历来讲南明史的人大抵都把视线集中于江南，很少甚至完全不涉及黄河流域的反清复明的运动。自然，南明的几个朝廷都是在南方建立的，相对而言明、清对峙的局面在南方表现得最明显；但是，北方汉族官民的反清斗争是不容忽视的，这种斗争不仅牵制了清廷兵力，延长了南明政权存在的时间，而且在某些情况下（比如姜瓖等的反清复明）对清廷的威胁更大。人们常有一种错觉，以为清兵入关以后，推行民族征服、民族压迫政策在南方遇到顽强的抵抗，而在北方除了一些所谓的“土贼”和“兵变”外，统治相当稳固，没有出现多大的社会动荡。实际情况并不这样简单。分析一下1644年夏季以后的全国形势，应当说黄河流域和南方各省确实存在差别。随着以崇祯帝自尽为标志的明王朝覆亡，黄河流域的汉族官绅一度受到大顺政权的沉重打击，不少人把满洲贵族建立的清廷看成维护自身利益的新靠山；而江南官绅并没有亲身经历这场大变革，他们考虑的重点是维护自己的安乐窝。然而，江淮以北的辽阔地区同样存在尖锐的民族矛盾和阶级矛盾。清廷标榜的“代明剿贼”“吊民伐罪”以及对汉族官绅的某些笼络政策只收到部分效果，既不能代表广大贫苦农民的意向，也不能说所有北方汉族官绅都心悦诚服地归顺清朝。在大顺政权统治的短暂时期里，农民们如释重负，扬眉吐气，由衷地拥护实行免赋政策的大顺政权。正是由于这个原因，在甲申夏季，原先到处“土贼蜂起”的山西、河北、山东、河南等地一度出现了“太平景象”。可惜好景不长，清军入关后，公开宣布维护当地官绅的既得利益，同时恢复征粮征赋，新旧官绅有恃无恐地大搞反攻倒算，各地自发性的武装反抗烽火连天，数量之多、规模之大甚至超过了明末崇祯时期。另一方面，汉族官绅慌不择主地投靠清廷，为时不久就发现满洲贵族推行的民族歧视政策，如剃发改制、重满轻汉、重辽东旧人轻新附汉人，自己的尊严和利益受到不同程度的损害。华北地区的汉族官绅在政治态度上随之发生分化。一部分官绅忍气吞声乞怜于清廷；另一部分官绅在1645年（顺治二年）六月以后眼看满洲贵族征服者的骄焰日益显露，由依附清廷转变为公开或秘密反清。著名的例子如上文提到的凌；降清任青州道参与镇压赵应元起义的韩昭宣，后来跑回山西同虞胤等人组织抗清；濮州乡官叶廷秀在1644年（顺治元年）八月向清山东巡抚方大猷呈请速派援兵镇压“土寇马应试”，以“救民水火”，大约在1647年他却同江苏沛县著名文人阎尔梅参加山东榆园军共同抗清，“欲假为绿林、新市之资，以图南阳（指东汉光武帝）之业也”，最后被清军捕获，就义于东昌府（府治聊城）。此外，如弘光朝东平侯刘泽清降清后虽官封“一品世职”，也不甘寂寞，策划在北京和山东曹州同时并起，推翻清廷（详见下述）。至于山西、陕西等地汉族文官武将降清后又重新参加反清复明运动的人更是为数众多。明末大学士惠士扬、李建泰名重一时，降顺降清，似乎不顾名节，最后却都以激烈反清遇害。事实说明，民族矛盾的激化并不限于南方。由于北方绅民的反清运动比较分散，南明方面的史籍又很少记载（这在相当程度上反映了南明朝廷当权人士的胸无全局，满足于偏安一隅），下面只能在为数众多的反清斗争中选出一些有代表性的事例叙述，以窥一斑。
1647—1648年各地反清活动图
山东谢迁起义。1646年（顺治三年）冬，谢迁在高苑领导起义，攻克高苑县城，处死清朝知县武振华，将该“县百姓照册点名”。接着，又攻克新城县。次年（1647）四月二十六日攻破长山县，活捉清知县周懋臣，随即将库载银两席卷而去。六月十三日谢迁率领义军突然进抵淄川城下。城中义士丁可泽等充当内应，于第二天凌晨破城，擒获降清乡绅孙之獬。孙之獬在明末清初官场上是一个声名狼藉的人物。崇祯初惩办魏忠贤阉党，他抱着《三朝要典》哭告太庙，从此列名逆党，废黜不用。清兵入京后，他立即投靠新主，极尽巴结之能事。《研堂见闻杂记》云：“我朝之初入中国也，衣冠一仍汉制。……有山东进士孙之獬阴为计，首剃发迎降，以冀独得欢心。乃归满班，则满人以其为汉人也，不受；归汉班，则汉以其为满饰也，不容。于是羞愤上疏，大略谓：‘陛下平定中国，万里鼎新，而衣冠束发之制，独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国从陛下也。’于是削发令下。而中原之民无不人人思挺螳臂，拒蛙斗，处处蜂起，江南百万生灵，尽膏野草，皆之獬一言激之也。原其心，止起于贪慕富贵，一念无耻，遂酿荼毒无穷之祸。”谢迁义军深恨其无耻，用锥子遍刺其身，插上头发，恨声不绝地骂道：“我为汝种发！”孙之獬自知众怒难犯，已无活理，破口大骂。义军将其口缝上，凌迟而死，还把他在城中的孙子、曾孙杀了个干净。顾炎武听到这个消息后，极为开心，特作《淄川行》一首志庆：“张伯松，巧为奏，大纛高牙拥前后。罢将印，归里中，东国有兵鼓逢逢。鼓逢逢，旗猎猎，淄川城下围三匝。围三匝，开城门，取汝一头谢元元。”谢迁部义军据守淄川县城达两月之久，后来被清军挖地道用火药轰塌城墙，才失守。
