五月，联军探部飞骑来报，田敏持信报闯入督护府，大呼道：“朝廷兵变，董卓遇刺身亡，司徒王允掌权。”
韩遂大惊，忙接过信报打开细看。
夏四月二十三日（公元192年5月22日），帝有疾病刚全愈，在未央宫重开朝会，接受群臣朝贺。
时有谣言曰：“千里草，何青青，十日卜，犹不生。”又有道士在布上书为“吕”字以示董卓，董卓不知何意。
董卓从郿坞赶到长安侍卫军大营，换穿朝服乘车入宫。
道路两旁排布兵卒，自大营到未央宫，左步兵，右骑兵，卫卒布在四周，吕布等捍卫前后。
马被东西绊倒，车辆不前，董卓心生怪异欲返回，吕布劝继续行。
司徒兼尚书令王允使尚书仆射士孙瑞自书诏以授吕布，吕布令同郡骑都尉李肃与勇士秦宜禄、陈卫、李黑等十余人伪穿宫门卫士服，持长戟守北掖门内以待董卓。
董卓刚入宫门，李黑等以长戟挟叉董卓车，或叉拉车之马。
李肃以戟刺之，董卓衣内穿铠甲，戟不入，伤臂。董卓大呼吕布何在？
吕布曰：“有诏讨贼臣！”
董卓大骂道：“庸狗，胆敢如此！”
吕布应声持矛刺董卓，董卓坠于车下，吕布促兵斩杀董卓。
董卓主簿田仪（田景）及仓头向前扑在董卓身体上护卫，吕布又杀之。
吕布当即从怀中拿出诏书，令吏士：“有诏仅讨董卓，余者皆不问罪。”
官吏、士卒皆正立不动，大呼万岁。
董卓当年诱吕布杀执金吾丁原，进而吞并丁原的军队，并任命吕布为骑督，董卓同吕布发誓结为父子，对彼欣赏和信任。
吕布善于骑射，膂力过人，被称为飞将，初平元年又提拔为颍川太守、中郎将，封都亭侯。
董卓挟帝迁都长安。董卓自知自己凶暴，为人所恶，所以时常要吕布作自己的侍卫及守中阁。
董卓录入关之功，封王允为温侯，食邑五千户。王允想拒绝，士孙瑞劝之勿因意气而误了大事，王允纳其言，但只受食邑二千户。
董卓性素猜疑，曾因小许失意而向吕布掷出手戟，由于吕布又与董卓的婢女有染，恐怕事情被董卓发觉，所以心中十分不安。
之前，由于司徒王允因为吕布是并州的壮士，又是董卓的近身侍卫，对彼赠厚礼相待。自从吕布怀恨董卓后，彼去见王允，述说了董卓差点杀彼的经过。
春，长安及周边接连下雨六十余日，司徒兼尚书令王允与尚书仆射士孙瑞、尚书杨瓒登台祭天求转晴，复结前谋，又与司隶校尉黄琬密商如何除掉董卓，因此便让吕布作内应。
吕布有些犹豫，说：“奈何是父子，怎么好下手呢？”
王允说：“将军姓吕，本非亲生，如今汝保全自家的性命还来不及，还道何父子！”
于是吕布应承了王允，终于刺杀董卓，授以奋威将军，假节，仪比三司，进封温侯，与王允同掌朝政。
司徒王允录尚书事，总朝政，遣使者张种抚慰山东。
温侯即为司隶河内郡温县县侯，乃之前董卓封给王允的爵位。王允为脱开与董卓的干系，又为拢络吕布，自弃温侯爵位，请帝将温侯爵位转封给吕布了。
王允以御史中丞都乡侯皇甫嵩为征西将军，命皇甫嵩带其旧部去郿坞屠灭董卓宗族。
郿坞尚未建成，皇甫嵩很快攻破，擒获董卓宗族。坞中有金二、三万斤，银八、九万斤，珠玉锦绮奇玩杂物堆积如丘山。
董卓母亲池阳君，年九十，走至郿坞坞门呼“乞免吾死”，兵士冲上前直接斩首了事。
董卓妻妾、董卓幼子、董卓之侄中军校尉董璜、董卓之弟左将军鄠侯董旻、董卓孙女董白、董卓之女牛辅之妻董氏等及宗族老弱在郿坞者，皆为其群下用刀、斧、箭等砍、射死。夷董卓三族。
袁氏诸门生故吏，改殡袁隗、袁基等诸袁家被董卓处死于郿县者，敛聚董氏宗族人的尸体于新墓侧而焚之，焚灰扬之于路。
皇甫嵩释放董卓关押在右扶风郿县的监狱之中的大臣崔烈、荀攸等。王允以崔烈出任城门校尉。
长安士人、庶民竞相庆贺，在大道上载歌载舞。士女变卖珠玉衣装去集市买酒肉相庆者，填满街肆。
董卓尸暴于市。天时始热，董卓体肥，脂流于地，守尸吏插灯芯于董卓肚脐中燃之。
董卓故旧部曲收所烧的董卓灰，并以一棺装之，葬于郿县。
诸阿意攀附董卓者皆下狱死。
王允乃并州太原郡人。王允以同郡宋翼为左冯翊太守，弘农太守王宏为右扶风太守，拱卫京师。王宏带所部从弘农郡弘农县撤到右扶风郡。
