1645年六月十一日，唐王朱聿键见潞王朱常淓已经决定投降，不胜愤慨，在一批文官武将的支持下，离开杭州前往福州筹办监国。倡先拥戴朱聿键的实际上是靖虏伯郑鸿逵，黄道周在这年六月十九日记载：六月十一日，清兵进抵塘西，马士英被方国安兵裹胁而去，他“与德公、麂子赤亟移舟至富春，遂不知临安动静。惟闻岸上鼓吹响甚，则朱大典、阮大铖翱翔从富春拿舟欲入婺州者矣。予至桐庐，郑靖虏檄所在扶驾，恫疑久之，见其人乃称圣驾盖唐王，非潞王也。大典适过访，亦云：‘唐藩未还封，安得至此！’诸人旨以虏信甚迫，临安不能孤存，潞王闭阁修斋，亦度不能修康王（指宋高宗赵构）故事。郑为桑梓，不作段煨、张方，能作如此事，须当与众推之。十有三晚，始从舟中晤唐殿下，慷慨以恢复自任，遂同诸臣交拜，约成大业。明日，乃具小启，共请监国。虽靖虏意，亦以板荡之会，非太祖亲藩不足复襄大业也”。
封建时代帝位的继承，血统的亲疏是个重要条件。唐藩朱聿键是朱元璋第二十二子朱的八代孙，在谱系上同崇祯皇帝相距很远，按常规是轮不到他的。黄道周等大臣参与郑鸿逵的推举有三个原因：一是朱由检的叔父、兄弟只剩下在广西的桂王，而当时的南明政治中心却在东南，朱常淓、朱常润降清以后东南士绅急于解决继统问题，不得不就近从疏藩中推选。二是明朝唐藩封地为河南南阳，这里正是东汉开国皇帝刘秀的故乡，在黄道周等人看来真可谓“起南阳者即复汉家之业”，“以今揆古，易世同符”了。隆武时任督师阁部的杨廷麟也在诗中写道：“中兴自古旧南阳”，这虽带有颂圣的意味，却也反映了相当一部分扶明官绅的心理状态。三是朱聿键在明朝藩王中确实是位鹤立鸡群的人物。他虽出生于王府，却从小就饱经患难，原因是他的祖父唐端王不喜欢长子（朱聿键之父），有立爱子之意。朱聿键即皇帝位后写的一篇自叙中说：“……端王子追封裕王，裕王万历二十二年立为庶子，长子即朕也。家庭多难，端不悦裕，囚在内官宅。母毛娘娘生朕于万历三十年（1602）四月初五日申时……。祖不悦，而生祖之母为曾祖母魏悦之。八岁延师，仅辩句读。十二岁，曾祖母薨，祖即将朕与父同禁，篝佛灯日夜苦读。禁十六年，朕二十八岁尚未报生焉。崇祯二年（1629）二月，父为叔鸩，朕誓报仇。赖有司之持公，天启心于祖考念，请于烈庙，奉敕准封。本年十二月十二日，祖考亦薨，朕乃奉藩。五年六月初二日受封；九年六月初一日请觐；七月初一日报仇（指杀其叔父）；二十日请勤王，八月初一日起行，十一日见部咨，寇梗回国；十一月二十一日奉降迁之命，责朕以越关、擅毙。十年三月二十二日到凤阳高墙；五月大病，中宫割股。十二年朱大典请宥；十四年韩赞周请宥；十六年路振飞请宥更切。十七年二月十三日奉旨，‘该部即与议覆’，而有三月十九日之事，不及全受先帝之恩矣，痛哉！……”
读了这篇自叙，可以知道朱聿键和其他藩王的经历有很大的不同，虽说贵为王孙，在出生后的四十三年里除七年奉藩以外，其余岁月都是在逆境中度过的。多灾多难的经历使他受到了其他藩王所没有的磨炼，增加了许多阅历，在国家处于危难时期正是充当最高统治者的有利条件。黄道周写的劝他接受监国的表文中就有这样的文字：“险阻备尝，晋公子之播迁，良有以也；闾阎亲历，史皇孙之艰难，岂徒然哉！”朱聿键正是在这样一种特殊条件下，被推上了维系明统的监国和帝位；他是位胸有大志的人，自然也正中下怀。