山东榆园军的反清斗争。山东东昌府濮州、范县一带从明朝末年以来就有所谓的“榆园贼”。据记载，由于万历后期山东天灾人祸不断，耕地大面积抛荒，“榆钱落地，久皆成大树”。任七、张七为首的饥民“啸聚其中”，“号百万”。他们不仅利用茂密的榆林做掩护，还创造了地道战术，在地下挖掘纵横交错的通道，长达数百里，神出鬼没地袭击官军。到清朝初年，榆园军已经蔓延到朝城、观城、郓城、城武等县，声势颇为浩大。
到1648年（顺治五年）五月，降清后居住北京的原明东平侯刘泽清（曹州人）见“如今处处反乱”，断定“清国不会用人，国运不久了”，秘密派遣侄儿刘之榦与麾下副将郑隆芳、姚文昌潜往南方同“南朝”联络，带回口信说“君王甚喜”（按当时形势和刘泽清曾掌握部分舟师分析，使者很可能是朝见了鲁监国，而不是永历帝）。刘泽清认为这是反清复明的大好时机，召集亲信李化鲸，到北京密商，约定八月十五日刘泽清“从京中起手，尔等亦于是日举事”。李化鲸返回曹州招兵买马，暗中进行反清的准备工作。清河道总督杨方兴“微闻其不法状”，采取调虎离山计题授李化鲸为兖州守备，让他“单骑就职”。李化鲸被迫提前在七月间起事。他联络附近榆园等义军拥立一个明朝宗室为王，以天正为年号发布文檄，连续攻克曹州、定陶、城武、东明等州县。山东巨野和同曹州接境的直隶大名府、河南归德府的百姓纷纷响应。清廷唯恐事态扩大，不可收拾，下令调三省官兵会剿。参加围剿的有驻防东昌府梅勒章京赖恼、沂州总兵佟养量、临清总兵宜永贵、保定总兵鲁国男、河南总兵高第、河北总兵（指镇守河南省黄河以北三府地区）孔希贵等部。大批清军蜂拥进至曹州，义军虽然奋勇抵抗，终因寡不敌众，被杀得“尸横遍野，血染草丹”。清军先后夺回东明、定陶、城武等县，八月初一日包围了曹州。李化鲸等见形势不利，“出城讲说”；二十八日把拥立的“伪王绑缚献出”，希望借此换取清方退兵。自然这是不现实的，清方绝不会容忍李化鲸据守曹州，继续围攻。九月十五日，李化鲸等又出城谈判，被清军扣留，把他和“伪王”以及刘泽清的三个侄儿押解进京。在这种情形下，曹州城里的义军仍然坚守城垣。十月初二日，清郑亲王济尔哈朗统率由京师南下湖广的军队行至曹州，用红衣大炮攻城。初四日，城陷，清军“搜剿无遗”。
李化鲸等人被押解到北京同刘泽清对质。刘泽清知道密谋败坏，私自烧毁密信等证据，又被家中婢女告发。十月二十五日，清廷经过大臣会审后，刘泽清和他的弟弟、侄儿、李化鲸等人以谋反罪被押赴市曹处斩。
刘泽清、李化鲸的反清活动虽然被清政府镇压下去，但榆园军的反清斗争仍在继续进行。1649年（顺治六年），清廷任命张存仁为直隶、山东、河南三省总督，统一事权，加紧围剿。张存仁到任后，命部将张胆领兵砍伐焚烧榆园林木，又决引黄河之水淹灌地道。义军失去了凭借，终于被清朝官军击败。1651年（顺治八年）十月，榆园军首领梁敏遇难，“张七伏诛，任复性投降”。王熙作《骠骑将军张公传》中说：“榆园者，山左之险僻地也。山林箐莽，溪洞盘亘，巨寇梁敏、杨三吾等倚为窟穴，踞险啸聚，时出惨掠旁郡，官兵莫能制。朝命张存仁总制三省相机往剿。张公曰：吾用赵人久，剿荡榆寇非张副戎（当时张胆任副总兵）莫办。遂亟疏于朝请迁公直隶、河南、山东三省大厅（实际为三省总督之中军），节驻天雄（指大名）。公提兵至其地周视曰：是贼无能为！绝其区，防奔逸，一鼓就擒矣。乃阴使人持火具从间道焚林烈泽，烟焰涨天，继遣健丁操锐斧列阵而进，摧枯刊木，灌莽若洗，贼始惶骇，思鸟兽散。先是，榆寇穿地道千里，急则潜行以遁。公诇知之，使卒决黄水灌之。穴塞，贼益窘迫，乞命。匝月而渠魁授首，余党悉平。总督马光辉以公屡建大功，疏题天津总兵……”
此外，清初山东各地的反清斗争还有不少。如《武定府志》记载：“顺治三年冬十月，寇破沾化，令与尉死焉。四年夏六月破阳信；秋九月破海丰。是时寇势张甚。”冠县在顺治三年有裴守政、刘丝桐起义；顺治五年有王奎光起义。顺治四年十一月十二日，义军丁鸣吾（有的史籍写作丁明吾）、周魁轩带领骑兵四百余名、步兵不计其数，攻克峄山，夺取库藏财物，释放狱囚，第二天主动撤出；随即北上攻克蒙阴，杀清知县崔葑，直到顺治八年才被清朝总督张存仁镇压下去。高唐州有蔡乃憨（有的史籍写作蔡奶憨）、周桂轩、崔三棱等起义，于顺治三年十月攻破州城。夏津县有宋鸭蛋、陈国造、三帽檐子的反清斗争。东昌府有丁维岳领导的起义。丁维岳原先是明朝寿张县练总，1647年（顺治四年）十月十四日夜间他率领“马贼千余，步贼数万，四面举火，喊声动地”，攻打漕运重地张秋，未能得手，次日攻克寿张县”；同月十四日杨云山部义军又攻克堂邑县，对运河交通构成重大威胁。