舟山失守以后，鲁监国朱以海南下福建厦门。当时，部下的兵将还相当多。郑成功把鲁监国的兵败来会，看成是建立自己独霸东南沿海局面的良机。邵廷寀记载：“郑芝龙之北也，遗书戒成功曰：众不可散，城不可攻；南有许龙，北有名振，汝必图之。”这件事可靠程度如何，姑不置论，但郑成功自从起兵以来基本上是按照郑芝龙的路子走的，即以闽海为根据地，对浙江以北、广东以西沿海武装不管是属明还是属清，一概视作异己力量，千方百计加以兼并。
鲁监国政权既然已经失去了自己的基地，漂泊无所，粮饷无源，客观上形成投奔郑成功的势态。这样，在鲁监国的文官武将中就出现了分化，有的转入郑成功部下，如闽安侯周瑞等人；有的则以寓客自居；定西侯张名振和监军张煌言始终只愿同郑成功保持同盟关系。这在以永历为“共主”的大前提下，自然是说得过去的。实际上双方的隔阂以至疑惧在许多史籍中都有蛛丝马迹可寻。史载张名振“至厦门见延平王郑成功，成功大言曰：‘汝为定西侯数年，所作何事？’名振曰：‘中兴大业。’成功曰：‘安在？’名振曰：‘济则征之实绩，不济则在方寸间耳。’成功曰：‘方寸何据？’名振曰：‘在背上。’即解衣示之，有‘赤心报国’四字，长径寸，深入肌肤。成功见之愕然，悔谢曰：‘久仰老将军声望，奈多憎之口何！’因出历年谤书盈箧。名振立命火之。于是待名振以上宾，行交拜礼，总制诸军”。这个记载只是反映了郑成功和他的部将对张名振的猜忌，以至于“谤书盈箧”，而说郑成功让张名振“总制诸军”则不符合事实。亲郑文人记载郑成功命张名振管水师前军，意思是把张名振变成郑军部将。以恢复明朝为己任的张名振当然不愿屈从郑氏。正是在这种微妙的情况下，张名振、张煌言决定率军北上，凭借自己的实力（即原鲁监国的军队）开辟抗清斗争的新局面。
1653年（顺治十年、永历七年）八月，张名振和监军兵部侍郎张煌言带领五六百艘战船向北进发，来到长江口的崇明一带的沙洲。崇明城中的清军兵力有限，不敢出战，被围长达八个月。张部明军以崇明和附近沙洲为基地，如清方一份档案中所说：“筑圩耕种，近城十里之外，贼众充斥。百姓菜色相望，饥馑难支。为我用者恹恹待毙，为贼用者欣欣向荣。”“崇明产米之乡皆在平洋山前东、西阜沙，今被贼踞。”张名振部明军的进驻崇明沙洲只是为长江战役做准备，并不意味着已经进入长江。正如清朝兵部题本中所说：“若夫苏属之有崇明，犹浙属之有舟山也，俱孤悬海外，弹丸独峙……”次年（1654，顺治十一年、永历八年），张军三次进入长江作战，这就是有名的“三入长江”之役。
关于张名振等三入长江之役，在南明史籍中记载最为混乱，连年月也众说纷纭。近人许浩基在所撰《郑延平年谱》中“永历七年癸巳三月张名振、张煌言请师之长江”条下特别加上按语，说：
名振与煌言凡三入长江，而未知初入长江为何年？又不知题诗祭陵为何年？各书记载纷歧，莫知所据。《鲁春秋》《东南纪事》俱作壬辰（1652）；《海东逸史》作癸巳（1653）；《小腆纪年》作癸巳初入长江，而甲午（1654）题诗祭陵；《台湾外纪》《海上见闻录》亦作癸巳，而未言祭陵事；《南疆逸史》《明季南略》则俱作甲午。尤有不可解者，全氏（指全祖望）撰苍水碑云，癸巳冬入吴淞，明年军于吴淞，会名振之师入长江，遥祭孝陵。甲午再入长江。盖癸巳之明年即甲午也，既书明年，下复系甲午，误甚。谢山犹恍惚其词，后人更难推测矣。
依据清朝档案，参之以张煌言诗文，再以当时亲身见闻者的记载补充，可以断定张名振、张煌言三入长江之役都在甲午年（顺治十一年，永历八年，公元1654年，但其第三次在十二月，按公历推算已至1655年）。经过情形如下：
1653年（顺治十年）秋，张名振、张煌言统军乘船由福建北上，九月到达长江口。这在清方档案中有准确记载，是年九月海上明师“联突入黄浦港口”，当地百姓纷纷响应。清总兵王燝致江宁巡抚周国佐手札中说：“海邑人民听其愚惑，上海之衙役挟持县令竟欲开门揖盗。胥役人等公然包网。民心若是，内变堪虞。”又引上海知县阎绍庆的告急禀文说：“上海皆乐贼来，全无一人守城，终日持刀向知县项下逼之通贼，知县死在须臾，皂快为甚，等语。……”周国佐不得不亲自带领军队赶赴上海。张名振等统率的明军屯驻于崇明岛一带的三尖沙、稗沙、平洋等处，安营扎寨，积极联络内地的复明势力，并没有立即发动长江战役。
1654年（顺治十一年）正月十七日起，张名振、刘孔昭、张煌言等部明军乘船分批进入长江口，冲过狼山（今江苏南通市南面沿江重镇）、福山（与狼山隔江相对）、江阴、靖江、孟河、杨舍、三江、圌山（在今镇江市境）等清军江防汛地，二十一日到达瓜洲。明军在金山上岸，缴获清军防江大炮十位和火药、钱粮等物。张名振、刘孔昭、张煌言等带领五百名军士登金山寺，朝东南方向遥祭明孝陵，题诗寄慨，泣下沾襟：
予以接济秦藩，师泊金山，遥拜孝陵，有感而赋。
十年横海一孤臣，佳气钟山望里真。
鹑首义旗方出楚，燕云羽檄已通闽。
王师抱鼓心肝噎，父老壶浆涕泪亲。
南望孝陵兵缟素，看会大纛祃龙津。
甲午年孟春月，定西侯张名振同诚意伯题并书。
