云南在整个明朝统治时期，管理体制和内地各省有很大的区别。明朝廷除了在云南设立了都指挥使司、布政使司、按察司以外，后来又设立了巡抚。由于这一地区土司众多，自洪武年间起沐英（封西平侯，其次子晋爵为黔国公）世代镇守该地。沐氏家族不仅掌握了很大的兵权，在政治上和经济上也具有举足轻重的地位。换句话说，云南在明代处于世袭勋臣和地方流官的双重管辖之下，两者既互相配合，又常出现纠葛。1644—1645年，中华大地风云陡变，特别是张献忠部入川建立大西政权以后，黔国公沐天波同巡抚吴兆元、巡按吴文瀛会商征调汉族和土司军队，以防止大西军入滇，并准备接受南明朝廷的调遣。1645年九月，武定土司吾必奎趁机发动叛乱，声言：“已无朱皇帝，何有沐国公。”
1647—1648年清军击败大西军和大西军入滇图
叛军先后攻下大姚、定远、姚安，全滇震动。沐天波等人急忙下令调集石屏土司龙在田、嶍峨土司王扬祖、蒙自土司沙定洲、宁州土司禄永命、景东土司刀勋等部，于九月间一举击败叛军，吾必奎及其党羽都被活捉。沙定洲原是王弄土司沙源的儿子，阿迷州土司普名声死后，其妻万氏改嫁定洲，两土司合而为一，势力大增，以临安府生员汤嘉宾（万氏的妹夫）为谋主，暗中筹划利用沐府同云南巡抚和三司官之间的矛盾、各土司的向背不一，发动一场夺取云南权力的政变。于是，沙定洲夫妇统率的土司军在吾必奎叛乱已经平息后，仍滞留于省会昆明。沐天波因定洲之父沙源一贯表现忠贞，不疑有他，在黔国公府内多次设宴招待。沐府二百多年积累的财富使定洲垂涎欲滴，昆明守备力量单薄、汉族统治集团内部的摩擦，更使他感到有可乘之机。1645年十二月初一日，沙定洲部署已定，以告辞为名，亲自率领士卒攻入黔国公府，同时分派部众占领省城各门。由于变生意外，沐天波来不及组织有效的抵抗，在几名心腹卫士保护下带着官印、世袭铁券等物逃往安宁，途中由龙在田、禄永命保护来到楚雄，这里有金沧兵备道杨畏知镇守，才暂时安顿下来。沐天波的母亲陈氏和妻子焦氏未能随行，仓促中逃入尼庵自尽。
沙定洲占领昆明以后，自称“总府”，“总府”是明黔国公世爵的一般称呼，这表明他已经企图取代沐天波的地位。其妻万氏称主母，“并舆出入，遍谒缙绅。滇中豪右投为谋划者甚众”。沙定洲派兵追拿沐天波，在楚雄被杨畏知集结的军队击败。他在西进失利之后，发兵收取云南各地，在不长时间里除了杨畏知、沐天波控制下的楚雄以西地区外，都归附了沙氏。沙定洲轻而易举地攫得了沐府累世蓄积的财富，“沐氏世镇云南，府藏盈积。佛顶石、青箭头、丹砂、落红、琥珀、马蹄、赤金皆装以箧，箧皆百斤，藏以高板，板库五十箧，共二百五十余库，珍宝不可胜计。定洲运入本峒，累月不绝”。沙定洲虽然发了一大笔横财，但他并不满足于此，取代黔国公世镇云南的合法地位才是他的主要目的。因此，沙定洲在策略上尽量争取明朝廷任命的云南官员和在籍的汉族官绅，他不仅下令凡是愿意接受自己指挥的各府县汉族流官一律留任，而且胁迫或伪造云南巡抚吴兆元、在籍大学士禄丰人王锡衮给隆武朝廷上疏，说：“天波反，定洲讨平之，宜以代镇云南。”王锡衮在崇祯年间官至吏部左侍郎，隆武时晋升为东阁大学士礼、兵二部尚书督师云贵湖川广五省军务，他由故乡禄丰来到省会昆明时，适逢沙定洲之变，遭到软禁。这年十二月初十日王锡衮写的《风节亭恭纪》一文，对沙定洲叛乱和云南局势做了以下的揭露：