山东满汉清军紧急出动扫荡，临清总兵宜永贵会同梅勒章京秃江带领兵马围攻丁维岳的据点陈家楼（在寿张县城西南十八里），二十四日陈家楼被攻克，丁维岳的父母、兄嫂、妻妾等人都被清兵掠去，但他本人先于二十日会同其他义军进攻阳谷、观城，“尚未回巢”。十二月初四日，丁维岳、周魁轩、张尧中等率骑兵四百、步兵千余攻克阳谷县，杀清委知县。同月十六日，清将沙儿胡达领满汉兵由向导带路，向聚集在郓城县王家海子的义军突然发动攻击。义军猝不及防，首领丁维岳、张尧中阵亡，周魁轩负伤逃走。清山东巡抚飞报大捷道：“该职看得丁维岳、张尧中乃西南之巨凶也，逆党数千肆毒于东、兖之区，陷城劫库，害及济宁道臣，贼势已成燎原矣。”另一路清军在梅勒章京库儿蟾率领下有满汉铁骑千余名赶往堂邑，直抵杨云山部据点王家屯，得知义军挖有地道，“曲折约远二三里”。清将命令士兵尽力挖掘，未能奏效，改用柴草火药进行烟熏，义军被窒息呛死的有一百多人。清军缴获了一幅“黄绢伪谕”，“上用伪印一颗，朱钤隆武三年字样，上有监国鲁王之称”，这表明山东各地的抗清斗争虽然分散，却同鲁监国政权保持着联系，是复明运动的一个组成部分。
京师王道士案。弘光朝廷官员投降清廷之后又从事秘密反清活动的，除了刘泽清以外，还有所谓的“王道士伙党”。这个案件的详情还缺乏研究，但卷进去的人相当不少。据《清实录》记载，顺治四年五月二十一日，“投诚伯常应俊，总兵李际遇、马儒齐、黄明先、丁启光（即下文丁启睿之弟），副将王士永、一把撒、夏五岳、贾应逵、骆和萧、刘方侯，参将乔松，游击滕和齐、于起范、冯可松（按即弘光朝掌锦衣卫的冯可宗）、傅有功，都司马崇臣、卫士龙，守备李豪、张嵩，闲散官丁启睿（原明崇祯朝总督）等坐与贼党王道士通谋，并其兄弟及子，俱伏诛”。
刘泽清是同山东地方势力联合反清，王道士案则是以弘光朝文武官员为主串通河南反清势力进行密谋。这两个事件虽然都被清政府破获，参与人员均遭捕杀，然而联系到1648年（顺治五年）金声桓、李成栋、姜瓖、王永强、丁国栋、米喇印等人的反清，说明了一个事实，就是这些人降清以后不仅受到满洲贵族的歧视，而且察觉清廷实力有限，认为大可一试身手。
山西省的复明运动是以大同总兵姜瓖反清揭开序幕的。姜瓖，陕西延川县人，原是明朝挂镇朔将军印大同总兵官。1644年三月大顺军攻克太原后，他主动派人联络，投降了大顺政权。同年五月，传来了大顺军在山海关战败、放弃北京的消息，姜瓖又发动叛乱，杀害大顺军守将张天琳，归附了清朝。由于他在起兵叛乱夺得大同的时候并不了解清廷有入主中原的意图，拥立了一个名叫朱鼎的明朝宗室（代藩枣强王后裔）“以续先帝之祀”，被清廷斥为“大不合理”。七月十五日，姜瓖不得不上疏请求原谅自己“不学无术之罪”，并且要求“解臣兵柄，另选贤能”，让自己“休息田间，从此有生之日皆歌咏太平之年矣”。清摄政王多尔衮一面让他继续充当大同总兵，一面警告他“洗心易虑”，“倘仍前不悛，越分干预，国有定法，毋自取戾”。这年十月，他奉命抽调大同地区的精锐兵马跟随英亲王阿济格西征，在镇压陕北大顺军高一功等部时颇为卖力。没想到次年（1645，顺治二年）七月他被叫到北京，由大学士刚林秉承摄政王多尔衮的意旨进行质讯，指责他顺治元年六月初八日上表归顺清廷，七月间却用明朝崇祯年号发给文武官员札付，又拥戴明朝宗室枣强王，“此罪不小”。姜瓖跪在地上解释清兵入关之初人心未定，不得不采取一些权宜之计，“原不敢有二心”。刚林又无中生有地斥责他“去年冬英王西征路出大同，你心生疑虑”。最后，才宣布：“今大清恩宽，王上令旨许功罪相准，往事并不追究。着你仍镇大同，洗心涤虑，竭力尽心，以报国家大恩。”姜瓖自以为不费清朝一兵一卒，把大同地区拱手献给了清廷，接着又在陕西榆林击败大顺军，不仅功高无赏，反而备受猜疑。他一肚子怨气，但又不得不“叩头谢恩”。这以后的三年里，清廷对陕南、四川用兵，曾多次征发山西的人力、物力，加重了官民的负担。1647年（顺治四年）三月，清廷下令“在京官员三品以上，在外官员总督、巡抚、总兵”各“送亲子一人入朝侍卫，以习满洲礼仪，察试才能，授以任使”。这显然具有人质的用意。姜瓖接到兵部传旨后不敢怠慢，把长子姜之升送往北京。
1648年（顺治五年）十一月，蒙古喀尔喀部二楚虎尔犯边。清摄政王多尔衮召集诸王、大臣会议，决定派英亲王阿济格、端重亲王博洛、承泽郡王硕塞、多罗郡王瓦克达等领兵戍守大同，加强这一地区的防务。姜瓖对清朝统治者崇满歧汉政策早已心怀不满，这时又正是在江西金声桓、广东李成栋反清之后，清廷对手握军权的汉族将领猜忌甚深，他判断满洲大军云集大同将对自己不利。大同地区的清朝官员又奉命征集粮草，急如星火，百姓怨声载道。于是，姜瓖在十二月初三日乘宣大总督耿焞等人出城验粮草的机会，突然关闭城门，下令“易冠服”，自称大将军，公开揭起了反清的旗帜。耿焞逃往阳和，家属被姜瓖处死。阿济格闻讯，连夜进兵，于初四日到达大同城下。姜瓖反清以后，“飞檄安官，朔（州）、浑（源）一带俱受伪札”。阿济格在十二月间的报告中说：“叛者不止大同，其附近十一城皆叛。”大同举义后，山西各地的汉族官绅纷纷响应。