张名振部海师在镇江停留了两三天。清江南总督马国柱同驻南京的满、汉官员会商后，紧急派提督管效忠领兵由浦口、六合增援仪真（今仪征）、瓜洲；阿思哈哈番尼堪领兵由龙潭救镇江。明军在清军到达之前，回舟东下。三月初六日，张部明军四五百号在扬州府属吕四场登岸，击败防守清军，缴获大河营守备印。这就是初入长江之役。
三月二十九日，张名振等率水师六百余艘再入长江，四月“初五日已至圌山”，初七日乘顺风溯流而上，过京口（镇江境内），直抵仪真，在仪真城外江中焚毁盐船数百艘。计六奇记：“四月初五日，海艘千数复上镇江，焚小闸，至仪真，索盐商金，弗与，遂焚六百艘而去。”顺治十一年七月山西道御史胡来相揭帖中说：“今春镇江盐艘被焚，岸市被掠，而财赋之区奚容致此，是防严未密，申饬不切耳。”同年十一月初六日工科给事中张王治在题本中说：“即如四月间，海贼直犯仪真，未能先事绸缪，遂致焚烧盐艘数百号，折耗课赋商本数十万，迟延至今未见两淮运司设策画谋，作何补救。坐视商疲课绌，则悠忽概可见矣。”清江南当局急忙调兵遣将，对深入长江的明朝海师进行袭击。张名振等人在仪真停留的时间很短，就返航东下，撤回崇明一带的沙屿稗沙、平洋等处，是为二入长江。
五月十八日，张名振因兵、饷不足，亲自南下浙江温州买米七船，又到福建厦门面见郑成功，要求提供兵员、火药、器械。这时他的部分兵将仍留驻于崇明一带沙屿。郑成功答应派忠靖伯陈辉统水兵五千、陆兵一万、大船近百艘北上支援；张名振认为不虚此行，回舟北返。九月初六日，张名振部进抵上海县城下，清朝上海知县吓得瘫痪于地，城中百姓喧传张军乃“王者之师”，“有执梃而阻遏官府者，有包戴网巾者，有讹言惑众者，有恐喝官府者”。清江宁巡抚周国佐火速领兵来援，以屠城相威胁，才稳定了上海局势。十二月，张名振等率军乘船四百余艘溯江而上，过圌山，十八日由三江营驶过焦山，直抵南京郊外的燕子矶。清朝官员惊呼“咫尺江宁，势甚披猖”，江南江西总督马国柱、提督管效忠指挥驻守南京的满、汉兵丁“奋勇截杀”，“乘胜追至三江口外，非此一举则大江南北岌岌乎殆矣”，可见对东南半壁震动之大。大约在这年底至次年初，张名振的舟师才缓缓东下，退出长江。顺治十二年（1655）五月清朝新任江南总督马鸣珮在奏疏中写道：“上年十二月间，贼由海入江，十八日至朱家嘴，焚掳江西粮艘……惟是朱家嘴虽在江宁府上元县境内。……朱家嘴堂奥也，镇江、瓜洲门户也，今贼深入堂奥，岂能飞越而至。”又说：“朱家嘴失事乃贼入犯京口第三次也。”这就是三入长江之役。
在考定张名振、张煌言率领海师三次进入长江的年月以后，下面可以逐节展开讨论这次战役的战略意图和各方配合的情况。
甲午年（顺治十一年、永历八年）张名振统率的南明鲁监国军队乘海舟三次进入长江，第一次进抵镇江、瓜洲，第二次进至仪真，第三次直逼南京，在一年多时间里积极活动于长江下游和入海口。以战绩而言，即如张煌言后来所述：明军“三入长江，登金山，掠瓜、仪，而徒单弱，卒鲜成功”，清方这时还没有建立一支像样的水师，长江下游驻防兵力又很少，只好沿江戒严，重点保卫江南重镇江宁（南京）。总督马国柱在奏疏中自称：“但能保全无恙，便为无罪。”实际上双方没有大的战斗。如果仅仅从表面现象来观察，张名振等发动的三入长江战役颇难令人理解。明军旌旗炫耀，金鼓喧阗，几百艘战船浩浩荡荡直入长江清方要害之区，既不攻城略地，又不同清方派出的援军正面交锋。一年之内，三次进入内河，一次比一次深入，又三次主动撤退，而且始终不离开长江入海口，这里面大有隐情。清廷兵部在奏疏中说：“江南督抚各官每报贼船有数百号，每船有数百人，如是则足有数万矣。若以数万人之力，合而击之，何坚不摧？崇明系弹丸之地，然数月不破者，乃贼之狡谋矣。贼意如破崇明，恐江东郡邑皆以崇明为诫，披甲登城矣。且贼既至京口，何不攻镇江？既渡瓜、仪，何不进扬州？……今贼登上金山横持斧钺作赋，以假仁假义蛊惑人心。贼势全可拔崇明，犯镇江，劫扬州，然贼并不破城分封，与我死战。……贼自海入江，皆张扬虚名。上起湖南，下至闽广，贼必暗中串通。”同年江南江西总督马国柱在破获了平一统（永历朝廷授讨虏前将军职）、阚名世（永历朝廷授威远将军职）等人潜伏内地的复明志士后向清廷报告：“该臣□（看）得，海□（寇）跳梁，逼入内地，若非内有奸徒暗通□（线）索，何敢狂逞至此？”可见，清朝当局也多少察觉到复明势力有东西联络、同时并举的战略意图。
事实上，张名振等三入长江之役确是由内地反清复明人士联络东西、会师长江、恢复大江南北计划的一个组成部分。参与密谋的有原弘光朝礼部尚书钱谦益、鲁监国所封仁武伯姚志卓、鲁监国政权都察院左都御史加督师大学士衔李之椿、兵部侍郎张仲符、明宗室朱周錤、原兵部职方司主事贺王盛、生员眭本等一大批复明志士。这些人在清统治区内秘密从事复明活动，风险极大。事败之后他们首先销毁证据，有的不幸被捕在审讯时也竭力避免供出细节，牵连同志；迹象还表明仕清的部分汉族官员因各种关系而暗中加以包庇。在这种史料不足征的情况下，只能钩稽材料尽量说明事件的来龙去脉。首先应注意，内地抗清人士的密谋活动由来已久，这里仅就同张名振、张煌言发动长江之役的关系做一点勾画。在西南永历朝廷和东南海上水师之间搭桥的主要策划人是钱谦益和姚志卓。钱谦益的生平事迹已有许多史家论述，姑不赘言。