适今新皇（指隆武帝）龙飞海甸，辟网旁招，畀臣以号召恢剿等事。曾不逾日，再晋阁衔，且于滇在事诸臣敕中谆谆及衮。凛兹大义，胡敢苟安。勉强应命，实欲以报新皇者报我烈皇帝。遭逅多艰，为贼臣（指沙定洲）伙计困厄会城，进退维谷，日与诸魔鬼作邻。甚至煌煌颛敕为中贵臣万里恭捧而来者，亦抗阻不容出接。悖逆如此，是尚知有朝廷也哉！封疆重吏（指云南巡抚吴兆元等）不惟不能匡正，而反摇尾听之。滇事真不可言矣。臣衮血性具存，义愤常结，惟有捐躯如赴，俟时而行。即闺中诸弱息者流亦饶有须眉气，如腊月四日之事（十二月初一日沙定洲叛乱，初四日王锡衮的妻妾被迫自尽）大概可想见，臣复何言。惟是前此中间如委曲出疏皆一般宵小播弄成篇，属草改窜推敲，虽字句无所不用其极。更有一篇没天日的文字，不识构者是何肺肠，以抚军恐被人识破而止，犬豕不食其余，是岂臣衮所忍见。有主使者，有佐助者，其中可历而指也。近又迫挟出咨参杨道（指杨畏知）矣，青天白日之下，魑魅公行；眼见新皇属望盛心，万不能副。恭读御制旨云：“朕有堂堂不怕死之身。”有是君定有是臣，臣愿身任之，以对扬我烈皇帝。
他在《自誓》诗中也痛斥沙定洲是“贼党无端舞叛戈”。这里比较详细地摘引了王锡衮陷入虎口时留下的遗文，是因为当时他失去自由，沙定洲等人盗用他的名义向隆武朝廷和云南各地发出奏疏和咨文，造成许多错误的记载。沙定洲之变如何评价，学术界可以讨论，但是说王锡衮支持沙定洲则完全违背事实。
由于当时的政治局势动荡不宁，道路僻远，在福建的隆武朝廷对云南发生的事变弄不清楚，仅仅凭借吴兆元等人署名钤印的奏疏和某些传闻，就发出了“扫除沐天波”的谕旨。《思文大纪》一书在隆武二年（1646）四月内记：“云南巡抚吴兆元疏辞敕书印剑。上谕其加意料理，曰：卿久抚戡滇疆，弘宣猷绩，正资善后，毋贻朕南顾忧。扫除沐天波，业有成命。不准辞。务令南人不反，以成一统丰功，朕复另有酬叙。”从这条材料用了“业有成命”一语来分析，说明在四月以前另有一件失载的相关谕旨。吴兆元的辞职表明他也不愿意同沙定洲合作；隆武帝不准他辞职意味着朝廷对云南局势不放心，责成巡抚加强控制。瞿共美的记载进一步说明隆武朝廷对云南的局势若明若暗，大有鞭长莫及之虞：“云南抚、按及沐天泽交章称黔国公沐天波造反，有土司沙定洲出奇兵扑灭之。……遂诏天泽袭封。”后来又从另一途径得到报告，是沙定洲叛变，突然攻入黔国公府，“天波仅以身免，母、妻及天泽俱被劫，胁令具疏”，“然地远莫能得要领，朝廷置而不问”。
沙定洲叛乱之后，吴兆元和巡按罗国以及三司官已经没有实权。沙定洲则正在逐步巩固自己的地位，致力于扫灭继续在楚雄以西抗拒的杨畏知和沐天波征集的其他土司势力了。如果他的图谋得逞，势必成为割据自雄的云南王，暂时利用的汉族官绅将被逐步排挤掉，云南同中央朝廷的离心倾向将越来越明显。1647年大西军的入滇，粉碎了沙定洲的美梦，增进了云南同各省休戚相关的联系，应当充分肯定。
1647年初（顺治三年底），张献忠在西充县境不幸牺牲。大西军急速南撤，面临着严峻的考验。他们后面是穷追而来的强劲清军，前面又有南明军队凭借长江扼守，大西军几乎走到了山穷水尽的境地。然而，在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇的领导下，大西军余部一举击破据守重庆的南明总兵曾英部，曾英落水淹死，部众溃逃。大西军渡过长江天险，打开了南进的通途，为实现由黔入滇的战略转移奠定了基础。