六月十五日，黄道周第三次请监国疏中说：“近闻清逼武林，人无固志。贼臣有屈膝之议，举国同蒙面之羞。思高皇创业之艰，退一尺即失一尺；为中兴恢复之计，早一时即易一时。幸切宗社之图，勿固士大夫之节。神器不可以久旷，令旨不可以时稽。亟总瑶枢，以临魁柄。”经过这徒具形式的三推三让以后，朱聿键表示“万不得已，将所上监国之宝，权置行舟。……俟至闽省，面与藩镇文武诸贤共行遵守”。十七日，朱聿键行至浙江衢州，就在检阅军队时发布誓词，表示将亲提六师“恭行天讨，以光复帝室；驱逐清兵，以缵我太祖之业”。表明他已公开接受监国重任。闰六月初六日，由南安伯郑芝龙等迎接入福州。次日，正式就任监国。二十天以后，又在臣僚的拥戴下于闰六月二十七日即皇帝位，纪元从本年七月初一日起改称隆武元年，以福州为临时首都，政府名为天兴府，以原福建布政使司作为行宫。这就是南明史上第二个政权，一般称为“隆武政权”。
朱聿键以明朝疏藩即位称帝，尽管他颇想有一番作为，重建明朝江山，可是他一年以前还是高墙中的罪宗，既缺乏自己的班底，又没有足够的名分，这一先天弱点使他不能不依赖倡先拥立的福建实权人物郑芝龙、郑鸿逵兄弟。即位后他就以拥戴之功加封郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯、郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。为了收揽人心，任命黄道周、蒋德璟、苏观生、何吾驺、黄鸣俊、陈子壮、林欲楫、曾樱、朱继祚、傅冠等二十余人为大学士，入阁人数之多，在明代历史上从未有过。任命张肯堂为吏部尚书，何楷为户部尚书，吴春枝为兵部尚书，周应期为刑部尚书，郑瑄为工部尚书，曹学佺为太常寺卿。
隆武朝廷建立后，颁诏各地，得到了两广、赣南、湖南、四川、贵州、云南残明政权的承认。
1645年（顺治二年）六月，潞王降清，浙江省会杭州被清军占领，不少州县也递上降表，归顺清朝。“闰六月初旬，颁开剃之令，人护其发，道路汹汹；又郡县奉檄发民除道开衢为驰马之地，人情益恇扰。”在这种情形下，亡国之痛以强迫剃头为引线迅速点燃了一场反清的熊熊烈火。闰六月初九日，明原任九江道佥事孙嘉绩起义于余姚，杀清朝委署知县王玄如；初十日，生员郑遵谦起兵于绍兴；十二日，又发生了宁波的抗清运动。
浙东的反清起义，和福建的隆武政权有一个重大区别：浙东是在本地当权官绅已经投降清朝以后，一批有志之士激于剃头改制，揭竿而起，不顾杀身亡家的危险而展开的反清复明运动。它的骨干成员大多数是些社会地位比较低的明朝生员和中下级官员。
浙东民风比较强悍，1643年在东阳爆发了许都领导的反对贪官的运动，很短时间就攻克了附近几个县，明政府束手无策，绍兴府推官陈子龙凭借个人关系对许都进行招抚，保证他的生命安全，不料许都投降后却被巡按御史左光先处死。郑遵谦同许都是生死之交，东阳起事后，他也准备响应，被其父郑之尹（曾任山西按察司佥事）关在房里，才未能实现。1645年六月，潞王降清后，浙东郡县也望风归附，绍兴府通判张愫降清被任为知府，彭万里任会稽知县。郑遵谦的父亲郑之尹也亲赴杭州剃发降清。深怀报国之心的郑遵谦却大义凛然地决定起兵反清。他联络一批志同道合的朋友和郡将，慷慨声称：“天下事尚可为，我欲举义旅，何如？”得到大家的支持。于是在闰六月初十日树立大旗，招兵誓师，有众数千人。他下令把张愫、彭万里处斩，自称义兴元帅。为了解决义军粮饷问题，郑遵谦召集曾任明朝尚书的商周祚、姜逢元等缙绅开会，要求他们拿出钱来。有的缙绅诉说家境贫困，难以应命。