右扶风太守赵融投奔袁绍。
王允次兄王懋之子王宏仍任河东太守。
又以并州雁门郡马邑县人张辽为北地太守，北地太守王季然为议郎。
并州西河郡人王季然虽然也是王允同州，但据说王季然与白波军关系密切。
初平元年（公元190年），董卓复征刘虞进京代被杀的袁隗为太傅。道路隔塞，王命竟不得达。
这道任命书当年正是经司徒兼尚书令王允之手发出的。虽未送达，但王允一直认为以幽州牧刘虞为太傅仍有效，于是王允掌权后，立刻以王允次兄王懋为幽州刺史，准备去幽州接替刘虞，以消除众豪强拥立刘虞为帝的潜患。
朝廷控制的凉州仅剩武都全郡和北地郡二个县，王允以太常种拂子种劭为益州刺史，兼凉州刺史，妄想替代刘焉。
因一时找不到替换刘虞、刘焉的办法，王懋、种劭尚未离开长安。
董卓军徐荣、段煨、胡轸、杨定等归降朝廷，但牛辅、董越不降。
吕布、徐荣、胡轸部早些时候经几次大战后从河南尹前线撤回长安休整，段煨部仍在弘农郡华阴县，补充兵源。
王允、吕布兵变后，徐荣、胡轸直接表示归降。
屯驻弘农郡黾池的董越急匆匆赶往同郡陕县找牛辅商议对策，但牛辅生性多疑，信任手下的一名相面者和一名巫士。
牛辅胆小怕事，常不自安。把斩首用的铡刀座放置在可避兵器伤害的道教符箓旁，欲以自强。
牛辅见客前，先使相面者去看客人的面相，来者面有反气就不见。又筮知吉凶，然后乃见之。
董越来访，牛辅见董越前先让筮士筮一卦。传言这个筮士常为董越所鞭打，于是得卦兑下离上，乃火胜金，外谋内之卦也。意为董越接掌董卓旧部。
董越做为董卓宗族之人，身经百战，的确有这个可能和能力，丝毫不弱于牛辅。
于是牛辅杀了董越，吞并了董越的部曲。牛辅是董卓女婿，成了董卓旧部的首领。
吕布使李肃带部至陕县，以朝廷诏命诛牛辅，牛辅等与李肃逆战，李肃败，逃走弘农，吕布诛杀李肃，向王允谢罪。
数日后，牛辅营兵有夜叛出者，营中惊慌，牛辅以为所有兵卒皆叛了，把家宝绑在亲信支胡赤儿等人身上，自带二十余饼金、大白珠璎。
支胡赤儿乃董卓早年从北宫伯玉湟中义从胡族中征调之士，虽为牛辅亲信，牛辅也只是如奴仆一样呼来喊去的使唤。
支胡赤儿称城北已有马，可去也。
支胡赤儿以绳系牛辅腰，悬下之，未及地丈许，在城墙上的支胡赤儿突然放手，牛辅跌落城下，腰受伤不能行，诸胡共取其金饼和大珠，斩牛辅首送往长安邀功。
牛辅、董越一死，徐荣、段煨、胡轸、杨定等已降，董卓派往各地的未降余部首领大都皆为拥兵数千的校尉，王允手中有吕布、皇甫嵩二员大将，在群臣面前表现得无任何担忧了。
青州黄巾军张饶等部破北海国等地，人口达百万众，于是攻入兖州，杀任城相郑遂，转入东平国。
刘岱欲击之。
鲍信析黄巾百万众，无辎车，四处流动掠夺为生，谏刘岱应固守，待黄巾势离散，选精锐，冲要害，击之可破。
刘岱不从，出兵交战，果为黄巾所杀。
济北相鲍信等人迎东郡太守曹操出任兖州牧，曹操和鲍信合军屯驻东平国寿张县东，准备进攻青州黄巾。
受徐州刺史陶谦的打击，徐州黄巾军自南向北逃出徐州，入青州北海国，北海国国相孔融从朱虚县退至都昌县。
王允不承认曹操任兖州牧，打发董卓任命的京兆尹金尚去任兖州刺史。
王允选青州北海郡剧县人滕胄为京兆尹。
韩遂判定，此次王允、吕布兵变，从某种意义上是并州军对掌权的凉州军不满而发动的兵变。
王允能否摆平并州、凉州、幽州、冀州、司隶、中原各郡的势力决定了其能否在朝廷立稳。
韩遂问田敏韩岳、韩桥等去长安拜见董卓的人现在何处？田敏请主公放心。
韩家在长安留有郊外一百亩菜地，韩越、护院家丁韩伟一直在那里坚守。
韩岳、韩桥、十名引弓门客等已与之汇合，住在百亩菜地田头茅屋中避难。
马腾在长安城郊外一个客栈居住安好，无人知晓去长安的人是不是真马腾。
胡轸等驻军于城外，长安城中无人识得韩遂、韩岳。
韩、马进长安，只刘艾和董卓等少数几人知道，王允尚且不知韩、马之事。
为防意外，韩遂命成公英派飞骑带调兵符去通知镇守各郡县的联军抽一半兵向汉阳郡望垣县和陇县集结。