张献忠牺牲以后，领导大西军的重任很自然地落到了孙可望的肩上。他立即改变张献忠滥杀无辜的过火行动。1647年正月初一日，大西军余部集中于四川綦江，收集溃散，重整队伍，下令：“自今非接斗，不得杀人。”接着，孙可望等率领经过整顿的部队进入遵义，“秋毫无犯”。由于清肃亲王豪格派遣的军队追踪而来，大西军继续南撤，进入贵州，“所过民皆安堵”，顺利地占领了省会贵阳。明贵州按察使张耀、布政司参议曾益、都指挥使陈瑞征等逃到定番州（今贵州省惠水县），拼凑了一批反动武装负隅顽抗。孙可望派定北将军艾能奇领兵进攻，在二月十二日攻克定番，张耀等被处死，曾益自杀。清军前锋在占领遵义和川东部分地区后，因地方残破，到处是一片荒芜，粮食接济不上，被迫“凯旋”回师。大西军在贵州的胜利，使自己摆脱了清军的追击，得以整顿内部和休养士卒。
大西军南下后出现的气象一新，同孙可望等人整肃内部有密切关系。张献忠遇难后，他的妻子和亲信宰相汪兆龄仍然高踞诸将之上，主张照旧行事，即继续推行献忠在世时的过激政策。“时可望等奉伪皇后为主，驻遵义桃源洞。诸贼每早必先往朝，凡事奏请而行。伪宰相汪某辅之……每公会议事，犹傲据诸贼上”。孙可望等人认识到政策上的改弦易辙已经成为大西军生死存亡的关键，必须采取果断行动清除改革的障碍。因此，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇一致决定把“皇后”和汪兆龄处死，四人被张献忠收为养子后均改姓张，这时各自恢复原姓。这样，形成了四将军领导的体制。四人中孙可望原来的地位和威信比较高，年纪稍大，又读书识字，自然成了主要的领导人。
大西军进入贵州以后，豪格统率的清军已经由四川撤回北京，南明杂牌官军又不足以同大西军相抗衡，孙可望等人本来可以把贵州作为基地，休整士马，建立政权。当他们得到云南发生了沙定洲叛乱的消息后，立即决策挥师南下，直取云南。
孙可望等大西军领导人选择云南作为自己的进军目标，是有历史背景的。大西军的骨干多是陕西人，他们虽然长期流动作战于长江南北，还有一段经营四川的经验，可是云南在当时被看成是僻远烟瘴之地，没有对该地的基本了解不可能贸然进兵。早在崇祯十一年至十二年（1638—1639）张献忠受抚于湖北谷城期间，他和部下主要将领同从云南调来的官军就建立过相当密切的关系。当时，奉明朝廷调遣到湖广的总兵龙在田是云南石屏土司将领；张献忠出于策略考虑，曾经拜龙在田为义父，并且从他那里得到了马匹、交枪。明政府派驻龙在田军中的监纪原任知县侯弘文，也因龙在田的关系“与献忠烂熟”。张献忠和龙在田的部下也来往密切，例如龙在田所统土司兵阿来婆“为逆献所喜，常召至帐中商酌事情”。张献忠军同云南土司兵将的过从甚密，甚至在湖北荆州人士中引起不安，“谣言滇兵通贼”。这些材料表明，包括孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇在内的大西军高级将领同云南土司龙在田等人是老相识，在湖广时虽然未必会想到后来取云南为基地，但在平时言谈话语中势必对云南各方面的情况有较多的了解。当他们率部来到比较贫瘠的贵州时获悉云南被沙定洲叛军占领，立即决定进军云南，就不是偶然的事了。
有的史籍记载，大西军入滇是接受了龙在田的建议，如《临安府志》云：“孙可望等至贵州，在田说令攻定洲。”明清之际在云南任职的冯甦也记载：“又明年丁亥，张献忠被诛于西充，其义男孙可望等率残兵由遵义入黔。龙在田使人告变，且劝其至滇。可望因诈称黔国焦夫人弟率兵来复仇。云南初苦沙乱，皆延颈望其来，不知为贼也。”《石屏州志》记：“沙定洲反，沐镇（指沐天波）被围楚雄，在田实左右之。及李定国入滇，在田声势大振。”龙在田对于大西军的决策进滇无疑起了重大作用。