郑遵谦大骂道：“若受高官厚禄数十年，今国破君亡，尚欲拥厚资安享耶？”命人拖出斩首，阔老们吓得胆战心惊，只好答应按额输饷。正在这时，他的父亲郑之尹从杭州回来，见形势陡变，大吃一惊，跪在遵谦面前磕头大哭道“汝幸贷老奴命，毋使覆宗”，妄想以父子之情劝说遵谦不要同清朝作对。郑遵谦毫不动摇，绝裾而去。《南疆逸史》的作者温睿临在记述这件事时不胜感叹地写道：“明之绅士，大约荣利禄，趋声势，私妻子是计耳。宁有君父之戚，家国之感乎哉！故闯至则降闯，献至则降献，一降不止则再，其目义士皆怪物耳！”这段话颇能说中肯綮，明末清初大多数高官显贵在天翻地覆的大变乱之际，最关切的是千方百计维护自己聚敛起来的巨额财富，国家民族的利益被置之度外。
继绍兴府之后，又发生了宁波府的反清运动。宁波府同知朱之葵、通判孔闻语已纳款于清贝勒博洛，博洛随即委任之葵为知府、闻语为同知。鄞县生员董志宁首先倡义反清，聚集诸生于学宫商议，其中著名的还有王家勤、张梦锡、华夏、陆宇、毛聚奎，这就是某些史籍中说的“六狂生”。董志宁等决定起兵时，曾遍谒在籍各乡绅，均遭拒绝。闰六月初十日，清知府朱之葵为清军运粮至姚江，因道路不通返回鄞县。同日，孙嘉绩派人来鄞县约其门人林时对起兵响应。林时对曾任明朝吏科都给事中，他在十一日和沈延嘉、葛世振、徐殿臣等商议后，认为原太仆寺卿谢三宾“饶于资，向监军山左，曾身历戎行，宜奉之为主”，四人一道前往恳求，谁知谢三宾坚持不允，曰：“势如压卵，若辈不畏死耶？”无论林时对等怎样劝说，峻拒如故。林时对等于失望之余，与董志宁等人商量决定推原刑部员外郎钱肃乐为盟主，十二日邀集众乡绅到城隍庙开会。清知府朱之葵、同知孔闻语也来观察动静。当时，除了策划者以外，被邀而来的乡绅们还不清楚是怎么回事，听说知府、同知莅临，竟然降阶迎接。董志宁、林时对当机立断，撕毁之葵、闻语的名刺，宣布拥戴钱肃乐起兵反清。几千名围观百姓欢声雷动，当即拥簇着钱肃乐到巡按署中任事，隶属于海防道的两营兵和城守兵也表示支持抗清。朱之葵等见局面翻转，向百姓哀告饶命，得以释放。宁波府城鄞县自此复为明守。
当时，驻于定海的浙江防倭总兵王之仁业已投降清朝，贝勒博洛命他继续担任原职。宁波府城反清后，谢三宾为了保住身家性命，派人携带亲笔书信前往定海请王之仁出兵镇压，信中说：“潝潝，出自庸妄六狂生，而一稚绅和之。将军以所部来，斩此七人，事即定矣。某当以千金为寿。”钱肃乐也派倪懋熹为使者前往定海策反王之仁。两位负有完全相反使命的使者几乎同时到达定海。倪懋熹抵定海后，听说头天有位姓陈的秀才上书王之仁，斥责其降清，被王处斩，仍毅然入见。一见面，王之仁说：“君此来，大有胆。”倪说：“大将军世受国恩，贤兄常侍（指崇祯朝太监王之心）攀髯死国，天下所具瞻，志士皆知其养晦而动也。方今人心思汉，东海锁钥在大将军，次之则滃洲黄将军（指黄斌卿）、石浦张将军（指张名振），左提右挈，须有盟主，大将军之任也。”王之仁连忙制止他说下去，叮嘱道“好为之，且勿洩”，让儿子王鸣谦陪倪懋熹去东阁吃饭。然后，又接见谢三宾的使者，给他一封回信，“但曰以十五日至鄞，共议之”。谢三宾的使者见王之仁惠然肯来，以为不负主命，当即回鄞。王之仁在谢三宾的使者离开后，对倪说：“语钱公，当具犒师之礼。”十五日，王之仁果然统兵来到鄞县，召集诸乡老聚会于演武场。谢三宾自谓得计，欣欣然赴会，以为钱肃乐、钱志宁等必定溅血于眼前。不料，坐定之后，王之仁从靴子里取出谢三宾的密信，当众朗读。三宾大惊，不顾一切冲上去想夺回原信。王之仁喝令部下士卒把谢三宾拿下，对钱肃乐说：“是当杀以祭纛否？”谢三宾“哀号跪阶下，请输万金以充饷。乃释之”。由于王之仁兵员较多，参与反正，宁波的反清局势迅速稳定，对浙东其他府县也具有很大影响。
