动接管主将职务，各部无条件服从。队伍若被打散，只要有军官还在，以最高军阶为主，不论是否统属，无条件服从之。就能够重整队伍，下达指令，继续作战或归建。而基层军官可以到伍长，也就是说即使只剩下五个人，也是有组织，有头脑的，有思维，有指挥的。可以预见，这样一直队伍，除非全军覆灭，否则就会战斗不止，这将是一支打不散，拖不跨，敲不扁，砸不碎，杀不死的铁血雄狮！
其次，建立集体领导机构，给主将配备副将和参谋团，从而减少军事主官的决策失误和意外身亡造成的不良影响。
最后是，建立士官制度，即把每一名士兵当做军官培养，这就是玄晔要求每个士兵都要学习识字的初衷，以便在以后扩军的时候能把每个士兵都当军官使用，使他的军队数量呈现几何级增长，或为将来接收百万青州兵做好准备！另外，也是为将来普及全民教育做铺垫。
……
新兵营的训练正如火如荼，玄晔如今能做的首先把指挥部搭建起来，名为“司令部”（取掌管全军号令之意，今朝廷既已有司空、司徒、司马，有个司令也不算突兀罢），设在乡寺大院。
任命诸葛昝为司令部主簿，负责民政事务；徐杰军师，负责军事，如兵员、训练、装备、后勤等；裴元绍、吴病、秦虎、臧袭、周达、李响等为参谋，参瓒军务。
还从全军选拔，或从外高薪招了一批读书人，补充军中的识字教谕和司令部的文书、佐吏等。
新兵一旦完成新兵训练，扩编势在必行。
经过好一番讨论，终于敲定了扩编方案，即由原来的一部扩充到三个部，即合成一个整编“营”，在此之上设立一个“营司令部”作为指挥机构，简称“营部”。
营部的组成包括：玄晔自任校尉；主簿诸葛昝；军师徐杰；参谋裴元绍、吴病、周达、李响等；后勤主管钱袋。另有书佐若干人，勤务兵若干，通讯兵若干（旗手、号手、鼓手、传令兵），营属辎重队，运输队，医疗队，斥候队，亲卫队，教导队（兼军法官）。另外一个营，还下辖3个部。
部：主官为军司马，另有：军假司马1人（副官），参谋3人，主记及属吏若干（管士兵名册和功劳登记），教导官10人（监督训练和军法），亲卫队，通讯兵，辎重队，斥候若干。每一部又下辖3个曲。共计约1300人。
曲：设曲军候1人，假军候1，亲卫5人，下辖3个屯。共计367人。
屯：设屯长，假屯将1人，亲卫3人，火兵10人，又辖3个战兵队（队：设队率，队副，亲卫2人，下辖3个什，每个什下辖2伍合11人，计35人。）共计120人。
三部合计三千九百人，若算上营部和营属骑兵曲，满编时约五千人。计划比原来扩大了近五倍，这么大的人员缺额，不是一时半会能招募整合完成的。
时光如梭，八月金秋，寒露至，刈麦忙。
新兵营陆续完成新兵训练，发下制服和红领巾之后，宣誓词正式成为红巾军的一员。再将原第一曲将官逐级提拔，补入新兵，扩编成一部。
裴元绍任第一部主官军司马，下辖三个曲，各曲军候分别为张彪、王实、韩金，总计一千二百余人。
第二部以第二曲为基础，正在抓紧时间组建。兵员正源源不断，但文职人员太难求，各级指挥系统的建立成为一时的困扰和瓶颈。
玄晔这才深刻体会，“欲建军先建军校”是多么明智的选择，人才储备才是一个势力崛起的核心和关键，也才发觉，乱世之中，背靠一个世家大族有多么重要。
不说他人，但说曹操，其家族人才何其多也，他的一众族兄族弟奠定了他起兵的人才基础；就连草根一族刘备，也是拉来了关张简（关羽、张飞、简雍）三人，组团创业；汉高祖刘邦能成事，不也靠着一帮乡党么？
工作细致繁琐，除了完善正规军，玄晔还在全军选拔精锐，加强了自己的直属力量：扩编尖刀队，管亥为屯长；扩建骑兵屯，许由为屯长；赵信的斥候屯；孙仁的亲卫屯，这四个屯名为近卫军。近卫军总计四百余人，几乎集结了全军的精华，装备最是精良。
要真正建成一支完整的军队可不是朝夕之功，急不得。
大战过后，收尾工作很是繁杂，其中最重要的一项就是战功评定。
记功标准，毫无例外的，玄晔把战功分为集体和个人战功。又把战功进行量化，把斩首功作为记功基础，即杀敌一人，计一分。
具体按照战役的难易程度设定战功系数，比如与山贼作战，系数为一，即杀敌一人计一分；与郡兵作战，系数为二，即杀普通郡兵一人计二分；与精锐汉军作战系数为三……俘虏敌人系数为二；提供情报，按照情报价值和对战役的影响程度定下战功系数。
指挥者的记功标准需要综合考虑，与战役意义，军队战损比，缴获等来衡定，亦量化为分值，以此授官授爵，等等。
十分为一个功勋等级，功勋值直接和军衔挂钩，军衔直接和饷金挂钩。军饷又分为两种，职响和勋金。也就是说一个百战老兵可能会拿到将军的薪水！以后还会有退养金。
这时，玄晔就要推出他预谋已久的的军衔制了。
军衔分为兵衔和将衔，各为九个等级，兵衔的顶峰是兵王，将的顶峰是**。如果玄晔能夺取天下，还有可能以此为依据进行封爵。
兵衔依次为：列兵，下士、中士、上士、果士、勇士、敢士、先登士、陷阵士，无当士。
将衔依次为：士官，少尉、中尉、上尉、少校、中校、上校、少将、中将、上将。
军中战时行动指挥以职位分高下，平时身份礼节以军衔分尊卑。
这些天玄晔埋头于书案，夜晚都要忙到凌晨一两点，苦不堪言。特别是这毛笔字太费劲了，写不了几个手就酸了，
“哎，钢笔、水性笔就不要想了，铅笔总可以想办法弄来吧，石墨矿，山东半岛就有大把的。这油灯真是比不上日光灯啊，再这样下去，近视眼又要加深了！”