晋西北，“明废弁万练乘变袭踞偏关，瓖即以练为伪偏关道。宁武、岢岚、保德相继失守。刘迁者，亦明废弁也，纠亡命，受伪左大将军职，略雁门关及代州、繁峙、五台等邑，太原告警”。关于刘迁的情况，顺治六年正月二十四日山西巡抚祝世昌塘报中说：“本院□虑雁门系大同孔道，预遣抚标右营游击高国盛同蒙古艾大人驻防代州。突有明季副将刘迁诈称起用伪总兵，伪牌伪言，日每招聚乌□（合）……。初十日，逆贼刘迁果率领马步贼约有万余将代州围困十一日，竟入关厢。”高、艾见“贼众兵寡”，“密差役前往大同英王爷驾前请兵”。
晋中，《定襄县志》记载：“五台、忻州、盂县皆授姜瓖伪札，转相煽惑，丑类尚累数万，旗帜队伍蚁聚蜂屯。宁武已附姜瓖。兵备道蔺与太原参将李好贤住札忻州、定襄，每侦贼警则引兵救援。至九月，宣府总兵李刚奉旨剿擒高鼎，鼎负隅，每夜出，恣其劫掠。后听抚，贼众渐散，鼎复据曹家寨……倏招倏叛。”《静乐县志》也说：“时三晋草寇转相煽惑，驱逐长令，卖降恐后。……太原一郡全城自守者惟榆次、平定、乐平、太原、崞县、盂县而已。”
晋东南，“汾、潞、泽、辽等郡邑小丑乘时蜂起，伪帅胡国鼎啸聚潞安，祸连沁属”。“伪将”陈杜、张斗光等领兵攻克泽州（今晋城）。平顺有姜瓖所“遣贼将牛光天破城劫库，男妇掳掠甚多。至十月，原任赖知县请兵恢复，贼始灭”。
晋西南蒲州到黄河西岸属陕西的韩城一带有虞胤、韩昭宣、李企晟等闻风响应，他们“私立伪韩王，行伪永历事”。清陕西三边总督孟乔芳向朝廷奏报：“伪六省军门虞胤、伪总督韩昭宣、伪总兵封汝宦等克陷蒲州及蒲属临晋等县，伪立永历年号，诈称二十八万。”
在很短的时间里，山西全省除了省会太原和少数城池外，差不多都被义师占领。而山西的反清复明运动又迅速波及陕西等西北地区（见下节）。
从地理位置来看，山西紧靠畿辅，形势的风云突变对满洲贵族的统治中心威胁极大。不过，山西距离永历朝廷控制的地区相当远，其间又被清统治区隔断，双方的联络自然比较困难。许多南明史籍都不讲以姜瓖为代表的晋、陕等地的反清复明运动，或者只是在讲时代背景时一带而过，他们心目中的“南明史”是地道的南方拥明势力的历史。然而纵观全局，清初的复明运动并不能局限于南方，姜瓖等人领导的反清绝不是一般的兵变或叛乱，而是北方复明势力同清朝的一次大规模较量。
姜瓖起事后立即“易冠服”，各地闻风响应的军民都以割辫为标志，军队“以明旗号”相号召，发布文告遵用永历正朔。这些都说明姜瓖等人领导的晋、陕反清运动是以恢复明朝为宗旨的。他们同永历朝廷也有联络，沈佳《存信编》卷二记载，“清大同总兵姜瓖以大同来归”。1649年（顺治六年、永历三年）八月，永历朝廷“遣太监马鸣图赍敕联络山西总兵姜瓖。鸣图漆身吞炭而行”，携带“以黄绢五寸方用御宝为敕书，外用黄蜡封固为药丸”。1653年（顺治十年）清廷缉获“叛党”吕肖渠的罪状就是“先投山西姜逆营内抢掳，带有永历伪札前往河南”散发。这些零星材料（当时在山西各地张贴和颁发的用明永历纪年的文告和札付数量必定极为庞大，失败后荡灭无存罢了）证明姜瓖等人的反清不是孤立的，更不是一般的兵变，而是以拥护南明永历朝廷为宗旨遍及全国的复明运动的一个重要组成部分。《清史稿》说，“其无所附丽而以叛闻者为姜瓖”，完全错误！
姜瓖起事以后，清廷最初企图采取招抚政策加以解决。多尔衮当时已经自称为皇父摄政王，想以最高统治者的身份劝说姜瓖回心转意，他在十二月初十日派使者向姜瓖解释阿济格等领兵往大同是“因有事北方蒙古……与尔等全无干涉”，故意把姜瓖起兵反清说成只是误解了清廷意图，给以下台的机会，接着宣布若能悔罪归诚，仍将“照旧恩养”。然而，姜瓖反清的导火线固然同阿济格重兵迫境有关，根本原因在于满汉民族矛盾。举事之前既已遭到清廷猜忌，反清之后再图归顺好比覆水难收，前途更不堪设想，因此他对多尔衮的安抚置之不理。多尔衮见解释无效，决心武力解决。1649年（顺治六年）正月初四日，他派敬谨郡王尼堪等统兵入山西。二月间，多尔衮亲自带领军队往征大同。在攻克浑源州、招降应州和山阴县后，突然接到北京传来消息，他的同母弟辅政德豫亲王多铎染上天花，危在旦夕。多尔衮无心恋战了，三月间在赶回北京的途中，他来到大同城下，希望凭借自己的最高权威劝说姜瓖投降。在谕旨中说：“向使他人至此，尔或顾畏不从；予兹躬临，可欢然来顺。如来归顺，庶阖城获苏。予方欲天下之人戴吾恩德，尔姜瓖诸罪悉与赦免。谕到可即出降，自恩养如故。勿更怀疑虑，以贻害阖城官民也。予来尔不归顺，则再无生路矣。予言一出，脱有反复，天下之人谁复信之？”
