奥卡王子幼子阿帕蒂在库斯科登基为王，事实上造成了印加南北分裂。
宋洲在完成自己的牵制阻敌任务后，随即撤兵。阿帕蒂立刻命令库斯科军队接替防御，与基多军队在后世秘鲁胡宁湖附近相持。
基多一方兵多将广，库斯科一方得到宋洲的全力支持，拥有更加先进的武器盔甲，两方有过几次交锋，互有胜负。
新世界70年，西元1549年，春。
南方贵族中的领头人阿图科因病离世，作为自己一生最尊敬的老师，阿帕蒂为其举行了最高规格的厚葬，并亲自举办了祭祀仪式。
基多城得知消息，趁此时机，派大将基斯基斯与卢米尼亚维率八万之兵南下，准备一举平定南部的叛乱。
收到军情，阿帕蒂急匆匆在库斯科征召了四万军队，对于谁堪大任，领兵出征，这让他犹豫不决。思前想后，阿帕蒂再一次前往监牢，看望了牢中关押的原印加大将查尔库奇马。
查尔库奇马被关押的近两年时间，除了人身不自由外，并没有受任何皮肉之苦。相反，他利用这段时间学习了阿帕蒂发明出来的印加绳结字，了翻译出的《孙子兵法》，简直使他如获至宝。
这一次探望，阿帕蒂与查尔库奇马交谈了什么，没人知晓，但可以肯定的是查尔库奇马被说服，转而投效了阿帕蒂，并在这次出征中担任了暗地里的统帅。
库斯科四万大军里大部分是银矿奴隶出身，经过一番整训，这些人纪律组织度较高的优点体现了出来，至于堪不堪战，还有待实战检验。
五月上旬，基斯基斯与卢米尼亚维率领的基多八万大军陈兵于胡宁湖畔，库斯科军队随后赶到。两军对垒，基多军队始终占据着上风。
胡宁湖海拔4000米以上，后世该湖泊因附近盛产一种据说有壮Y作用的植物——玛卡，以及湖水重金属污染而闻名世界。
这场大战打了足足三个月，到八月份，库斯科军队由于兵力不足，渐渐露出颓势。
基斯基斯与卢米尼亚维也不轻松，连续收到基多城尽快一决胜负的催促，见己方优势已定，两人不敢再拖延，决定发起最后一战。
于是，在这种背景下，印加版的“背水一战”上演。
库斯科军队背靠胡宁湖列阵，若不能取胜，只能淹死于湖中。在这种“拼死方能求生”的心态加持下，库斯科军队爆发出了惊人战力，将兵力两倍于己的基多军队打得溃不成军。
基斯基斯被俘虏，只有卢米尼亚维带着残兵遁走。
后来，疑心病极重的基多国王知晓查尔库奇马与基斯基斯在南方效力，认为三位前朝老将必有阴谋，他不顾卢米尼亚维的申辩，下令将其处死，可谓自断臂膀。
经过严格训练的银矿奴隶兵在此战中发挥了中流砥柱的作用，不少低级将领表现得悍不畏死，有勇有谋。
此战后，基多一方暂时腾不出兵力继续南下，库斯科一方得到了重要的休养生息机会。
捷报传到库斯科时，寝食难安的阿帕蒂才稍稍松了口气。
有功则赏，有过责罚，阿帕蒂想抬升那些作战勇猛，但出身奴隶的低级将领为贵族，却遭到了南方贵族们的集体反对。
当初攻取库斯科，阿帕蒂将内乱中被杀死的贵族财物赏赐给作战有功的奴隶，就令贵族们十分不爽，现在又让这些卑贱之人与自己平起平坐，试问他们如何肯答应。
老师阿图科临终时，曾言贵族们靠不住，今日他们能拥戴自己，明日便能拥戴别人。现在看来，塔万廷苏尤的确到了需要改变的时候，不然将来哪有什么能战之兵，阿帕蒂最终下定决心。
见反对力量势大，阿帕蒂只好选择暂时妥协，命人送信给前线的查尔库奇马，令其带领有功将士尽快返回库斯科，以防库斯科剧变。
查尔库奇马率军赶回后，阿帕蒂旋即于王宫中举行了一场庆祝酒宴。
宴会中，他再次提及封赏之事。不懂何为鸿门宴的库斯科贵族又一次跳出来，坚决反对。
阿帕蒂摔杯为号，宫中卫士闻声闯入，将众贵族一一拿下，由此揭开了南印加轰轰烈烈的改革。
阿帕蒂主持的改革包括正治、军事、文化、经济四个方面。
正治上，印加将使用统一的组织和管理模式，不在区分核心统治区与非核心统治区，这会改变以往核心统治区由来自库斯科派遣官员直接管理，而非核心统治区，则由地方贵族自管的情况。同时，取消早已走样的“礼品交换”传统，允许职业商人存在，确立白银为货币；全果的土地与财物名义上属印加，印加赏赐给个人，即为个人所有，任何人不得抢夺侵占……
军事上，编炼新式军队，即增加刀盾兵、火器兵、骑兵等兵种，军队最高统帅是印加；新式军队分为禁军与地方军，地方军主要负责地方维W，禁军负责机动作战……
文化上，所有祭司与官员必须学习掌握印加绳结文字，用绳结文字编写历法、律制；最高祭司为印加，印加可以指派一位德高望重者代替自己主持祭祀活动；废除活人祭祀，以牲畜取代……
经济上，鼓励手工业者参入交易贸易；完善农业灌溉系统，鼓励百姓开垦，明确土地所有……
南印加的这场改革虽谈不上彻底，比如并没有废除奴隶的存在，但给了奴隶摆脱身份的途经，触及到了生C关系的改变，仍具有积极的意义。
改革措施推行下来，南印加顿时陷入到动荡，查尔库奇马再一次充当救火队员，四处扑火。
到西元1549年年底，动荡才大致结束，大批反对改革的贵族被贬为奴隶，丢进了波托西银矿。
银矿开采恢复后，阿帕蒂从宋洲大规模引入了耕牛、耕犁等农业工具，以及小麦，大麦等农作物，将其借贷给百姓，使得南印加粮食生产迅速恢复，为之后的北伐打下了物资基础。