孙可望等率部入滇时，为了减少进军的阻力，事先派出间谍前往云南，利用汉族官绅、部分土司对沙定洲的不满情绪和黔国公在云南长期享有的威望，散布假情报说行将入滇的大西军是沐天波妻子焦氏家族的武装，来云南为沐氏复仇。这一策略果然收到明显效果，“云贵人民深信，一路俱如此传播，故贼兵所至，悉开门降。长驱而来，全无梗阻”。1647年（永历元年、顺治四年）三月二十五日，大西军占领平彝（今富源县），进入云南省境。同月二十八日攻克交水；次日移兵曲靖，歼灭沙定洲所设守军五百名，俘获明云南巡按御史罗国。为了迷惑沙定洲，孙可望等占领曲靖后，不是向西进攻省会昆明，而是南下直趋阿迷州（今开远市），在蛇花口击败沙定洲援军一千名。沙定洲见兵力不敌，又误认大西军确系焦氏家族所召援兵方能熟知地理先攻其老家，就在四月十八日主动放弃昆明，逃回蒙自故里佴革龙。行前命部将杜其飞把软禁于贡院的明大学士王锡衮杀害。留在昆明城内的明朝巡抚吴兆元等人终于弄明白了入滇的并不是什么焦家救兵，而是大西军，然而他们手头无兵，只有听任绅民投降。四月下旬，大西军经宜良顺利地进入昆明，“二十四日，孙、李诸军入城，秋毫无犯”。
大西军进入昆明以后，经营云南面临许多复杂情况，需要加强核心领导。五月，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇“以事权不一，推可望为帅”。孙可望以“盟主”的身份不失时机地部署兵力平定云南各处叛（依附沙定洲的势力）、顽（指效忠于明黔国公沐天波和杨畏知的势力）集团。李定国带领一支精兵于五月十九日抵达沙定洲重点防御的临安府（府治在建水县），二十二日采取挖掘坑道直至城墙下面填塞火药的“放迸法”轰倒东南面城墙，迅速占领全城。临安距离沙定洲的家乡阿迷州很近，大西军本来可以趁胜进攻阿迷，不料原昆阳知州冷阳春和晋宁举人段伯美发动叛乱，定国唯恐后方有失，立即“星夜回兵”，于六月二十三日平定了两州的叛乱，沙定洲才得以苟延残喘。
刘文秀统兵由昆明北上，经富民收取武定州、和曲、禄劝等地，然后向西推进，占领鹤庆、丽江、剑川，平定了滇西北地区。孙可望在八月间亲自领兵经禄丰进攻杨畏知、沐天波据守的楚雄、大理等滇西地区。杨畏知的军队在禄丰县城东面的狮子口被大西军击溃，他本人也被活捉，孙可望考虑到他在云南官绅中是反对沙定洲叛乱的代表人物，再三劝他投降。杨畏知坚持不同“流寇”建立的大西政权合作。经过谈判，双方达成妥协：一、不用大西年号；二、不妄杀人；三、不焚庐舍、淫妇女。协议中第二条和第三条，大西军进入贵州后就已经做出了政策调整，自无异议；关键是第一条，孙可望等大西军领导人接受了杨畏知的意见，暂以干支纪年，为后来联明抗清铺平了道路。九月，刘文秀带领兵马进抵永昌府（今云南省保山市），以“共扶明后，恢复江山”为条件同沐天波谈判。沐天波亲身遭到沙定洲叛乱的荼毒，弄得家破人亡，自己的兵力又非常有限，决定借大西军复仇，双方很快达成合作协议。沐天波不仅派自己的儿子先行前往大西军营中纳款，还发出檄文责成永昌府推官署金腾道印王运开、通判署府印刘廷栋向大西军缴印投降；遭到两人拒绝后，又派人说服永昌府绅民不得抵抗。由于沐氏家族自明初以来世镇云南，佩征南将军印，在军卫、土司中享有很高的威信，孙可望等入滇后收缴了明朝颁发的文武各官印信，只有沐天波所佩世代相传的“征南将军印”仍予保留，让他行文招抚各土司。于是，迤西一带不战而下，“各土司次第来归”，“去方三月，而迤西尽平”。到1647年十月，云南全省只剩下阿迷州、蒙自地区仍在沙定洲控制之下，北面的东川府（今云南省会泽县）土司禄万亿、禄万兆心存观望，不肯按额纳饷。
