努尔哈赤将叶赫部分化编入八旗，以削弱他们的力量，又将金台石、布扬古的家眷籍没为奴，从此，仇恨的种子深深的植入了叶赫那拉氏家族中。
努尔哈赤统一女真，实力大增，户增五万，兵增三万，至此，努尔哈赤拥兵十万以上，成为辽东最强大的军事力量。
大金国的主要对手—大明王朝，阻碍金国扩张的力量，一个让努尔哈赤无比愤恨的王朝，他要向狮子般将这个王朝撕碎。
一方在紧张的修兵备战，一方在加紧修筑城堡，训练新兵。新的大战即将拉开帷幕！
经过一个多月的路途，孙承宗终于到达了沈阳。孙承宗身体不好，一路上停停顿顿，边休养边赶路，到了沈阳，整个人廋了一圈。
见到老师的到来，朱由校激动不已，让贺耿和江明休息两天去熊廷弼那报到，训练新兵去了。孙承宗和朱由校促膝长谈，这一谈，不知不觉谈到深夜，朱由校将来到辽东后的事向他叙说了一遍，又将以后的想法也陈述了出来。孙承宗也将一路上的所见所闻一一陈述，沿途逃往关内的百姓拖家带口，甚是惨状，有些地方官员还趁机敲诈勒索，卖儿卖女不在少数。听到这些，朱由校感慨万千，乱世之中，暴苛之政比起女真之患尤甚。
他们二人先是陷入一阵莫名的悲伤之中，转而，孙承宗抬头，眉目微皱，道：“殿下，此次经过锦州、宁远，发现此处乃是咽喉要道，若能在宁远之侧筑起两处城堡，形成犄角互援策应，便可成为山海关外一道坚固的防线，与前方开原、抚顺、广宁等第一道防线遥相呼应，更可巩固辽东。”
朱由校听到孙承宗说这些，来了精神，咧开嘴笑道：“师傅果然大才，出一次关还不忘考察地形，你说的不错，将来辽东经营少不了师傅费心！”
这就是历史上著名的“宁锦防线”，想不到这个时候已经有了初步规划。
自此，辽东局势逐渐稳定，朱由校将孙承宗引荐与熊廷弼，让他辅佐熊廷弼。熊廷弼起初不高兴，认为皇长孙不断安插亲信在他周围，极易被人掣肘，因是皇长孙的老师，也是日后的帝师，极有可能成为日后的内阁首辅，熊廷弼不敢怠慢，只得忍气吞声将就。谁知日后在处理辽东事务和治辽之策上竟然与孙承宗有惊人的相似，且孙承宗谈吐和战略眼光也独到一处，令熊廷弼刮目相看，如遇知音一般，尽弃嫌隙，与孙承宗共同参知辽事。
努尔哈赤看到明军练兵筑城，防线大固，便经常率兵袭扰，但明军凭坚城防守，拒不出城迎战，努尔哈赤也无可奈何，始终无法再前进一步。
努尔哈赤虽然在萨尔浒大战中获胜，又攻灭叶赫，统一女真，实力大增，但辽东守备也大固，从北面的开原到南边的清河，形成了一条长达300多公里的坚固防线，使得大金国无法向前挺进一步。努尔哈赤善攻，长于野战，而熊廷弼善守，凭坚固城池不出城门一步，让努尔哈赤奈何不得。
努尔哈赤正踌躇不展之际，忽一密探来报，努尔哈赤以为明朝那又有什么大的动向，急唤到一旁垂询。密探回奏：“奴才在沈阳探得，明朝皇太孙亲临辽东坐镇！”
努尔哈赤略显吃惊，眉头一挑，悠然道：“噢，明朝的皇太孙坐镇辽东？他多大？”
“奴才探得，今年刚满十六岁。”
努尔哈赤一脸不屑，笑道：”一个**臭未干的小子不在皇宫里养尊处优，也敢来这里，明朝的皇帝当真不喜欢太子一系，哈哈……”
“奴才听到明朝的皇太孙不是一般人物，虽年少，但异常聪慧，民间多有他的传闻。”
“哦”，努尔哈赤止住笑容，收敛起来，“怎讲？”
“奴才听闻，明朝皇太孙天纵英才，聪慧异常，曾多次言及辽东之事，听说熊廷弼能担任辽东经略便是他的举荐。明军大举进攻我大金时，他已洞悉战局，便偷偷跑出皇宫来到辽东。时值大汗刚灭萨尔浒山明军，明朝皇太孙刚到沈阳，便不管其他几路明军，直奔南路李如柏部。”密探略一抬头，字字珠玑说道：“鸦鹘关外一战，听闻便是皇太孙指挥！”
努尔哈赤听到这，大惊失色，直感血流上涌，登时便坐不住，猛然站起，惊道：“你是说鸦鹘关外我与明军之战不是李如柏，而是皇太孙！”
密探深深鞠躬，道：“是！”
那一场夜战，让努尔哈赤记忆犹新，甚至不敢回忆，那场不是惨败的战败，让他第一次感到了羞辱！原以为是败在了老相识李如柏手上，却不曾想竟是一个**臭未干的毛孩子！这是很可怕的！努尔哈赤知道这意味着什么，一个能干的储君要远比一个能干的大臣可怕！这可是未来主宰大明的人！
努尔哈赤僵愣在御座前，一脸凝重，眼神呆滞的看向前方……
他知道，自己的路越来越难走，这将是一个可怕的对手……
这时，范文程带着奏表小心翼翼的刚走过大殿门槛，看到大汗在呆滞的看向门口，又见一个汉人模样打扮的人跪在御座前，心里猜到了八九分，一定是明朝方向有什么事在密报给大汗。范文程不敢打扰，转身要走，忽听大汗喊道：“是范师傅吗？请进来吧！”