姚志卓，浙江钱塘人，曾组织义军在浙东参加鲁监国的抗清活动，先后转战于天目山区和江西广信府境，受封为仁武伯。他的父亲姚之朔也曾参加义举，兵败后由江西进入广西永历朝廷管辖区，同大学士方以智等人交往颇多，1649年（顺治六年）七月病卒于广西平乐。姚志卓兵败后潜伏于清统治区，曾经不避艰险到过广西、贵州，同永历朝廷建立联系。1652年（顺治九年、永历六年）冬天，钱谦益“迎姚志卓、朱全古祀神于其家，定入黔请命之举”。次年七月，“姚志卓入贵筑（今贵州省贵阳市）行营（即孙可望行营），上疏安隆（即安龙，永历帝驻地）。召见，慰劳赐宴，遣志卓东还，招集义兵海上。冢宰范以朱全古万里赴义，题授仪制司主事”。同姚志卓一道赴黔的有原兵部职方司主事贺王盛派遣的生员眭本。贺王盛的座师雷跃龙当时正担任孙可望行营的大学士；眭本的父亲眭明永在顺治二年松江抗清斗争中被杀，贺王盛凭借这种关系让眭本以“往云贵请讨伊父恤典”为名，建立同永历朝廷的直接联系。三月间上道，行至湖南湘潭，眭本患病不能前进，姚志卓唯恐耽误大事，自行前往贵州。十一月带回永历三年敕书、孙可望札付、檄文、大学士雷跃龙五封回信和孙可望任命贺王盛为兵部侍郎的敕谕一道。姚志卓把上述文件交给贺王盛，贺王盛又“潜通海寇”，“有茅山道士张充甫系海贼张名振的总线索”。这里说的“茅山道士张充甫”实际上是明鲁监国政权的兵部侍郎，他的名字除张充甫外文献中还有张冲甫、张冲符、张仲符、张中符等不同写法，有关他的事迹还需要进一步查考。姚志卓自己又同钱谦益商议出资募军。钱谦益和夫人柳如是慷慨解囊，这就是钱氏诗中注语所说：“姚神武有先装五百罗汉之议，内子尽橐以资之，始成一军。”史籍记载张名振、张煌言入长江时，“平原将军姚志倬、诚意伯刘孔昭偕其子永锡以众来依，号召旧旅，破京口，截长江，驻营崇明”。姚志卓率领来会的“众”当即钱氏夫妇出资募集的兵士。钱谦益同刘孔昭在弘光朝廷中共事，到长江战役时仍有联系。《有学集》卷五中所收《郁离公五十寿诗》，用韵和张煌言1654年入长江时作《寿诚意伯刘复阳》相近，钱谦益诗赠刘孔昭祝寿可证明他们之间必定有来往。钱谦益《后秋兴三之三》诗尾句有自注云：“夷陵文相国来书云云”，永历朝廷大学士文安之是夷陵人，当时在贵州、四川一带督师，也同钱谦益有书信往还。这些事实表明在幕后联络东南和西南复明势力高层人物的正是钱谦益。
介绍了上述情况，不难看出姚志卓在1653年十一月从贵州带回永历朝廷和实权人物孙可望的大批文书，一个多月以后，张名振、张煌言等人就率领海师大举入江，三次进至京口，迫近南京，时间之长，活动之频繁，都同等待上游明军主力沿江东下密切相关。初入长江时，定西侯张名振于甲午年（1654）正月二十二日在金山寺题诗明云“予以接济秦藩，师泊金山”。张煌言有题为《同定西侯登金山，以上游师未至，遂左次崇明》诗，其中有句云：“一诏敷天并誓师……已呼苍兕临流早，未审玄骖下濑迟。”这两首诗从题目到内容都充分说明：溯流而上的张军实际上是应诏而来的偏师，战略意图是“接济秦藩（秦王孙可望）”由湖北、湖南东下的主力。只是由于“上游师未至”，张军徘徊终年，三度接应均无功而返。其间，参与密谋的贺王盛、眭本等人因叛徒出卖，被清政府逮捕，壮烈捐躯。
以钱谦益为核心策划的联络东西会师江南的方案在顺治十一年是有可能实现的。钱谦益长期醉心于收复江南徐图北伐的计划，早在永历三年（顺治六年，1649）给门生瞿式耜（时任永历朝廷留守桂林大学士）的密信中就提出“中兴之基业”是顺江而下夺取江南。他把用兵比喻为弈棋，说：“人之当局如弈棋然，楸枰小技，可以喻大。在今日有全着，有要着，有急着，善弈者视势之所急而善救之。今之急着，即要着也；今之要着，即全着也。夫天下要害必争之地，不过数四，中原根本自在江南。长、淮、汴京，莫非都会，则宣移楚南诸勋重兵全力以恢荆、襄，上扼汉沔，下撼武昌，大江以南在吾指顾之间。江南既定，财赋渐充，根本已固，然后移荆、汴之锋扫清河朔。高皇帝定鼎金陵，大兵北指，庚申帝遁归漠北，此已事之成效也。”又说：“王师亟先北下洞庭，别无反顾支缀。但得一入长江，将处处必多响集……我得以完固根本，养精蓄锐，恢楚恢江，克复京阙，天心既转，人谋允臧。”瞿式耜向永历帝转报钱谦益密信疏中写道：“盖谦益身在虏中，未尝须臾不念本朝，而规画形势，了如指掌，绰有成算。”这个以收复长江中下游为重点的战略方针，钱谦益称之为“楸枰三局”，直到顺治十六年（1659）南明败局已定时，他还在诗中写道“腐儒未谙楸枰谱，三局深惭廑帝思”，流露出无限的惆怅。发动长江战役，东南沿海水师同西南明军主力会师收复江南，取得这块财赋充盈、人才荟萃之地作为扭转明清战局的关键，确实是有相当战略眼光的。如果说在永历三年（1649）他提出这一计划还只是一种设想，当时未必行得通；到1653年冬至1654年，钱谦益依据明清双方力量的消长，判断已经可以付诸实行了。让我们先看一下1653—1654年清方长江流域的兵力部署：三峡以上处于明军控制之下，湖广地区清军主力是1652年（顺治九年）清敬谨亲王尼堪由北京带领南下的满洲八旗精锐，同年尼堪在衡州同李定国军作战阵亡后，这支清军由贝勒屯齐统率，虽然在周家铺战役中击败了孙可望的军队，但清军伤亡也相当大，士气不高，急于回京休整。