1648年（永历二年、顺治五年）五月，孙可望等商议后，决定由定北将军艾能奇率领兵马往征东川。艾军进至距东川府三十里处遭到埋伏于路傍深箐中的禄氏土兵袭击，能奇中毒箭流血不止，连夜抬回昆明，不治身死。孙可望下令厚葬能奇，另派精兵取道壁谷坝，击败禄氏土兵，平定了东川及其附近州县土司，巩固了对昆明东北方面的统治。
为了彻底铲除沙定洲的残余势力，这年七八月间由李定国、刘文秀领兵南征阿迷、蒙自。由于道路崎岖，粮饷难继，孙可望“乃起省城民夫，每户夫一名，每名领二斗，至临安交米一斗五升，其五升给夫作口粮；省城每夫一名脚价银二三两不等”，民“乐于挽运，不知其苦”。定国、文秀士马饱腾，迅速击败沙定洲军，攻克阿迷、蒙自，把沙定洲围困在其老寨佴革龙。佴革龙地势险要，却缺乏水源，沙军每乘夜间下山取水。定国等下令于水源处立砦，分兵把守。沙定洲军饥渴难耐，被迫投降。定国、文秀除了把沙定洲、万氏和少数为首者解往昆明外，“招抚附近地方，凡附逆者悉不究，各安农事。如是出降络绎不绝。李定国抚慰赏劳之，出令不许掳掠，违者立斩。自是迤东半壁安堵矣”。十月，沙定洲、万氏、汤嘉宾等在昆明被处死，标志着混战局面暂告结束。在孙可望的部署下，经过一年多时间的东征西讨，平定了云南全省，使当地百姓自明末兵燹以来过上了安宁的生活，连清初人士也记载“孙可望等倡义之名至今人犹称道焉”。
平定全滇在大西军史册上是非常重要的篇章，对于南明永历政权的延续尤有关键意义。就大西军而言，张献忠在世时固然有建军立国的开创之功，但在1644年入川以前流动性过大，所建地方政权旋设旋失，入川后虽有意以四川为基业，在政策上却屡犯过激错误，叛乱蜂起，献忠牺牲前数十万兵马仅拥聚于西充一带弹丸之地。孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等于主帅身亡之后，团结内部，不失时机地挥军入滇，取得了一块稳定的基地，休养补充士马，整顿经营地方，为原大西军在南明抗清斗争中重展雄风蓄积了力量。为了充分认识孙可望等取云南为基业的重大意义，不妨同大顺军做个比较。到1645年李自成牺牲之时，大顺政权已全盘瓦解，大顺军余部既没有建立一个统一的领导核心，以致队伍四分五裂；又没有自己的地方政权，长期寄人篱下，直到后期才在夔东人烟稀少的高山大川之处建立了据点。尽管大顺军后期的主要领导人李过、高一功、李来亨具有宁死不屈的坚贞品质和卓越的指挥才能，但“长沙地小，不足回旋”，给他们活动的舞台太小了。人力、物力的严重不足大大限制了大顺军的积聚力量和开拓局面。在后期抗清斗争中，大顺军余部的战绩远不如大西军，最主要的原因是没有一块比较大又比较富庶的后方基地。大西军自1650年（顺治七年、永历四年）起北出贵州、四川，东进广西、广东、湖南，几次挫败不可一世的清军，成为全国抗清的主力，是同孙可望、李定国、刘文秀等收取和经营云南分不开的。
大西军在平定全滇之后，即“发兵守四川之大渡河，贵州之镇远，中路之雪山关，凡可以入滇之路，悉扼守之”。在将近三年的时间里，大西军同清方和南明朝廷都没有接触，联明以后云南仍在原大西军控制之下。孙可望等在云南的统治由于客观环境的变化，显示了一些特色。大致可以说，它是张献忠大西政权的延续，又在政策措施上做了部分改革。特别是纠正了献忠奉行的过激行为，针对云南地方特点注意团结少数民族，成绩非常显著。现分述如下：