姜瓖在回信中先列举了自己为清廷立了大功，“未有毫发罪过”，然而不仅“未蒙升赏”，跟随他降清的百姓“亦阽危已极。且选出各官又肆行陵虐，民盖难堪。顷者，英王师至，催办粮草，绅士军民苦不可当。动辄欲行杀戮，臣与大同一方百姓委属无辜，谁肯坐而守死？”接着，他针对多尔衮的谕旨表示，“况阖城之人矢志誓死，王纵开诚肆赦，谁敢遽信？是惟更降一谕，明指以全活之方。若不开恩，臣惟率众以俟，无他想望矣”。姜瓖要求多尔衮“指以全活之方”含义是什么，史无明文，按当时情况推测是让清廷退兵，使大同地区的军民有实际的安全感。而且，当时晋、陕反清义师风起云涌，姜瓖的回信也可能是一种缓兵之计。
自从山海关战役以来，执掌清廷最高权力的摄政王多尔衮没有亲自统兵出征过。究其原因，一是进入北京之后，百务丛集，他难以分身；二是满洲贵族内部权力之争一直在进行；三是他的健康状况不佳。这次亲征大同实在是迫不得已，山西全省一旦失陷，必然引起连锁反应，且不说南方大片地方尚未平定，在姜瓖反清后不仅山西各地纷纷响应，陕西、甘肃等地反清运动势若潮涌，连畿辅和山东也竟然“山贼蜂起”。满洲贵族遇到了入关以来最大的挑战。
到1649年（顺治六年）四五月间，山西的局势已经十分严重。阿济格等率领的军队围困着大同，并且挫败了来自长城外助马路（今助马口）、得胜路（今得胜堡）来援和姜瓖派出接应的军队，切断了大同和其他山西抗清力量的联系，尽管调来了红衣大炮，大同的防守依然坚固得很。阿济格、尼堪等部顿兵坚城之下，毫无进展。山西其他地区的反清运动却好比烈火燎原，迅速席卷全省各地。清政府能够控制的只是省会太原、晋南平阳（今临汾）几座孤城，其他府、州、县差不多全被反清复明武装占领。这年四月山西巡按蔡应桂揭帖中说：“先是，石楼、永和、交城相继告陷。……乃各州县报贼者日常数四，此煽彼惑，已遍满三晋矣。”四月初一日“又接抚臣祝世昌会揭，逆贼刘迁聚众谋攻代州；又云宁武贼众攻围忻州等情”。陕西义军也利用木筏、牛皮浑脱等物渡河入晋，“该职看得，三晋自三边以至省城、汾（州）、平（阳）一带，遍地皆贼，伪牌伪示，络绎不绝。民如鸟兽散，势若土崩瓦解，无论郡邑之城池不能保守，而省城之重地患切垂危”。就在这个月里，义军占领汾州府城，清山西巡抚祝世昌报告：“四月十三日，贼众至汾州府……贼众兵寡，退而守城，则城关大开，合城喊起，郑名标率军民割辫。”清分守冀南道许养高领着永宁知州、平遥、介休二县知县、汾州营参将等人仓皇逃往平阳。《五台县志》记：“顺治五年冬，姜襄（瓖）踞大同，送伪札于台人，率众攻城。时有刘永忠等至忻州，拥众至台，不啻十余万。”晋东南的长治地区也全部易帜，“潞安之变，盖因姜逆首祸，叛党四起，一府八县，相继沦陷”，省会太原岌岌可危。巡抚祝世昌向朝廷求援道：“值今伪督抚姜建勋、伪刘总兵、伪司道等贼众，秦晋合伙，失陷汾州府，拥聚十数万，截断省南平阳、潞安两府大路，分贼安官，附近各州县破竹瓦解，势已决裂，此省南之贼景如此。又省之东北五台、繁峙，刘迁、张五桂等勾连宁武众贼盘踞忻口，攻围崞县，北路堵塞，音信已绝。今晋之西北宁武、偏关、河曲、兴、岚等州县至汾州府属延袤千里，悉为贼据。今省城孤悬一土，势切危急。……恳乞皇父摄政王俯念三晋百万田赋之区，生灵汤火之日，危亡目下，速赐急发大兵，或敕英王、敬谨王兵马星驰前来扑剿逆贼，尚可恢复残疆。稍若迟延，全晋俱隳矣。”
四月下旬到五月上旬，复明义军在占领晋西北、晋南大片地区后，会同晋中、晋东南的反清力量迅速接管各地政权。四月二十六日，占领祁县，二十八日接管武乡，同日“沁州伪官请本州乡绅士庶皆服明季衣冠，同诣关圣庙共议战守。每垛口守夫三名，十垛口生员一名。又称贼头赏军，每丁五钱，用银五万，未曾赏遍（可见参与沁州起义的当在十万人以上）。其中贼丁抢掠者枭首一十三名，当时严肃。凡有投营，即赐伪职”。二十九日，占领榆社县。五月初一日，义军进入清源县，清太原驻防满军曾一度来援，见“贼势浩大”，被迫带着知县携印退回省城。初二日，义军占领徐沟。初五日，“西路贼大营由清源县拥众北来，至太原县境晋祠，离省城四十余里；又据报东路贼由徐沟犯省”。当时，清政府驻守太原的兵力相当有限，“太原土陲兵无几，保会城不敢为进取计”。一旦省会失守，不仅政治影响极大，清廷在山西设置的政权几乎全部瓦解。何况，山西的抗清运动很快波及邻省，如1649年（顺治六年）六月山西义军魏世骏等派出一支军队进入河南，接管了武安、林县、涉县，任命了知县、守备等文武官员。
多尔衮深知局势的险恶，他不敢撤出包围大同的兵力来镇压遍及山西各地的反清烽火，以免放虎出柙，使山西反清盟主姜瓖同其他各部汇成一片，只好从京师抽调一切可用的满、蒙、汉军投入山西战场。除了英亲王阿济格、敬谨亲王尼堪领军围困大同外，被调往山西作战的还有端重亲王博洛、承泽亲王硕塞、和硕亲王满达海、多罗郡王瓦克达。至于康熙初年专政的鳌拜不过是随军偏裨而已。此外，陕西方面还有平西王吴三桂、固山额真李国翰、陕西三边总督孟乔芳等人领军配合作战。