1653年（顺治十年）清廷委任洪承畴为五省经略大学士，次年他调集汉族官兵接替湖南防务时在奏疏中说，“四月初旬内官兵方到各县，正在安插间，即值贝勒大兵班师”，说明这年春夏之交屯齐带领满洲兵马北返。洪承畴调集的兵力全部不过一万余名，由于从北直隶、陕西、河南等地长途跋涉而来，“水土不宜，疾病大作，官兵十病六七”，五月间在宝庆（今湖南邵阳市）甚至发生“夺门私逃”的兵变。湖广以下清军江防兵力也非常单薄，清吏科右给事中郭一鹗的奏疏中说，他于顺治十一年“九月十三日自南昌登舟，溯江而下。每见南北江岸建设墩堡，派兵分守，以防盗贼，法甚善也。及舟泊各处，止见有兵丁一二名者，甚至空堡而无兵丁者，自安庆以下则更寥寥不可问矣。至江宁府（南京），又见演武场操点水师，兵丁不过二百余人，皆老弱不堪，如同儿戏；且战舡狭小，仅容数人，视大艘（指张名振等海师用船）如望高山。如此形状，安望其对垒破敌，决胜于江海之上？所以海寇狂逞屡犯，如入无人之境，汛防官兵未闻乘风波战，一挫其锋，是徒有防守兵将之名，虚糜朝廷金钱，而毫无江防之实效”。
正是在这种情况下，钱谦益、姚志卓等人认为应当把握时机，提出了长江战役的计划。他们不仅主动担负起联络东西两方面的南明军队和内地反清义士的责任，还以出资、出力等方式亲自参加了这一重大的军事行动。值得注意的是，发动长江战役，夺取江南为基业，并不是钱谦益等内地少数复明志士一厢情愿的幻想；张名振、张煌言率部全力以赴，表明他们认为这个方案切实可行；西南的孙可望做出了相应的决策，证明他也欣赏和支持这个战略部署。清廷一些官员也看到了潜在的危机，如刑科右给事中张王治就在一件题本中大声疾呼：“江南为皇上财赋之区。江南安，天下皆安；江南危，天下皆危。”那么，这一关系全局的重大军事行动为什么半途而废了呢？
这次由当事人精心策划的会师长江战役，结果却完全令人失望。原因是西南和福建的抗清主力都没有出动。就西南方面说，孙可望让姚志卓带回的信息肯定是许下了从长江中游东下的诺言。当时，他同李定国之间的嫌隙已经比较深，定国带领兵马向广东推进，另行开辟战场。孙可望直接指挥的军队驻于贵州和湖南西部的少数州县，他一方面想在抗清战场上取得辉煌战果，进一步提高自己的威望，另一方面他的政治野心日益膨胀，梦想取代永历皇帝，需要坐镇黔、滇，不愿亲自统兵东下。于是，孙可望决定起用因保宁战役失利废置昆明的抚南王刘文秀。史载1654年（永历八年、顺治十一年）正月，刘文秀被任命为“大招讨，都督诸军，出师东伐”。几乎可以断定这正是孙可望为了配合张名振展开大规模长江战役而做出的部署。可是，事态的发展并不像孙可望想象的那么顺利。在安龙的永历朝廷和在贵阳的秦王“国主”行营之间的危机已经处于一触即发的阶段。永历帝为了保持自己象征性的地位和生命安全，不得不秘密求助于在广西的安西王李定国率兵“救驾”。就抗清大业而言，孙可望拍板定调决定采纳北线长江会师方案；李定国在顺治十年（1653）、十一年（1654）致力于南线同福建厦门一带的郑成功会师广东的计划。永历八年（1654）朝廷给左佥都御史徐孚远、兵部司臣张元畅的敕谕中说：“今胡氛渐靖，朕业分遣藩勋诸师先定楚粤，建瓴东下。漳国勋臣（指漳国公郑成功）亦遣侯臣张名振等统帅舟师扬帆北上。尔务遥檄三吴忠义，俾乘时响应，共奋同仇，仍一面与勋臣成功商酌机宜，先靖五羊（即广州），会师楚粤，俟稍有成绩，尔等即星驰陛见……”从表面上看，南北两线同时发动大规模的反攻，前景颇为乐观。然而，作为原大西军第三号人物的刘文秀清楚地意识到孙可望的骄横跋扈已经严重地威胁到西南政局的稳定。他立志抗清复明，却不愿意为孙可望打天下。于是，他“屡辞招讨，不获；从容治装者月余，乃上道。至黔（指贵阳）时四月矣”。“行营诸文武郊迎，辄下车揖谢。既至，翊日大宴，可望祭旂纛，授爵授文秀（文字有误）。文秀言：‘某仗皇上洪福，国主威略，诸公侯将士智勇，庶几一日克敌，恢复中原。某菲材，诚恐不胜。’诸人听之皆悦。越数日，乃自于营中请宴文武诸人，优觞半，起谓诸人曰：‘皇上犹佛菩萨也，造金殿玉宇以安之，乃我辈大和尚事。’已启言：‘营镇诸将领征，历经战已久，不患不威勇，当通以忠义谋略，如《百将传》请书宜各颁付，听礼延文儒讲论。’又言：‘军士皆（当）推心爱惜如子，诸营镇不得虐使之，如鞭笞不合道者，我当参治。’”显然，这是对孙可望的批评。他奉劝孙可望应该满足于当好庙中住持、方丈的角色，不要忘乎所以，推倒殿上供奉的佛菩萨，自己爬上宝座，弄得不伦不类，信徒星散。同时针对诸将有勇有谋，却只知“国主”不知皇帝，提出要加强忠贞教育。孙可望听不进去，一意孤行，在这年五六月间由贵阳返回昆明，企图举行禅位礼，黄袍加身。关于孙可望在1654年（顺治十一年、永历八年）五六月间，曾由贵阳赴云南昆明图谋称帝事，不仅在野史和地方志中有明确记载，孙可望本人在途经安庄卫（今贵州镇宁县）白水河大瀑布（即黄果树瀑布）时观赏风景，亲自撰写了一篇《望水亭记》，其中说：