一、在政权建设方面，孙可望等大西军领导人为争取云南汉族官绅和土司的支持，废除了大西国号，许诺“共扶明后，恢复江山”，但当时还没有同南明永历朝廷建立联系，因此纪年暂用干支。领导体制上，孙可望称平东王，李定国为安西王，刘文秀为抚南王，艾能奇为定北王，四人地位大致相当，孙可望以大哥的身份充当“盟主”主持军政重务。文献记载，可望“大书示命，号召全滇云：孤率三兄弟，统百万貔貅，建国不建统，纪年不纪号”。以杨畏知为华英殿学士兼都察院左都御史，严似祖为吏部兼礼部尚书，王应龙为工部尚书，丁序焜为户部尚书，任僎为副都御史掌都察院事，马兆羲为学院，张虎为锦衣卫。沐天波仍明旧封为黔国公，“提调汉土官兵，加云鹤服色”。府、州、县官员也一概重新任命，委用的官吏“皆换伪印，独天波佩旧印不改”。所颁新印篆文由明朝的九叠文改为八叠文，“且重廉吏，除贪酷，不时差人易服色，暗访察，有廉者立加奖擢，贪者立拿斩首，传示各府州县”。命弓匠出身的大西军老部下工部尚书王应龙行巡按事，巡察各地，“访姚安知府谢仪贪酷，孙可望差官持令箭去，立拿于署前斩首传示。全滇之官无一人敢要钱者”。这种雷厉风行的惩治贪污，荡涤了明朝相沿成习的污泥浊水，保证了云南吏治的清廉。
孙可望还“立登闻鼓，凡政有不便于民，许地方头人赴诉，立即除之；有可以便于民者，立即行之”，“又令地方上，不论绅士军民，有为地方起见，即一得之愚，亦许进言，立引见，不许拦阻，即妄诞之言亦不深究。奖节孝，复乡饮，浚海口，省耕省敛，凡有利于民者无不备举。外则土司敛迹，内则物阜民安，为治若此，诚滇南不幸之幸也”。
二、在经济政策上，大西军初入云南时面临紧迫的粮饷问题，在很短的一个时期里实行过打粮和对官绅、土司追饷的办法。打粮即派兵四出，把百姓剩余粮草无代价地没收，受打击最重的虽然是地主，但难免掠及家有少许余粮的农民，使他们的生产积极性下降。大西政权在四川的失败是有过沉痛教训的，因此，孙可望等人很快就代之以切实可行的赋税政策。他们把云南某些州县和卫所管辖的军民田地“分为营庄，各设管庄一人”，营庄由大西军偏裨管理，在辖区内“踏看田地所出，与百姓平分，田主十与一焉。条编半征，人丁不论上、中、下全征”。就田赋而言，以十分为总额，入官四分，民得六分，农民的负担是比较重的。但是，这一政策的特点是把原先地主向农民征收的田租从一半以上减为十分之一，大大降低了剥削率；又保证了军队和政权的稳定收入。地主们虽然心怀不满，但仍能收取一部分，生活有着，减少了敌对情绪。当时一个士子赋诗云：“履亩科租法最奇，畜肥兵饱士民饥”，从侧面反映了这一政策的效果。由于税额为分成制，地主不再能够任意盘剥，农民的生产积极性普遍提高，当年秋成就“倍于曩昔”，次年又“大熟，百姓丰足”，再下一年仍是“大有年，兵民安乐如初”。入滇初期曾严格禁止酿酒，借以避免浪费粮食，随着生产的恢复发展，才解除了这一禁令。
孙可望等还注意保护民间贸易，初入云南时铸造了大西政权的“大顺钱”。为时不久，因废除大西国号，改“铸兴朝通宝，每大者文抵一分，次者文抵五厘”，还有一厘的小平钱。这在云南历史上是值得大书一笔的。云南盛产铜矿，明代虽曾奉朝廷命令铸造铜钱，但多数输入内地各省，当地居民直到万历时交易仍通用贝币，称为。天启末至崇祯年间虽由政府提倡，逐渐使用银钱，但民间积习用者还很普遍。孙可望等铸兴朝通宝后，下令“禁民用贝，违其令者刖劓之。辛未（当为辛卯，1651）通行”。至此，云南在商品流通过程中才普遍用钱，同其他各省趋于一致，这对于活跃云南和内地经济上的交流具有深远的意义。