列出上述清将名单，不难发现多尔衮决心孤注一掷，精兵猛将几乎全部派往山西。熟悉清初历史的人都知道，入关以来的领军统帅豫亲王多铎在顺治六年三月病死，肃亲王豪格已经罪废幽禁，郑亲王济尔哈朗在姜瓖反清以前同勒克德浑统兵往征湖南，到七年正月才返回北京。其他能带兵的亲王、郡王几乎全部带领八旗子弟云集山西。值得注意的是，阿济格、博洛、尼堪等人都曾经是独当一面的统帅，而在山西战场上扮演的只是前线指挥官。留守北京的却是刚从江西凯旋的谭泰、何洛会两名固山额真。六年八月，多尔衮感到京师地区兵力过于单薄，下令端重亲王博洛“酌撤闲驻兵还京”。博洛报告：“太原、平阳、汾州三府属州县虽渐收复，然未复者尚多，恐撤兵后，贼乘虚袭据，应仍留守御。”多尔衮勉强同意了。
历来治史者谈及南明，大抵着眼于南方，对姜瓖、王永强等人的反清复明运动注意不够。这反映了他们不大了解当时全国的形势，很可能是受南明史籍影响过深。永历朝廷虽然在口头上以复明自任，但情报不明，从来没有一个高瞻远瞩的战略计划。在南明方面的史籍里除了有几条姜瓖的记载以外，他们对山、陕各地风起云涌的大范围、大规模反清运动似乎知之甚少，对清廷的精兵猛将全部调往山西、其他地方兵力单薄的窘境更是一无所知。永历朝廷在全国反清复明运动处于高潮的时候，只知道江西、湖广战局逆转，金声桓、王得仁、李成栋、何腾蛟遇难，陷于张皇失措之中。永历君臣完全不了解谭泰、何洛会在稳定江西局势后不敢深入广东而撤兵北返，济尔哈朗、勒克德浑出兵湖南原定目标是追剿李锦等为首的忠贞营，由于明督师阁部何腾蛟为争功而瞎指挥，糊里糊涂地被清军擒杀，济尔哈朗等趁势暂时稳定了湖南局势，顾不上原定目标就匆忙回京的原因。两路清军的北撤很明显是清廷为了加强京畿根本之地，永历朝廷沉浸于金、王、李、何覆亡的悲痛之中，庆幸清军未乘胜直下广东、广西，不知道这时正是清廷最吃紧的时刻。在将近一年时间里，朱由榔、瞿式耜、杜永和、陈邦傅等人又昏天黑地地过起太平生活，局促于两广之地钩心斗角。“时举朝醉梦，有假为吴三桂反正疏及南京反正书者，谓四方好音日至。”直到清廷派孔有德、尚可喜、耿仲明率军南下，才如梦初醒，乱作一团。南明君臣的闭目塞听、得过且过，由此可见一斑。凭借这种朝廷要实现抗清复明的大任，无异于痴人说梦。姜瓖、刘迁、王永强、虞胤等人的抗清斗争一方面证明清朝在北方的统治远未稳固，另一方面又证明满洲八旗兵的作战能力相当有限。从江西、广东反正后永历朝廷及时封爵拜官，而山西、陕西的各支义军首领大抵是遥奉明廷，自称大将军、大学士、巡抚、总兵，永历朝廷似乎只知道姜瓖在大同反清，其他就不甚了了。山河阻隔固然是原因之一，但后来孙可望、李定国、鲁监国、郑成功等经常派密使深入清统治区联络各地潜伏的义士，相形之下永历朝廷的目光短浅实在令人惊异。
永历朝廷既是这样无能，清廷才能放心大胆地集中兵力镇压晋、陕义军。姜瓖反清后，清廷归罪于宣大总督耿焞未能事先防范，把他革职，由佟养量接任。佟养量带领所部山东兵进攻代州一带的刘迁部，先后在平刑（平型关）、雁门击败刘军，刘迁率领部众退入五台山区扼险据守。清军凭借优势兵力在降将引路下翻山越岭逐寨进攻，把刘迁部压缩到一个狭小的山区。最后在黄香寨激战，刘迁父子阵亡。代州地区复明武装的覆败，解除了围困大同清军的背面威胁，初步使山西战局变得对清方有利。
到1649年（顺治六年）六月，清军虽然攻克了山西部分州县，形势有所好转，多尔衮担心在山西被牵制的兵力太多，旷日持久必将影响全国，于是他决定再次亲征大同。离京前夕召集朝廷各衙门满、汉官员做了一番解释，说：“予之行也，非以诸王大臣不胜其任，但恐行师之际扰及良民，故为亲行。”这种不成理由的说法只是为了掩盖他内心的焦虑。多尔衮的第二次亲征历时一个多月，八月间回京时他本人并没有取得什么战果。但是，清廷差不多把全部精锐兵力投入山西战场，当地的复明势力终于招架不住了。大同城里的粮食消耗已尽，“兵民饥饿，死亡殆尽，余兵无几”。在外援无望的情况下，姜瓖部下的总兵杨振威变节，暗中派人出城向围城清军接洽投降。八月二十八日，杨振威带领六百余名官兵叛变，杀害姜瓖与其兄姜琳、弟姜有光，持首级出城投降。次日，清军入城。多尔衮得到报告后，下令除杨振威的官兵家属外，大同城内的“官吏兵民尽行诛之”。由于围攻八月之久始终攻不下这座坚城，多尔衮传谕把城墙高度拆除五尺，借以泄愤。在这前后，征西大将军和硕亲王满达海军攻克朔州、马邑等处，明宁武总兵刘伟等投降。定西大将军端重亲王博洛军攻克孝义、平遥、辽州、榆社等处。陕西总督孟乔芳和户部侍郎额色带领满汉兵渡过黄河攻克蒲州、临晋、河津、解州、猗氏等处，义军首领白璋在荣河阵亡。