甲午（1654）夏，驻跸旧亭，临观赞赏，俄而潭水且涌数丈（黄果树瀑布下有犀牛潭），势若钱塘怒潮，喷云散雾，左右惊视，良久乃平。或曰：此神犀之效灵征异也。爰命所司选胜为亭，以备临眺。亭成而胜益著，因记诸石，以纪厥异云。又题其石壁曰“雪映川霞”。
这就为孙可望在1654年五六月间确实途经安顺、安庄卫往返云、贵提供了最有力的证据。
刘文秀眼见孙可望做事乖张，内部既酝酿着一场重大的危机，自应以稳定政局为首务，“出师东伐”的计划因此搁浅。五月初七日，刘文秀“以单骑出历沅、靖诸营，遍观诸险阻，劳恤军吏，十日而毕。又访求能知天文数术者，夏鸿胪言兴隆山中有隐士李石说星数有验，遣书往聘之。李石至，密言一日夜，赠之衣金而归；复以夏鸿胪荐贤谢之金”。这意味着刘文秀担心内变，一面加强同清方接境地区的防务，一面针对孙可望周围那些谄媚之徒编造的“天命在秦”的“舆论”加以验证。六月，孙可望回到贵阳；七月初六日“大招讨刘文秀择日出师，由平越道，屯于天柱（今贵州天柱县，与湖南接境）。在以后的半年里，刘文秀毫无挥军入楚之意，原因很可能是担心孙可望发动宫廷政变。孙可望同李定国、刘文秀之间的矛盾在永历朝廷内成了公开的秘密。《存信编》卷五记载，永历九年（顺治十二年，1655）二月，“抚南王刘文秀驻川南”。同月二十二日，“简讨朱全古兼兵科给事中视师海上。先是，甲午（1654）秋文安之密与全古曰：‘刘、李之交必合，众志皆与孙离，但未知事机得失如何也。我当以冬还蜀，君可以春还吴楚上下流观察形势，各靖其志，无蹈危殆。’安之寻遁入郝（摇旗）、李（来亨）营中，可望追之不得。是年春，海上有警，行营吏部尚书范鑛请遣使宣谕姚志卓，遂命全古。全古还吴，转渡江，由海门至前山洲，志卓已卒。全古宣敕拜奠。丁酉入楚报命。”
概括起来说，1654年张名振、张煌言等的三入长江是复明势力东西会合战略的一个组成部分。这个战略是由内地隐蔽着的复明分子钱谦益、姚志卓、朱全古、贺王盛等人经过调查研究、秘密策划、东西联络后形成的，决策者是掌握永历朝廷实权的秦王孙可望，积极执行者是定西侯张名振等人。只有弄清整个事件的背景和经过，才不致像目前所见各种史籍那样把张名振、张煌言的三入长江之役看成是一种没有实际意义的孤立行动，也不至于受亲郑文人的记载影响以为是郑成功决策发动了这场战役。
南明史籍中一种常见的偏向是以晚节定论，这并不完全正确，因为历史的殿堂不等于忠烈祠。清初反清志士王思任有一段话说：“可以死，可以无死，英雄豪杰自知之也。英雄豪杰一死不足了其事，则可以无死；其事已了而死至，则可以死。……使必以一死为贵，则死而死矣，何济人世事。”钱谦益、孙可望先后投降了清朝，大节有亏，自应遭到非议。然而这两个历史人物都是非常复杂的，尊重历史事实就不能简单对待。钱谦益在弘光朝廷覆亡的时候有苟且贪生之念固然是事实；但他内心里念念不忘恢复明朝，实际行动上多次冒杀身之祸从事反清复明活动，也不容抹杀。如果抓住钱谦益1645年投降过清朝，短期被迫出任清礼部侍郎作为定论，那么，王之仁、金声桓、王得仁、李成栋、姜瓖等人都可以一笔抹杀。孙可望的情况同钱谦益很不一样，他是实力派人物。在1657年反兵内向进攻昆明以前，他处理内部事务虽有不妥之处，总的说来功大于过。接管和改造南明永历朝廷，创造一个足以同清廷抗衡局面的是他，而且除他以外没有任何人做到过。孙可望的缺点在于个人野心太大，特别是在对待永历帝和原来平起平坐的李定国、刘文秀的关系上举措失当。迫使李定国率军由湖广南下两广，虽然在客观上开辟了抗清的新局面，但已经显示出孙可望“国主”的权威运转不灵。1654年他决策部署长江战役是颇具战略眼光的，如果能以大局为重，不论是由他亲自率领大军东下，还是委托刘文秀为前线总指挥，战役的进程必有可观，明、清双方的胜负尚难预料。可是，在这关键时刻孙可望利令智昏，妄图推倒毫无防范能力的永历朝廷，结果激起李定国、刘文秀等人的抵制，蹉跎岁月，事机全失。张名振、张煌言和钱谦益、姚志卓等人翘首以待的会合上游“秦藩”之师夺取江南的恢复大计就此化为泡影。
南明之不振，关键在于从来没有一个能够调动全部抗清力量的权威核心。清廷内部虽然也常有钩心斗角，但大体上能做到令行禁止，赏罚分明。清胜明败，根本原因不是强弱异形，而是内部凝聚力的差异。1654年南明发动的两场战役都是有可能取胜的。在南线的广东战场上是西打，东不动；北线的长江战役是东打，西不动。仗打成这个样子，还谈什么胜券。查继佐在《罪惟录》里记载南明几个朝廷的覆败都归之为“天”，其实，完全是人为的。只要郑成功以主力配合李定国，广东必下无疑，尚可喜、耿继茂难逃孔有德的下场。李、郑联军如能收复广东全省，明清局势就将大不一样。长江战役中，明军在水师上占了绝对优势，又有清统治区内大批复明志士的准备接应，西面可以投入的兵力也相当多。除了孙可望指定由刘文秀统军攻常德或岳州顺江东下以外，夔东十三家军队所处的地理位置极为有利，战斗力也非常强。直到清军进占云南（1661年，顺治十八年）以后，张煌言还派职方司吴去郧阳同十三家联络力图扭转败局。上文也提及1654年长江战役时钱谦益同文安之有书信往来，那么，为什么夔东十三家的军队没有采取行动的任何迹象呢？看来也是拥明势力内部由于某种原因不能同心合力，孙可望作为永历朝廷的实际行使最高权力的人物，没有做好协调工作当然要负主要责任。