总兵方国安是浙江人，潞王降清时他率部众一万多名由杭州退至钱塘江东岸，和王之仁部构成反清武装的主力。这样，浙东地区的反清运动风起云涌，慈溪县有沈宸荃、冯元骝起义，石浦参将张名振也带兵来会合；慈溪知县王玉藻、定海知县朱懋华、奉化知县顾之俊、鄞县知县袁州佐、象山知县姜圻纷纷提供粮饷、招募义兵。
浙东各地反清运动兴起后，明原任管理戎政兵部尚书张国维和在籍官僚陈函辉、宋之普、柯夏卿商议，认为急需迎立一位明朝宗室出任监国，而当时在浙江的明朝亲、郡王只有在台州的鲁王朱以海没有投降清朝，自然成了浙江复明势力拥立的唯一人选。闰六月十八日，张国维等人奉笺迎朱以海出任监国；二十八日又再次上表劝迎。朱以海到达绍兴后，于七月十八日就任监国。以分守台绍道公署为行在，立妃张氏为元妃，改明年为监国元年。这意味着朱以海为首的监国政权在乙酉年七月到十二月仍沿用弘光元年年号。顺便说一下，史籍中有“监国鲁某年”和“鲁监国某年”的不同用法，从现存鲁监国颁发的印信来看，两种纪年方法都曾使用过。隆武政权是以当年七月改元，鲁监国则是次年（1646）改元，在1645年下半年仍沿用弘光元年。
鲁监国政权成立后，张国维、朱大典、宋之普被任命为东阁大学士，不久又起用旧辅臣方逢年入阁为首辅。任命章正宸为吏部左侍郎署尚书事，陈函辉为吏部右侍郎，李向春为户部尚书，王思任为礼部尚书，余煌为兵部尚书，张文郁为工部尚书，李之椿为都察院左都御史。孙嘉绩、熊汝霖、钱肃乐起义有功，均加右佥都御史衔督所部义师；进封大将方国安为镇东侯，王之仁为武宁侯，郑遵谦为义兴伯，而以大学士张国维为督师，统率各部兵马。
鲁王朱以海出任监国是在潞王朱常淓投降后，浙东士大夫迫于清廷强制推行剃发令而自发组织的抗清政权，带有很大的地区性特色。参与拥立鲁藩的官绅开初并不知道唐王朱聿键已经在福州继统，他们在拥立朱以海之后立即处于进退两难之势。就亲疏而言，唐王和鲁王都是明太祖朱元璋的后裔，在谱系上与崇祯帝相距甚远；在拥立时间上，唐藩略早于鲁藩，而且由监国称帝；地域上，唐藩为首的隆武政权得到了除浙东以外各地南明地方政权的承认，鲁监国政权只局促于浙东一隅之地。闽、浙的纷争使南明业已呈现的劣势进一步恶化了。在国难当头的时候，朱明王朝的宗室有的屈膝降敌，轻信清廷给予“恩养”的空言；有的利用国无常主，妄图黄袍加身，哪怕过上一天皇帝瘾也好。而相当一批文官武将也以拥立定策作为自己飞黄腾达的机会，演出了一幕幕兄弟阋墙、钩心斗角的闹剧。瞿式耜在一封信中写道：“以我观之，分明戏场上捉住某为元帅，某为都督，亦一时要装成局面，无可奈何而逼迫成事者也。其实自崇祯而后，成甚朝廷？成何天下？以一隅之正统而亦位置多官，其宰相不过抵一庶僚，其部堂不过抵一杂职耳。”又说：“其见在朝廷者，干济则平常，争官则犀锐，部曹则想科道，科道则想督抚，毕智尽能，朝营暮度，无非为一身功名之计。其意盖谓世界不过此一刻，一刻错过便不可复得矣！彼其胸中，何尝想世界尚有清宁之日，中原尚有恢复之期也哉！”这段文字是在永历元年写的，但所指出的南明残余势力醉生梦死，热衷于乱中窃权却是概括了弘光以来的普遍现象。从宗藩到官僚大抵都是利令智昏，为眼前的名利争得不可开交。