九月二十二日，陕西清军攻克运城，明义军元帅韩昭宣阵亡，战死官兵一万余人，“尸满街衢”；另一位首领虞胤乘乱逃出。同月，博洛、满达海二亲王会兵合攻汾州。十三日夜间，用红衣大炮猛轰北关，第二天从城墙坍塌处冲入城内，义军所设巡抚姜建勋、布政使刘炳然突围出城后被清军擒杀。由于清军攻破汾州后把城中百姓屠戮一空，岚县、永宁州（今吕梁市离石区）绅士唯恐同归于尽，把义军委派的知县、知州绑赴军前，开城投降。十月初四日，满达海军用红衣大炮攻破太谷县；初十日占领沁州，接着又攻克潞安（今长治市）。十一月，博洛率领镇国公韩岱、固山额真石廷柱、左梦庚等部在泽州（今晋城）击败反清义师，义军部院陈杜、监军道何守忠、守将张斗光等被擒杀。这时，山西大势已定，多尔衮才决定诸王统军回京，只留下多罗郡王瓦克达继续清剿山西未平各地。十二月，陕西清军吴三桂、李国翰部击败榆林义军，杀刘登楼、任一贵、谢汝德等首领人物。吴三桂平定该地后，分兵渡河进攻山西偏关，义军总兵贺国柱见大势已去，为清军充当内应，义军总督万练自焚而死。
山西曲沃人李建泰曾任明崇祯朝和清顺治初年的大学士，平陆人原明朝宁夏巡抚李虞夔都积极参加了反清运动。李建泰在晋陕复明斗争中，大约和姜曰广在江西金声桓、王得仁起事中扮演的角色基本相同。有的史籍说“姜瓖起兵，又召为相”，详细情况已经难以查考。只知道他不仅在家乡曲沃一带组织抗清，还曾经亲笔写信策动翼城等县乡绅共襄义举。后来，在太平县扼守二十多天，无援出降，被清廷处死。李虞夔在山西反清运动失败后逃到河南永宁县龙沟山林内潜藏，1650年（顺治七年）六月被清政府缉获遇害。晋、陕反清复明运动最大的特色是当地百姓广泛参与，上自文武高官，下至普通军民几乎都自愿地奋起反抗，这正是清廷难于对付他们的主要原因。
山西、陕西等地的大规模反清复明运动坚持了一年之久，终于被占压倒优势的清军扑灭。尽管由于所见史料的限制，很难把这场轰轰烈烈的抗清斗争的全貌和组织情况叙述清楚，但已经可以从中看出北方汉族百姓为反对满洲贵族的暴虐统治而展开的殊死斗争是何等惊心动魄，丝毫不逊于南方。清军在镇压山西反清复明运动中不分青红皂白，滥杀无辜老弱，表现的野蛮残酷令人发指。清代官书虽然尽力遮盖真相，从一些档案和地方志里仍然可以窥见一页页血迹斑斑的历史场面。大同城破以后根据多尔衮的命令实行屠城，执行得相当彻底。大同和大同左卫两座城里的监狱关有重犯五名，由于“城破尽屠，无凭究拟”，人都杀光了，无法找到原告和证人，新任地方官只好题请销结案件。顺治七年十二月清宣大山西总督佟养量揭帖中报告：“大同、朔州、浑源三城，已经王师屠戮，人民不存。”随之而来的是大片耕地荒芜，“如浑源州原额地（指明代册额）七千九百九十五顷四十九亩零，除先任宣大耿部院题免无主荒地外，又姜逆叛之后，屠戮复荒无主地四千八百余顷，见今成熟地八百三十二顷三十六亩。朔州原额地三千二百六十五顷八十八亩零，除耿部院题免无主荒地外，又姜逆叛后，人民屠戮复荒无主地一千六百八十一顷，见今成熟地三百八十九顷七十二亩。大同共额地一万三千七百二十一顷七十六亩八分零，除耿部院题免无主荒地外，又姜逆叛后，人民屠戮复荒无主地七千一十八顷零，见今成熟地二千四十五顷四十六亩六分零”。“实核三州县户口之死亡者一万八千八百六十四丁，而见存者五千四百七十九丁，所遗荒田一万三千五百顷余，该粮二万七千八百三十余两”。《朔州志》记：“城破，悉遭屠戮。”《五台县志》记：“自戊子延及辛卯（1648—1651），人民死徙，地土荒芜，迄今三十余年，流亡尚未全复，土田尚未尽垦也。” 封建史家常常把李自成为首的农民军描绘成杀人不眨眼的贼匪，而对清朝“大兵”倍加歌颂，说成是“出民于水火”的“仁者之师”。这完全颠倒了两者对普通百姓的态度。康熙《静乐县志》记：“甲申（1644）逆闯设伪官第五浪，民无大害。受害惟己丑（1649）为甚。”乾隆《汾州府志》收录了胡庭作《李节妇传》，摘录如下：
节妇居郡城之南郭，奇妒，夫畏之过于严父。甲申（1644），贼自成陷郡城。李舍舍贼可五六十辈，纷纷托索器物肆媟嫚。李察其为首领者招之曰：“我夫远出，谅不肯相免，幸禁士卒，夜静暗中来，勿使张扬，去与我留少颜面。”首领亦幸其秘密，喜甚。迨夜，李与妾及一女奴升屋脊，去梯，俟首领入，遽乱声锣。巡捕者逮诣自成，斩以殉。李不肯退，曰：“为一妇人，诛一将，部曲谁肯甘心？虽畏法，临启行时，何难戕害？”自成发令箭，驱众贼出，封其门。己丑（1649，顺治六年），城屠，被虏，至濠次，扑马下，击石碎首死。
这个发生在汾阳的故事真切具体地证明了李自成领导的大顺军纪律极为严明，而博洛、满达海两个清朝亲王攻破汾州，全城遭殃，男子被屠杀一空，女子、财物成了满洲贵族军队的战利品。二者相较，何啻天渊。尽管作者把明清之际汾阳发生的变故记载下来是为了表彰“节妇”，还是要感谢他无意之间提供了第一手材料给那些为多尔衮之流评功摆好的卑琐文人一记响亮的耳光。
