甚至在达尔文之前，瑞典植物学家林奈在他的《自然系统》（1735年出版）里，就已经在思考把每一个物种分门别类，但他没能一劳永逸地解决这个问题。
达尔文的理论石破天惊地宣称：“人类和猿猴有共同的祖先，人类是一种动物，与其他动物有着类似的进化过程。”在一次创造行动里造出人类的、备受崇敬的偶像突然被推翻，只是因为达尔文的理论考察了物种、适应和进化。
达尔文主张自然选择是进化改变物种的机制。他证明每一代物种中最强健的、最能适应环境的个体会存活下来，并把这些特性传递给下一代，经过一段长久的时期，动物的形态就会累积出可观的改变。动物和植物，达尔文说，靠进化在它们的生存环境里相互竞争，繁衍后代。有的物种，如人类，进化得较快；有的物种进化得慢，如鱼类，相对保持不变。正如斯宾塞的著名格言：“适者生存。”
达尔文的进化理论有几个直接的推论。
物种之间的差别融合。正如19世纪发现并被考察的化石记录表明，有的物种差别开始看出相互融合之处。达尔文把所有的动物画成一个树形谱系图，从图上看，所有的动物都有可能追溯到共同的祖先。他写道，从本质上看，“人与较低等的动物在自然属性上没有不同。尽管在进化程度上差别巨大，然而无论在进化程度上的差别有多么巨大，都没有道理将我们人类抬举到与众不同的领域”。换句话说，他将人类单纯地看做是一种动物。
进化发生于一个漫长的时期。达尔文的进化论迅速地让世人明白，复杂的动物需要几百万年的时间来实现进化，一个世代的时间是不足以进化出一头大象的。因而，《圣经》的记载显然不可当真。
进化论改变了生命的含义。人们曾相信上帝创造人类，上帝给人类安排了目的和计划，可忽然之间，人类变成了盲目的、随机的、自发的、自然过程的结果，这个推论给人们心理上带来极其巨大的震撼。“人类是上帝庇护的孩子”的观念被推翻，人类忽然发现自己漂泊在一个漫无目的的世界里，对于许多对进化论存在有着本能的反感的人来说，这无异于火上浇油。
达尔文没有从他的理论中铸造出任何哲学，尽管他唤醒了那个时代。达尔文也没有把他的理论应用于经济或者工艺。达尔文只是相信，不同的生命群体进化着不同的道德，这使他质疑上帝，质疑上帝唯一的道德权威。
激烈的争论终于爆发了。1860年，一场著名的辩论在萨缪尔·威尔伯福斯、牛津主教与赫胥黎（他已经变成达尔文观念的伟大鼓吹者）之间展开，当大主教结束发言时，他嘲弄进化论，问赫胥黎究竟是从他的祖父那里还是从祖母那里得到猴子的遗传？一位目击者写道：
“这时赫胥黎先生不慌不忙地站起来，一个瘦长的高个子带着严峻苍白的面孔，很平静很庄重，他站在我们面前，讲出了那些有分量的话——确切的话记不清了，在场的人都为对话的内容屏住了呼吸，对话的含义我们都确定无疑地明白，他说，他不会因为有一个猴子的祖先而感到羞耻，但却会因为与一个费尽心机来压制真理的人打交道而感到羞耻。他的话人人都听明白了，并受到极大的感染，有一位女士昏倒了，让人扶了出去，我几乎从我的椅子上跳起来。”
达尔文的进化论在这一天取胜了。赫胥黎的讲演稿《人在自然界中的位置之证明》于1863年发表，最终确定了人类与猿猴的关系。同年赖尔的《古代人类》发表，向读者证明人的起源可以追溯到几百万年以前。1871年，达尔文发表了《人类的由来及性选择》，在书中他对那次著名的辩论作了概括，把人类纳入一个进化体系。在科学面前，《圣经》输了，科学因胜利而狂欢，一个科学昌明的时代来临了。