朱以海的出任监国，是在特殊条件下形成的。明第一代鲁王朱檀，朱元璋第十子，封于山东兖州。其九世孙朱以派嗣封鲁王，1642年（崇祯十五年）清兵南下山东，攻破兖州，朱以派遇难。其弟朱以海也几乎被清军杀害，死里逃生后于崇祯十七年二月袭封鲁王；同年三月，大顺军攻克北京，进兵山东，朱以海南逃，弘光时寓居浙江台州。朱以海亲身经历了国破家亡，颠沛流离的患难生活，培育了他对清廷的仇恨，在清兵侵入浙江时坚持了民族气节，并且毫不犹豫地在强敌压境之时毅然肩负起抗清的旗帜，甚至亲临前线犒师，这是难能可贵的。但是，他毕竟是深养王宫之中的龙子龙孙，过惯了腐朽荒淫的贵族生活，既缺乏治国之才，又不肯放弃小朝廷的荣华富贵。李寄有《西施山戏占》诗描绘了朱以海监国时的状况：“鲁国君臣燕雀娱，共言尝胆事全无。越王自爱看歌舞，不信西施肯献吴。”诗后原注：“鲁监国之在绍兴也，以钱塘江为边界。闻守江诸将日置酒唱戏，歌吹声连百余里。当是时，余固知其必败矣。丙申年（1656，顺治十三年）入秦，一绍兴娄姓者同行，因言曰：‘余邑有鲁先王故长史某，闻王来，畏有所费，匿不见。后王知而召之，因议张乐设宴，启王与各官临家。王曰：将而费，吾为尔设。因上数百金于王。王乃召百官宴于庭，出优人歌伎以侑酒。其妃亦隔帘开宴。余与长史亲也，混其家人得入。见王平巾小袖，顾盼轻溜，酒酣歌作，王鼓颐张唇，手象箸击座，与歌板相应。已而投箸起，入帘拥妃坐，笑语杂沓，声闻帘外。外人咸目射帘内。须臾三出三入，更阑烛换，冠履交错，傞傞而舞，优人、官人，几几不能辨矣。’即此观之，王之调弄声色，君臣儿戏，概可见矣。何怪诸将之沈酣江上哉！期年而败，非不幸也。”这宛如一幅太平天子的行乐图。
鲁监国政权的腐败还表现在任用皇亲国戚上面。元妃张氏的哥哥张国俊招权纳贿，任用匪人。著名的例子如谢三宾这样鲜廉寡耻的小人，被迫参加鲁监国政权后，竟然走国舅的后门出任大学士。其用人行政由此可见。张岱对朱以海的评论是：“从来求贤若渴，纳谏如流，是帝王美德。若我鲁王，则反受此二者之病。鲁王见一人，则倚为心膂；闻一言，则信若蓍龟，实意虚心，人人向用。乃其转盼则又不然，见后人则前人弃若弁髦，闻后言则前言视为冰炭。及至后来，有多人而卒不得一人之用。附疏满廷，终成孤寡，乘桴一去，散若浮萍；无柁之舟，随风飘荡，无所终薄矣。鲁王之智，不若一舟师，可与共图大事哉！”
在军事上，鲁监国政权处于抗清前线，却并不能有效地利用当地的兵力和财力。浙东的抗清事业本来是孙嘉绩、熊汝霖、钱肃乐等官绅士民凭借一股正气，不愿降清，得到百姓支持而干起来的，说明民心可用。可是，领兵大将方国安、王之仁来到之后，立即接管了浙东原有营兵和卫军，自称正兵；孙嘉绩、熊汝霖、钱肃乐等虽被授予督师官衔，部下只有临时招募而来的市民、农夫，称之为义兵。方国安、王之仁凭借兵力优势，竭力主张“分地分饷”：正兵应该瓜分全部正饷，即按亩计征的正额田赋；义兵只能食义饷，即通过劝输等办法取得的银米。这实际上沿袭了弘光时四镇和左良玉等军阀割据余习，使义兵处于没有固定粮饷来源而自生自灭的困境。鲁监国命廷臣会议，方国安、王之仁派来的司饷官员坚决要求全部田赋由正兵自行分地征收，遭到许多廷臣的反对。户部主事董守谕奏曰：“分饷分地非也。当以一切正供悉归户部。核兵而后给饷，核地而后酌给之先后。所谓义饷者，虽有其名，不可为继。”这本是正常朝廷财政军费开支的通行办法，却被方、王使者坚决拒绝。另一户部主事邵之詹建议以绍兴府田赋归户部，宁波府田赋供王之仁，金华府归朱大典，其他地方归方国安，意在使监国政权多少还有一点财政支配权。可是，连这样一个不得已的折中办法仍然遭到方、王的断然反对。最后，还是把浙东各府县每年六十余万钱粮由方、王二军自行分配。浙东各处义师断绝了粮饷来源，大多散去；连督师大学士张国维直接掌管的亲兵营也只有几百人。