上文已经指出，1651年（顺治八年）清军攻破舟山后，鲁监国在张名振等统率的军队护航下借居于郑成功控制之下的金门、厦门一带。郑成功有意把鲁监国的兵将收编，遭到抵制后，双方保持一种联合大于摩擦的同盟关系。1653年，张名振等的统军北上既是为了重展雄风，开拓抗清的新局面，也是为了摆脱郑成功的控制。然而，郑成功却依然以上司自居，把张名振率军北上说成是自己所派。这在前引致李定国信里和永历朝廷给徐孚远等的诏敕里可以看得很清楚。郑成功藩下的文人按照这一口径记述长江之役毫不奇怪。如阮旻锡说：永历七年（顺治十年，1653）“赐姓驻厦门，遣前军定西侯张名振等率水师恢复浙直州县，并遣忠靖伯陈辉等一齐进入长江”。杨英《先王实录》所记大抵相同。后来的史家受其影响，都采取了这种说法。温睿临《南疆逸史》卷五十四《郑成功传》云：“张名振、陈辉之入长江也，焚粮艘，夺战舰，舟至金山，望祭孝陵，金陵闻之震动。”徐鼒《小腆纪年附考》卷十八记：“是年（顺治十年）春，名振请兵北上，与之兵二万，粮三艘。”这类记载人们已经习以为常，但显然严重有悖史实。第一，张名振等鲁监国的军队基本上是保持独立系统的，并没有变成郑成功的部属，北上长江时肯定同郑成功商量过，但不能说是郑成功所派遣；第二，张名振北上时带领的是自己的旧部（即原鲁监国军队），说成是郑成功拨给士卒二万，毫不足信；第三，把三入长江的张名振与郑系将领陈辉并提，显然是误以为陈辉不仅进入了长江，而且参加了战役的全过程，实际情况完全不是这么回事。
下面依据史实，对张名振等三入长江之役与郑成功的关系做必要的剖析。
首先要说明舟山失守后鲁监国的主力损失并不太大，张名振等统率南下金厦的兵员、船只还相当可观。顺治十一年五月清江宁巡抚周国佐揭帖中说：“夫洋逆张名振以十余年之积寇，舡近千艘，众约二万余人，且日事舟楫，久狎波涛。”同年十二月二十二日新任江宁巡抚张中元题本中说，“海寇张名振来犯崇明，联千余号”，而郑成功则“栖居闽省，串通海贼，资助钱粮戈兵，以牵制江南、浙江之兵，使江浙之兵难至闽省会剿”。顺治十二年浙闽总督佟代残题本中也说：“浙有张名振，闽有郑成功，恶比穷奇，势成犄角。”他们依据自己的情报，把张、郑并提，并没有混为一谈。特别是顺治十年到十一年清方正同郑成功“和谈”，对郑成功军队的动向非常注意。郑成功为了避免给清方抓住破坏“和谈”的口实，在张名振领军北上时也确实没有派遣自己的军队去进攻福建以北的清统治区。何况，张名振麾下的将领和军队在史料中有不少详细记载，限于篇幅不能细说。某些史著把张名振描写成“光杆司令”，部下的两万余众得自郑成功拨给，未免疏于查考。
那么，郑成功派忠靖伯陈辉北上的情况如何呢？上文提及顺治十一年五月十八日即二入长江之后，张名振既未接应到上游东下之师，自感兵力不足，曾经南下福建厦门请求郑成功出兵相助。郑成功因为同清廷谈判受挫，答应派忠靖伯陈辉带水陆兵一万五千名北上支援。陈辉等奉命北上不仅是在二入长江之后，而且行动极其迟缓。清方档案记载，“陈辉、陈奇、黄大进、黄兴、林锡、蓝芳、施举、沈奇等连八百余号，聚党数万余人，自顺治十一年八月十一日流突福宁三沙地方，劫掠攻堡，四民震恐，本府及左营将领、道标中军督率官兵与寇相持鏖战二十余日……各逆因而失利，于九月初三等日始扬帆败遁北指。本道复令本府提师尾追堵剿至秦屿店、下沙埕一带，诸寇方舍闯入浙海而去”。顺治十二年“福建巡抚残题本”中说：“该道看得，海逆联北上，自顺治十一年八月起蹂躏福宁各汛，随处堵剿殆无虚日；至今年五月二十七日贼船三百余只，贼首陈辉等六镇鸠集万余，抛泊官澳内，分一百号进钓澳，截我去路。”这两件档案证明陈辉的率舟师北上是在1654年八月间，而且在福建福宁地区进攻清方营堡，直到九月初才起航赴浙江、江苏海域。那么，陈辉部是否参加了这年十二月的三入长江之役呢？回答是也没有。顺治十二年三月初七日，清江南总督马国柱从来降的明游击罗西峰口中获悉：“张名振现有水艍、犁〈IMG=等舰八十余只、沙船四百余只。张名振曾向国姓夸口南下，故此国姓派陈辉领战船二百艘，并带有兵士；又阮四之大战船近百艘助伊。伊等于去年九月二十六日祭江，其声势浩大。船起航后，因张名振着陈辉降下旗纛，二人于濠头分裂。十月初五日抵达洋山，遇狂风，陈辉船顺风向温州黄华关以南之三都地方聚集。如此可断言其未来本地。阮四前曾行文国姓，请求招募南田之五六百户人家耕种官田，国姓准之，阮四乃屯驻于官田。是故虽经张名振屡次行文调兵，亦未能来。”这场“旗纛”之争的详情不大清楚，但作为郑军嫡系大将陈辉同张名振在距长江口不远的地方会师不过十天左右就闹翻了，陈辉率部南下浙江温州海域。张名振、张煌言的失望可想而知。陈辉的不肯参加入江战役，自然不是他擅作主张，而是奉郑成功之命。次年（1655）正月，郑成功给清福建巡抚佟国器的信中说得很明白：“自去岁议和之后，不佞遂按兵不动，即江淮截运之师，亦暂吊回；遣进浙西之旅，亦戒安辑；孙（可望）、李（定国）请援之兵，亦停未举。此示信于清朝，不可为不昭矣。”总之，张名振等进行的长江战役，郑成功给予的帮助是微不足道的。