大汗这么客气？称自己是师傅？这让范文程背后一阵嗖凉，浑身不自在，但也感到有不妙的事发生。范文程不敢怠慢，转身弯着腰轻巧快步的走了进去。
行过大礼，原本要向大汗禀报的事也揣在怀里不敢拿出来了。努尔哈赤见到范文程，对跪在对上的密探直截了当的说：“你把刚才的情报原原本本的说与范先生。”
密探朝范文程拱拱手敬了下礼，就将与大汗说的情报一字不落的说与范文程听。
范文程听着听着也惊心了起来，脸色也凝重了。他不曾想，让大汗深以为耻的鸦鹘关外之战竟是出自一个少年之手。大汗何等人物，三十年未尝一败，若说侥幸让李如柏赢了场小仗，倒还能让大汗忍受，毕竟那也是名将之后，可一个**臭未干的孩子，初试锋芒，便能如此完美，可敬！可叹！更可怕！
“范先生有何看法？”努尔哈赤神情不悦，明显带有怨恨的口气问范文程。
范文程也是突然，至今自认为大汗英明，乃是旷世英主，和腐朽的明朝比，大明被大金吞掉是迟早的事，明朝几百年了，除了太、成二祖，后世子孙一个不如一个，早让人看不到希望了，可如今突然冒出个天赋异禀的少年储君，这实在是大感意外。范文程也难为起来了。
英雄所见略同，范文程和努尔哈赤所想的一样，昏君加名将好对付，明君可就难了。
范文程直摇头，伏地惶恐的回道：“臣无能，请容臣细想。”
努尔哈赤也摇头叹息，指着密探轻声道：“你回去吧，继续打探。”
密探出去了。努尔哈赤和范文程两人对默良久，努尔哈赤忽然开口问：“范先生此来何事？”
范文程释然，从怀中掏出几本奏表，双手呈上，“近日一些汉人家奴逃跑，有些汉人聚众闹事，抢掠一些财物，地方官府抓住一些刁民，您看如何处置？”
努尔哈赤听完汇报，怒的直接将奏表扔了出去，大怒道：“杀了！都杀了！像这样不臣服于我大金的汉人，统统杀了！以后这种事不必再来报与我！”
范文程心惊肉跳，大汗的暴戾杀伐凸显无疑，大金国内汉人反抗时有发生，他们就如同救火队员一样，扑灭了这里又去扑那里，这不是长久之计，范文程几次想改善民族矛盾，实行怀柔之策，怎奈大汗对汉人恨之入骨，能容得了他这个汉人在朝为官又很器重，已是破天荒了，怎敢再提。没办法，范文程只得含恨走出大殿，传达命令去了。
朱由校与熊廷弼、孙承宗常到军营检阅，部队按照现代的军事科目操练，同时又选拔一批精干的士兵成为教官，再分配到其它部队训练，如同枝叶开花般逐渐在辽东形成大明独特的训练方式，也成为大明最具战斗力的部队！
如此，一年的光阴过去了。辽东守备坚固，军屯开垦也获得丰收，得粮一百三十万担，足以自给，实现了“辽人守辽”之策，万历皇帝得到辽东大固，“辽人守辽”之策的成功，龙颜大悦，下令嘉奖皇太孙及熊廷弼。
然而，正在辽东蒸蒸日上之际，京城出现了变故。
杨涟差人来的密信给熊廷弼，熊廷弼接到信，大吃一惊，惊恐不已。熊廷弼手拿密信，不敢隐瞒，将信转交给我。
杨涟是东林党之首，熊廷弼与东林党关系密切，此时朝中党争日显，已趋于白热化，楚党、浙党、东林党、昆党、宣党等争斗不息，其他党派在朝中多次上言诋毁熊廷弼，杨涟等大臣力挺，且万历皇帝也在此时表现出了坚决之心，启用熊廷弼不疑，并始终贯彻“辽人守辽”之策，对辽东之事从不横加干涉，显示出了万历皇帝在辽东之事上的明智之举。然熊廷弼与皇太孙共事一年，深佩皇太孙的远见卓识，也早已成为“太孙党”。熊廷弼接到杨涟的密信，直接火速觐见皇太孙转呈。
朱由校看到密信，大惊，脸色骤变，惊呆了起来，熊廷弼在旁也不安的小声道：“殿下，您快回京吧！”
信中短短几字：圣上垂危，大限将至！
唉！朱由校狠锤了下桌子，万历皇帝大限就要到了，真恨自己不记的万历皇帝崩天的具体日期，早知道在前世就好好的研究明史。万历皇帝驾崩，太子朱常洛就会登基，这是一个短命的皇帝，在位不过短短二十九天，这说明离他登基的日子不远了，可朱由校远在辽东，如果不赶紧回去，在政权交替之际继承人不在政治中心是很容易发生变故的。
朱由校不能在这上面耽误，于是让熊廷弼将那九名锦衣卫撤换下来，随他回京，并让熊廷弼派人护送孙承宗回京。临走之际多多嘱咐熊廷弼，小心努尔哈赤在国丧期间有所动作，要做好一切准备。
凌晨拂晓，第一缕阳光照到城楼上，大部分百姓还在睡梦中，一天的劳作还没有开始，沈阳开城的一刻，朱由校静悄悄的第一个奔出了城门，身后熊廷弼和无限担忧的孙承宗目送他们远去。
他们白天赶路，晚上休息，直奔京城。