此时，边章、韩遂在凉州作乱，中郎将董卓前往抵御讨伐，未见成效。
中平三年（186年），朝廷派司空张温代理车骑将军，西讨边章等乱兵，张温奏请孙坚参军事。
张温率部驻扎长安，用诏书召见董卓，董卓不忿朝廷革了自己官职，派张温为自己上官，故意拖延时间，过了好半天才应诏前来。
张温斥责董卓，董卓应对时，出言不逊。
当时，孙坚正好在座，见此情形，怒而形于色。便走到张温旁边，耳语道：“董卓不害怕自己有罪反而出言狂妄，应当以不按时应诏前来之罪，按军法杀掉他”。
张温道：“董卓一向在陇、蜀一带享有威名，现在杀掉他，西进讨伐没有依靠了。”
孙坚道：“您亲领皇家军队，威震天下，还依赖什么董卓？看董卓今天的谈话，并不想听您的指挥，轻上而无礼，是其第一条罪状。边章、韩遂胡作非为叛乱已有一年多，应当及时进军讨伐，而董卓反说不可，怠慢沮丧军心，疑惑将士，是第二条罪状。董卓接受重任而毫无战功，召其前来又滞缓不前，反倒狂妄自傲，是第三条罪状。古代名将，带兵临阵，无不果断地斩处违犯军纪者，来显扬威严，故此有了穰苴斩庄贾、魏绛杀杨干的事。现在您对董卓留情，不立即斩杀，如此必然使军威受到损亏。”
张温不忍心执行军法，斩杀董卓，于是道：“你暂时先回营，免得董卓会怀疑你。”
十一月，张温攻破北宫伯玉于美阳，遣荡寇将军周慎追击之，围榆中县；又遣中郎将董卓讨先零羌。周慎、董卓皆不能攻克。而且周慎后来几乎全军覆没，唯独董卓全军得以还营。
此时，众人皆知孙坚杀董卓之议，谓其谋略不足。
中平四年（187年），长沙人区星反叛，自称将军，聚众一万多人，攻围城邑。朝廷任命孙坚为长沙太守，前往剿灭。
孙坚到郡，检选循吏，使之治民，并且明白命令道：“你们只管好好对待善良百姓，好好处理官曹文书，按规矩办事。至于郡中盗贼，交我负责好了！”
他说到做到，立即率领将士，谋划方略仅一个月的工夫，就打败了区星，郡中震服。
当时，周朝、郭石等人也在零陵、桂阳一带起义，与区星遥相呼应。孙坚就越过郡界，前往征讨。很快三个郡都得到了平定，秩序井然，孙坚更是闻名三郡。
期间，庐江太守陆康的侄儿，任宜春县令，被敌兵所攻，派人向孙坚求救。孙坚主簿劝孙坚不要越界征讨。
孙坚回答：“我这个太守，没有什么文德，只以征伐为功。越界征讨，是为保全郡国。倘若以此获罪，我无愧于天下！”
于是，整顿部伍，起兵驰援，敌人听说孙坚要来，闻风逃遁。汉卫朝检录孙坚前后战功，封他为乌程侯。
在江表一带，孙坚更被乡人冠以“江东猛虎”称号。