张名振等三入长江之役尽管没有取得多大实际战果，但他们深入虎穴的英勇献身精神极堪称道，且客观上的作用也不可低估。其意义在于：一是打击了长江下游清朝统治，暴露了清政府长江防务的脆弱。次年（1655）五月，清廷派固山额真石廷柱为镇海将军，领八旗兵驻防镇江京口；同年八月又重新设立江南福山、杨舍、江阴、靖江、孟河、永生各营及沿江汛兵一千八百名，并且把储藏在江宁库中的红衣大炮移至京口，算是亡羊补牢。二是以堂堂之阵、正正之旗，舳舻相接，金鼓齐鸣，直入长江数百里，对大江南北复明势力在心理上是一个不小的鼓舞。三是在战略上配合了李定国进军广东，迫使清政府不敢抽调江南附近的军队赴援广东。四是取得了入江作战的经验，后来郑成功大举进攻南京，由张煌言担任前锋乃是意料中的事。
从1653年（永历七年、顺治十年）春天开始，明清双方在湖南战场上长期处于相持局面。这是由于双方都吃了苦头，实力又大致相当的缘故。就南明方面来说，孙可望既同李定国闹摩擦，自己亲自指挥的宝庆周家铺战役又以败北告终，自然不敢轻举妄动，在相当一段时间里扼守着辰州（沅陵）、沅州、武冈一线，同清军对峙。清朝方面也吸取了桂林、衡阳连遭重大挫折的教训，在湖南的满汉大员避免重蹈覆辙，力主持重，守着常德、长沙、宝庆地区，待衅而动。这年（1653）十一月，洪承畴以经略大学士的身份到达武昌。在摸清了双方兵力部署之后，深知自己面临的局势相当棘手，忧心忡忡地向清廷奉报：
湖广地方辽阔，襟江带湖，山川险阻，为从来形胜之地。今寇乱多年，用兵最久，人皆知逆贼孙可望等抗拒于湖南，而不知郝摇旗、姚黄、一只虎等肆害于湖北。兼以土寇附合，苗贼胁从，群聚抢攘，是湖广腹里转为冲边要害。臣今暂驻武昌，见闻最切。如辰、沅、靖州见为孙逆等贼盘踞，水陆不时侵犯。宝庆所属之新化、城步各县虽经归附，而孤悬窎远，屡报危急。永州府地界西粤，瑶贼出没无常。桂东、桂阳又与江西之袁州、吉安各山县接壤，有红头逆贼结聚，官兵见在会剿。至常德一府，前逼辰、沅，后通澧州，苗蛮杂处，时常蠢动。即衡州、长沙虽已收服，而逆党观望，实繁有徒。此湖南之情形也。以湖北论之，汉阳、黄州、安陆、德安四府粗安，而郧阳之房县、保康、竹山、竹溪四县有郝摇旗、刘体纯、袁宗第等诸寇，窟穴于羊角等寨，每营万余，虎踞县界，杀掳肆行。郧县、郧西、上津三县，前此尚恃一水可隔，今贼竟掳舟渡江，两岸蹂躏，逼郧阳仅数十里。近又自均州槐树关渡河者万计。襄阳之宜城、南漳、均州、谷城四州县有一只虎（李过，即李赤心）养子小李（即李来亨）、马蹶子（即马重禧）、党守素、李世威等诸贼，位于七连坪等处，将居民逼扶（挟？）供粮。光化县倚山滨江，残废无人。荆州府属之归州及巴东、兴山、长阳三县接连西蜀，虽升补官员，从来未入版图，无任可到，为姚黄、王二、王三等诸逆老营。而夔州之界，只有贼首谭诣、谭韬诸头目数营，俱窟穴于巫山县等处，游抢于彝陵、鄷都、远安、松滋、枝江五州县地方。郧阳治臣朱国治屡报贼情紧急，亟图会剿。此湖北之情形也。计今日官兵分布机宜，湖南见有满洲大兵、陕西满兵及提督各总兵等官兵，分驻武冈、衡州、宝庆、常德一带，可备防御。然各郡窎远，联络不及，实有首尾难顾之虑。若荆州属县，贼孽正炽，倘由澧州而犯常德，或截岳州以犯湘潭，不惟我兵腹背受敌，而大江以南，恐至骚动，此尤当急为筹划。臣与督臣祖泽远会商，长沙系湖南、北总会之区，衡、永、辰、常、宝庆必由之路，即（既）可以接云贵，又可以达广西，武昌藉以为屏藩，江右倚以为保障，臣必往来驻扎其间，始可回应调度，相机进取。……
《清实录》在记载上引奏疏，底下接着说：洪承畴“又疏言：顷者桂林虽云恢复，其实附郭止临桂一县，外郡止灵川、兴安、全州三州县而已。逆贼李定国距省仅二百里，眈眈思逞，满洲援剿官兵岂能久留？将来恢复州县，何以分守，兵至则贼退，兵去则贼复合。彼逸我劳，甚犯兵家之忌。又若孙逆探我兵出援，因以靖、沅贼兵截粤西险道，则我首尾难顾，反置孤军于徼外，种种危形，显然易见。……”
身膺经略五省重任的洪承畴这样连篇累牍地叫苦，有他不得已的隐衷。清廷委派他统率从各省抽调来的“精锐”汉兵经营五省，本意是推行以汉制汉政策，顺治九年跟随尼堪、屯齐等出征的大批满洲八旗兵被牵制在湖南，急需返京休息。所以，清廷在委任洪承畴之时，颇有言听计从的样子，实际上是让归附清朝的汉族官僚、兵将扮演征服西南未定地区的主角。然而，洪承畴指定调集的兵马只有一万多人，加上原驻湖广、广西、四川的绿营兵也绝对难以同孙可望、李定国等指挥的南明军队相匹敌。跟随他进入湖广的一个幕僚写道：“时可望营头众盟八十余万，各省俱备，独秦人有万余。”对明军兵员数估计过高，但南明兵力尚强当系事实。1654年（永历八年、顺治十一年）三月底到四月初，洪承畴带领调集的汉兵“精锐”到达湖南，驻防岳州、长沙、宝庆一带，贝勒屯齐立即班师回京，这支八旗兵的进军是清朝入关以来损兵折将、被拖住时间最长又最无战果的一次军事行动。屯齐部八旗兵久戍得代以后，洪承畴知道仅仅凭借自己麾下的兵力要对付孙可望直接指挥的湘西、贵州明军和夔东十三家军队不仅不能克敌制胜，连守住湖北彝陵、荆州，湖南常德、长沙、宝庆一线都毫无把握。至于他经略范围内的广西大部分地区仍为南明大将李定国所控制，就更是力不从心。何况，当时湖南久经战乱之后，地方残破，“大敌在前，小寇在野。满兵络绎，加送迎之烦。而招徕一二难民亦复鼠窜。百姓不来，有司欲去”。经略驻节的长沙“满城极目萧条”，宝庆“城内城外无民无房，并蔬菜买卖俱无”。凭借这样一个烂摊子要同明军相周旋，确实不容易。在这种情况下，洪承畴一面竭蹶从事，努力组织绿营等汉兵固守地方，一面请求朝廷另遣满军助战，督促清廷命靖南王耿继茂迅速移镇广西梧州，实际意图是把攻取广西、牵制李定国部明军的责任推给广东当局。