对云南的井盐生产也加强了管理，借以消除陋规，增加财政收入。孙可望派总兵史文为盐税司，负责征收盐课和商税。“黑、琅两井之盐归官，令商人在省完工本，领票赴井支盐。由是凡系盐商悉大富，以白镪为瓦砾矣。……每一下操，赏赉动以万计。”清代人士刘孟弘说：“按全滇盐政考，井有九：黑、白、琅、云龙、安宁、阿陋、只旧、弥沙、景东也。黑井旧额岁征课二万六千六百两，白井一万五百两，琅井二千四百两，云龙等六井共征一万六百四十九两三钱六分。自明季投诚伪官史文开报黑井岁办课九万六千两，每斤征银一分六厘；白井办课二万八千五百六十两，每斤征银八厘；琅井办课九千六百两，每斤征银六厘”。可见，在大西军余部治理云南期间，盐业生产有很大的发展，来自盐课的收入每年多达白银十余万两。通过铸钱、整顿盐课、商税以及田赋制度的改革，为大西军的稳定云南进而出滇抗清奠定了经济基础。
三、在军事方面，孙可望等采取了十分有力的措施，主要包括严肃军队纪律、加强训练、改善军需供应。
整顿军纪：大西军初入云南时为消灭政治上的敌对势力曾经采取严厉的镇压手段，为解决粮饷又曾在短期内实行过“打粮”“追饷”措施，因而在一段时间里在云南官绅士民中造成一种恐怖气氛。孙可望等在站稳脚根后，立即改弦更张，申明军纪，“凡发兵征剿，所过大路，鸡犬不惊，百姓卖酒肉者路旁不断。如兵余小子有擅夺百姓一物者，立刻取斩；如该主不首，连坐；该管官失察，责八十棍。立法若是之严，故民得安息反富庶焉”。史籍中记载了一个典型的例子：“有抚右营兵马前往禄丰驼粮，回至草铺歇下，有一兵失手误伤百姓方二岁小儿一个。百姓喊叫，杨总兵得知，将兵拿去责四十棍，断烧埋银十两。不意草铺管庄报与刘文秀。及杨总兵押粮至省回话，刘文秀大骂，要责杨总兵一百棍，众官力保方恕。将打死小儿之兵拿去，立刻绑出小西门外枭首，将头传送草铺号令。”士卒误伤小儿致死竟被砍头示众，执法显然过严，但由此可见大西军领导人为防止军队损害百姓利益，不惜矫枉过正。他们很快就得到云南百姓的衷心拥护绝不是偶然的。连封建文人也称赞道：“孙可望等立法甚严，兵民相安。”
加强军队建设和训练：大西军进入云南以后，因地处僻远，同内地各方面势力都脱离了接触；然而，孙可望等人却始终密切注视着国内极其尖锐复杂的阶级搏斗和民族征战的进程，随时准备奔赴疆场，重显身手。因此，他们以云南为基地，秣马厉兵，军事训练抓得很紧。史籍记载，大西军平定云南全省之后，“拥兵三十余万，家口倍之”，兵员数量显然比入滇之初有较大的增长，其中既包括了对原明朝官军的改编，也吸收了不少当地少数民族的军队。为了操练士马，在昆明征发数万民工，扩建教场，“日夕操练士卒，三、六、九大操”，从而为不久以后出滇抗清准备了一支训练有素的队伍。
改善军队供应：孙可望等人决定“将各州县田地分与各营头，即令彼处坐就食。凡兵丁日支米一大升，家口月支米一大斗，生下儿女未及一岁者，月给半分，至三岁者如家口。给马分三等：头号者，日支料三升；二号者，日支料二升；三号者，日支料一升。不时查验，瘦者责治有差”。军需供应也做了妥善的安排：“安杂造局四所，不论各行匠役，尽拘入局中打造。凡兵之弓箭、盔甲、交枪之类有损坏者送至局内，挂下营头、队伍、姓名，三日即易以新什物。每贼兵有家口者，每冬人给一袍子；无家口者，一袍之外人给鞋袜各一双、大帽各一顶。如是养兵，果士饱马腾。”
