十字军第二次东征失败40年后，罗马教皇又发动了第三次“远征”。这次“远征”是由于十字军建立的耶路撒冷王国被英勇的伊斯兰教徒夺了回去。
12世纪后半期，东方发生了巨大变化，埃及苏丹撒拉丁用武力征服了相互攻战的各个伊斯兰小国，结束了长期分裂的状态，以埃及为中心建立起一个统一的强大的苏丹国家。
撒拉丁是亚美尼亚库尔德人，青年时代在大马士革接受教育，是一个笃信伊斯兰教的最虔诚的穆斯林，同时也是一个富有韬略的天才政治家、勇敢的穆斯林战士和伟大的统帅。埃及法蒂玛王朝时曾担任过总督，1171年撒拉丁推翻法蒂玛王朝，1174年自称苏丹。在他统一了埃及和叙利亚之后即在伊斯兰教徒的支持下，宣布对十字军进行“圣战”。
1187年，撒拉丁率领穆斯林联军于加利利海（今戈兰高地以西的太巴列湖）附近的提庇里亚地区与十字军决战，撒拉丁大获全胜，消灭了十字军主力，俘虏了耶路撒冷国王和神庙骑士团团长。
撒拉丁乘胜追击，不失时机地收复了沿海许多城市，如西顿、贝鲁特等。
同年，撒拉丁发动了对耶路撒冷的总进攻，并迅速获得了胜利，收复了耶路撒冷。撒拉丁收复耶路撒冷后，重新恢复了对先知穆罕默德的崇拜。
撒拉丁对被俘的基督教徒和十字军骑士采取了较为宽容的政策，而不像十字军对待俘虏那样对待他们。撒拉丁允许他们缴纳人头税来换取自由。
撒拉丁命令十字军的俘虏，男的交出十个金底那尔，女的交出五个金底那尔，小孩交出一个金底那尔方得获释，不交者即卖为奴隶。数以千计的十字军俘虏因拒绝缴纳人头税而被卖为奴隶。
坚持88年的耶路撒冷王国终于灭亡了。这一消息传到欧洲，罗马教皇以下各级主教和德、法、英等国的基督教徒们大为震惊，整个欧洲陷入一片混乱。为了恢复耶路撒冷王国，教皇又发出了组织第三次十字军远征的号召。1189年，十字军组成，同年兵发东方。第三次十字军东征开始了。
十字军兵分三路。第一路由德意志皇帝红胡子腓特烈一世率领，从纽伦堡出发，途经维也纳，到达贝尔格莱德，经索菲亚到达阿德里亚那堡，从这里南下渡过大海，在小亚细亚登陆，自雷俄提西亚东征伊科尼翁后南下，他们到处遭到伊斯兰教徒的坚决抵抗，损失惨重，费尽力气最后到达赛琉西亚。在一次强渡一条河流时红胡子腓特烈被淹死，他的军队同时被击溃，第一路十字军覆没。
第二路十字军由法王奥古斯都·腓力二世率领，从维兹列出发，经里昂到达热那亚，在那里得到热那亚商人的支持，配备了强大的舰队，沿意大利西侧海岸向东南航行，在麦西拿渡过西西里岛海峡，绕克里特岛南端海域向东航行，直抵巴勒斯坦，到达安克拉。在那里他们遭到了撒拉丁的严重打击，同时腓力二世与英王狮心理查不和，互相争斗起来，一气之下，腓力二世率军返回法国。第二路十字军自行退却。
第三路十字军，由英国金雀花王朝国王理查一世（绰号狮心理查王）率领。从英吉利首都伦敦出发下海，乘舰船绕行欧洲西部海域抵达葡萄牙西岸，在里斯本休整后，从丹吉尔渡海峡，北向航行直抵法国马赛。在这里会合由法国维兹列开来的陆路部队，之后，经撒拉丁岛向东南前进。横渡第勒尼安海，在麦西拿渡过海峡，东下克里特岛，于干地亚登陆后，稍事休整，又东渡至罗得斯岛。之后继续东进，到塞浦路斯岛的利马索尔，由这里直趋安克拉。狮心理查王与伊斯兰教领袖撒拉丁展开了十分激烈的斗争。尽管狮心理查王非常英勇，但最终未能战胜撒拉丁，也未能重新夺回耶路撒冷。
1192年，狮心理查王被迫与撒拉丁签订了一个条约，规定十字军基督教徒只可拥有靠近耶路撒冷沿海的狭长地带。至此，十字军势力范围就只剩下一个的黎波里与安条克合并后的安条克公国以及推罗等几个城市，再加上早些时候十字军建立的塞浦路斯王国。在东方的十字军基本上被清除了，但伊斯兰教徒允许基督教徒到耶路撒冷朝拜。
第三次十字军东征也以失败告终。1192年，狮心理查王在归国途中被奥地利公爵俘虏，后来他又被转交给了神圣罗马帝国皇帝亨利六世。直到1194年才由英国贵族用重金赎回，于1199年死去。