清廷收到洪承畴的奏疏以后，也知道单靠洪承畴节制的汉族兵马难以同明军一竞高低，就在1653年（顺治十年）十二月任命固山额真陈泰为宁南靖寇大将军，同固山额真蓝拜、济席哈、护军统领苏克萨哈等带领满洲八旗兵前往湖北、湖南镇守。敕谕中说：“尔等公同经略辅臣洪承畴悉心商确，择湖南、湖北扼要之处驻札，其用兵机宜，悉同经略议行。……”这里有两点值得注意：一是陈泰被任命为宁南靖寇大将军虽在1653年底，他统兵南下却是相当晚的，大约是在屯齐部清军1654年回京之后方才起行，到1655年（顺治十二年）春夏之际陈泰派出的先遣八旗兵固山额真济席哈（季什哈）和蓝拜的军队才进入湖南，他本人带领的军队行至湖北监利县境因江水泛滥，河堤冲决，无法前进，直到病死军中也未能参加战斗。二是清廷给他的敕谕措辞上颇有讲究，只命他“镇守”和“驻札”湖北、湖南的扼要地方，而没有“进取”“剿灭”字样，这充分反映了清廷统治者自知己兵有限，南明军势尚强，再也不敢孤注一掷了。清方在周家铺战役险胜之后，满、汉大员屯齐和洪承畴等人满足于株守湖南腹地，避免同近在咫尺的明军决战。明军方面也同样偃旗息鼓，毫无作为。孙可望在宝庆失利后自知斩将搴旗非己所长，决定重新起用抚南王刘文秀。可是，刘文秀自从保宁战败被剥夺兵权后，日趋消极。据史书记载，他废居昆明时“益循循，谨训子（刘震）读书为儒者风，欲入鸡足山学道”。1654年初在孙可望坚持下他出任“大招讨”，由于上面已述的原因，他未能及时领兵出征。直到1655年（永历九年、顺治十二年）春，刘文秀才率领大将卢明臣、冯双礼等部马、步兵丁六万、象四十余只，踏上了东攻湖广的征途。四月，刘文秀部集结于湖南辰州（府治在沅陵），计划先攻占常德，切断洞庭湖西面湖北、湖南的通道，然后收复长沙、衡州、岳州，得手后再北攻武昌。
按照刘文秀的部署，明军进攻常德采取水陆并进的方针。他派卢明臣率领一支军队乘船由沅江前进，自己率军由陆路进发。当时，正值涨水季节，卢明臣的军队乘坐一百多艘船只顺江而下，四月十七日即攻克桃源县，活捉清朝知县李瑢。可是，刘文秀亲自带领的主力却因为连日下雨，溪水猛涨，道路泥泞，行进非常困难，“马步兵滞留数十日”，根本无法同卢明臣所统水路军队配合作战。
清朝五省经略洪承畴和宁南靖寇大将军陈泰得到刘文秀大军入湘的消息后，迅速做出对策，除了从衡州等地抽调军队回守省会长沙外，五月初十日，调遣荆州满洲八旗兵赶赴常德，加强防御力量。五月二十三日夜，卢明臣部进至常德城下，遭到优势清军伏击，由于得不到陆路明军的支援，激战到次日，卢明臣中箭落水牺牲，水路明军几乎全军覆没。清军乘胜加强了面对辰州的防务。刘文秀水、陆两路夹攻的计划既告失败，卢明臣的阵亡又严重影响了士气，他随即放弃了攻取常德的计划，带领军队退回贵州。孙可望对刘文秀的举措深表不满，又一次解除他的兵权，让他返回云南昆明闲住。
刘文秀出师失利的原因是多方面的。首先，他出任大招讨就很勉强，缺乏克敌致胜的信心，水师失利之后，他自己统率的主力并没有同清方对阵即自行撤返。上文说过，陈泰本人带领的清军因道路被洪水淹没受阻于湖北监利县境，此后不久陈泰就病死于军中。刘文秀在前锋失利、主力完整的情况下本来还可以寻找战机，他的不战而返，说明他无意于此。其次，在战术上刘文秀没有考虑到当时的天时、地利。水、陆并举的方针固然正确，但是在夏汛到来之际应该率陆路兵马提前行动，然后才出动水师，由于他安排不当，致使水师孤军深入，陷于呼应不灵的绝境。
孙可望任命刘文秀为大招讨，本意是让他在1654年（顺治十一年、永历八年）率军由湘出长江，同张名振等会师，夺取江南。当时屯齐部清军北撤，陈泰部清军尚未南下，正是一举击破清经略洪承畴拼凑的汉军、进取江南的大好时机。由于孙可望的图谋篡位，刘文秀只好按兵不动，导致东、西会师的计划全盘搁浅。在几经拖延之后，刘文秀才在1655年五月部署了进攻常德之役。这是原大西军联明抗清以来，最后一次主动出击的军事行动。刘文秀无功而返，随之而来的是围绕拥戴和取代永历帝的内部倾轧，南明朝廷已经无力东顾了。清方在陈泰病死后，于1655年（顺治十二年）八月任命固山额真阿尔津接替宁南靖寇大将军职务。阿尔津同洪承畴统率的满、汉官兵在军事上也没有取得什么进展，基本上仍是在湖南西部同明军相持。1656年（顺治十三年）三月十七日，洪承畴在奏疏中承认自己奉经略之命“将及三年，犬马之劳不辞，而尺寸之土未恢”。这种局面直到南明内讧，孙可望叛变投降清朝才改观。