四、在社会治安方面，大西军初入云南时，为了防止官绅和土司的破坏，一度沿袭在成都时期的戒备措施，对昆明的居民实行严格的户籍制度和行动限制：“户设一牌，书大小男妇姓氏悬之门首，以备查核。严门禁，不许妇女出入；凡男人出入，各以腰牌为据，牌上写本身年貌住址。城外入城者持腰牌挂于月城之左廊，事毕出仍取去，门上放出。城内出者持腰牌挂于月城之左廊，事毕入仍取去；有牌，守卒始放入。远来者面上打印为号，有印，门卒始放出。若是之严，总贼畏土司之众多，恐有不测，深防若此。”至于各府、州、县，虽然委任了文职印官，但实权大抵掌握在分布各地的武将手里。随着形势的稳定，社会生活日趋正常，孙可望等大西军领导人不失时宜地放松了对居民的军事管制。如昆明原归都督王尚孔领导的四城督捕管辖，大约一年以后即撤销四城督捕，“百姓皆归昆明县管理”。到己丑年（1649）元宵节，在昆明“大放花灯，四门唱戏，大酺三日，金吾不禁，百姓男妇入城观玩者如赴市然”。自明末以来多年不见的升平景象，竟然在大西军进滇不到两年时间里就出现了，连原先心怀敌意的士绅也为之赞叹，称之为有“熙皞之风”。
为了争取地主士绅的支持，孙可望等相当注意争取他们的合作。入滇之初，孙可望就在八月间亲自去文庙祭祀孔子，接着命吏部尚书兼管翰林院事的严似祖主持考试生员，“取士三十三名，观政选官”。对于生活有困难的士子还给予关怀，“开仓赈济寒生，每人谷一斗焉”。这些措施使主要出身于地主阶级的知识分子感到出头有日，大大减少了抵触情绪。到1650年大西军出兵“以复中原”的前夕，孙可望等还选派马兆羲“考试滇南生童”，意在吸收知识分子出任收复地区的官职。当时，孙可望亲统大军出征，李定国留守云南，“马兆熙（羲）考试毕，率云、武二府生童赴李定国府谢。定国赏钱三百串，面云‘诸生用心读书，不日开复地方，就有你们官了’等语。诸生谢出。由是文教渐复兴也”。1651年（顺治八年、永历五年）以后，刘文秀北出四川，李定国东出两广、湖南，所占地方派设了不少官员，其中相当一部分就是从云贵人士中选拔的。
五、对于云南少数民族和宗教在政策上也做了比较妥善的处理。孙可望等人利用明封黔国公二百多年在各土司中享有的威信广行招徕，注意笼络各少数民族的统治者。只要不持敌对态度就承认其统治权，并责成土司提供部分兵员和粮饷，不少土司的头人成了大西军下的将领。孙可望、李定国等人排除民族偏见，对西南少数民族的将士能够用其所长，如山区行军作战、组织象阵等，从而扩大了兵源，形成了西南各族人民共同抗清的局面。清朝廷臣在奏疏中说：“孙寇所借兵力，洞蛮为多。”时人李介也说：“定国所将半为?倮、瑶佬，虽其土官极难钤束，何定国御之有法也？”这表明大西军领导人在团结西南少数民族问题上收到了显著效果。
在宗教政策上，云南各族人士多虔信佛教。大西军初入滇时对这一特点注意不够，如1647年李定国率军攻克丽江，当地“俗多好佛，常以金银铸佛，大者丈余，次者八九尺，再次者二三尺不等，如是罗列供养”。大西军将士竟然把佛像“尽击碎驮出”，充作军饷。为时不久，孙可望等就改变了政策，明令保护宗教寺观，甚至带头刻印佛教经典、铸造供佛的香炉等器物。这里自然有受习俗熏染转而迷信佛教的一面，但客观上尊重了当地居民的信仰，有利于加强民族团结和地方局势的稳定。