山西大规模的反清运动被清军镇压下去之后，剩下的复明势力仍然利用险峻山区坚持斗争。如从运城地区突围出来的虞胤率领残部进入华山，自称陕西总统。1650年（顺治七年、永历四年）虞胤亲赴贵州安龙朝见永历帝，同年十月接受指令后由陕西秘密返回山西阳城、沁源山中联络各地抗清武装。姜瓖的部将牛光天进入太行山区，自称山西总统。高鼎等人则盘踞于五台山。直到1655年（顺治十二年、永历九年），他们不仅互相串联，“联络各处贼头”，还派使者前往湖广均州郝永忠营中领取永历朝廷印札，“商议联络内外兵马”，并且由郝营派人引导赴云贵同永历政权直接联系。次年（1656，永历十年）五月初一日，朝廷封虞胤为莱国公，仍以文渊阁大学士兼兵部尚书总督军务的官衔深入敌后组织抗清斗争。1658年（顺治十五年）五月，牛光天在直隶长垣（今属河南省）被保定巡抚派兵擒获，这已经是姜瓖反正差不多十年之后了。
王永强，陕西吴堡县人，姜瓖在大同举兵反清时，他任延安营参将，“与瓖通谋”。清延绥巡抚王正志、延绥总兵沈文华调他带领马兵赴神木、府谷等处防河，永强趁机在1649年（顺治六年）二月十五日占领榆林，杀王正志、沈文华和靖远道夏时芳，“自称招抚大将军”。随即引兵南下，二十一日会同留守延安的王永镇占领该城。三月初九日，王永强亲到延安，杀清知府宋从心。同时起义的有神木县人高友才。义军声势大震，在很短的时间里就接管了陕北十九个州县，在这一地区委任了巡抚以下的各级文武官员。王永强还曾派出一部分兵马渡过黄河支援山西的抗清斗争。这样，秦、晋两省复明势力连成了一片，使清廷在北方的统治受到重大威胁。
清廷见陕北的反清浪潮迅速扩大，满洲八旗主力又被牵制在山西，于是命令屯驻于汉中地区的平西王吴三桂、固山额真李国翰部负责镇压王永强。三月十三日吴三桂、李国翰会同汉羌总兵张天福、兴安镇游击盛嘉定各路兵马赶到咸阳，清陕西巡抚黄尔性、驻防西安满军首领吏部侍郎喀喀木亲往咸阳会商进剿事宜，决定兵分三路，一由黄龙山，一由澄城县，一由同官县，预定在洛州、鄜州（今富县）地区截剿。谁知王永强兵进展迅速，三月二十一日即已到达蒲城，除派出部分兵马入城防守外，王军主力西进，有进攻西安的意图。这时吴三桂等已北行至宜君，得到消息连夜赶回富平县。二十三日，双方相遇于流曲镇以北美原。王永强列阵大战，因兵力不敌，被清军击败，王永强阵亡。清军乘胜移攻蒲城，城中居民固守，到四月初五日被清军攻破，“遂屠之，杀戮万余人，匕筋无遗”。
同王永强一道起兵的神木人高友才部在王永强南下时仍据守府谷。顺治六年八月，吴三桂领兵包围府谷，直到次年十一月，县城才被攻克，高友才投河自尽。
1648年（顺治五年）三月，甘肃回族将领米喇印、丁国栋等发动反清起义，连克甘州（今张掖）、凉州（今武威）、肃州（今酒泉），清朝甘肃巡抚张文衡、甘肃总兵刘良臣、凉州副总兵毛镔、肃州副总兵潘云腾、甘凉道林维造、西宁道张鹏翼等都被擒杀。接着引兵东进，攻破兰州，杀同知赵冲学、知县赵翀；连克临洮、河州（今甘肃临夏）、洮州（今甘肃临潭附近）、岷州（今岷县），围攻巩昌府（府治在今甘肃陇西），义军声势大振。清“庄浪道范芝失印、失城，潜藏山穴”，肃州道等官下落不明。清政府在甘肃的统治几乎全部瓦解。义军乘胜南下青海，进攻大通，“威胁湟中”（今西宁市），被清军击退。参加米喇印、丁国栋领导的反清运动的回族百姓很多，史载“临洮、兰、岷、洮、河诸回皆叛应，连陷郡邑”，反映了甘肃等地的回民对清廷的暴虐统治严重不满。米喇印、丁国栋起兵的时候，“拥立伪延长王朱识，煽惑人心”；尽管朱识不久就被清军擒杀，却表明甘肃的反清运动也是以恢复明朝为号召的。从清方奏报文书中还可以看出参加米喇印、丁国栋起义的有不少汉族百姓，因此，不能归结为单纯的回民起义，而是全国抗清浪潮中的一个重要组成部分。
清廷得报后，在这年（1648）四月派固山贝子吞齐（即屯齐）为平西大将军，同固山额真韩岱（即汉岱）领兵前往甘肃征剿。陕西总督孟乔芳“恐道远劳师糜饷，密疏止之”，吞齐、韩岱的军队后来留在山西大同归英亲王阿济格指挥。孟乔芳调部将马宁与驻防西安满军户部侍郎额塞（即额色）统兵进剿。闰四月二十二日清军攻克洮州。二十四日，满、汉兵会集兰州，大举攻城；义军战败，米喇印、丁国栋“率败残人马焚桥西遁”，兰州失守。清军乘胜追击，五月二十七日追及于水泉（约为今甘肃永昌西之水泉子），米喇印领兵迎战，不幸遇难。余众在丁国栋、黑承印率领下退往甘州、肃州。八月，清署甘肃总兵张勇、副将马宁等包围甘州，相持至1649年（顺治六年）正月，清兵攻占甘州，丁国栋等扼守肃州。不久，肃州也被张勇、马宁等部攻破，丁国栋、黑承印等人都被擒杀。震惊关陇的回族首领发动的反清起义遂告失败。