上文说过，弘光朝廷覆亡，潞王屈膝降清，使南明帝系再次中断，唐藩朱聿键、鲁藩朱以海以远系宗室先后被福建、浙东官绅将领拥戴继统。这是在消息不灵的混乱状态下出现的一国二主局面。不久，随着情况的明朗化，唐藩为首的隆武朝廷建立时间稍先，又得到其他各省南明地方政权的支持，鲁监国政权就处于进退两难的境地。按道理说，退位归藩可以使南明政权至少在名义上实现统一；然而朱以海黄袍加身容易，一旦退位依旧过寓公生活难免驽马恋栈，何况拥立他的大臣也有的不愿放弃自己“定策”之功，担心转入隆武朝廷将不受重视。唐、鲁对峙的局面一直拖延不决。
九月，隆武帝派遣兵科给事中刘中藻为使者，前往绍兴颁诏，宣布两家无分彼此，鲁监国委任的朝臣可以到隆武朝廷中担任同等官职。对于是否承认隆武朝廷的正统地位，在鲁监国大臣中掀起了一场轩然大波，赞成开读诏书和反对开读的大约各占一半。大学士朱大典、督师钱肃乐、大将方国安认为“大敌当前，而同姓先争，岂能成中兴之业？即权宜称皇太侄以报命，未为不可；若我师渡浙江，向金陵，大号非闽人所能夺也”。“圣子神孙，总为祖宗疆土。今隆武既正大统，自难改易；若我监国，犹可降心以相从”。这说明他们的意见是赞成闽浙联合，接受隆武朝廷的正统地位，以免浙东独树一帜，孤立无援。可是，大学士张国维、督师熊汝霖、大将王之仁、国舅张国俊等却坚决反对。张国维的疏中说：“国当大变，凡为高皇帝子孙，皆当同心勠力，共图兴复。成功之后，入关者王，比时未可言上下也。且监国当人心涣散之日，鸠集为劳，一旦南拜正朔，鞭长不及，悔莫可逭。”熊汝霖说：“主上原无利天下之意，唐藩亦无坐登大宝之理。有功者王，定论不磨。若我兵能复杭城，便是中兴一半根脚，此时主上早正大号，已是有名。较之闽中乘时拥戴，奄有闽越者，规局更难倒论，千秋万世，公道犹存。若其不能，而使闽兵克复武林，直趋建业，功之所在，谁当与争？此时方议迎诏，亦未为晚。”甚至还有人说出“凭江数十万众，何难回戈相向”的话，不惜动武争夺帝位。朱以海见朝臣中不少人主张尊奉隆武帝，愤愤不平，宣布退归藩位，于九月十三日返回台州。十月初一日，主张承认隆武朝廷为正统的大臣开读了诏书。然而，在张国维、熊汝霖等人的坚持下，终于决定拒绝接受隆武政权诏书，重新迎回朱以海。唐、鲁争立从此愈演愈烈。
1646年正月，隆武帝命都御史陆清源携带白银十万两前往浙东犒师，却被鲁监国部将杀害。由于鲁监国政权中许多文官武将向隆武朝廷上疏效忠，朱聿键也加意笼络，给他们进官封爵。朱以海针锋相对采取挖墙脚措施，在这年四月间派左军都督裘兆锦、行人林必达来福京“以公爵封芝龙兄弟”。隆武帝闻讯大怒，将来使囚禁。不久，又杀鲁监国所遣使者总兵陈谦，更引起了郑芝龙的不满。由此可见，唐、鲁争立不仅是两个南明政权的对立，而且在两个政权内部也引起了严重纷争，尽管唐、鲁政权都以反清复明为宗旨，很大一部分精力却消耗在内部矛盾上。与此相应的是，文官武将的升迁不是以抗清功绩为据，而是被作为拉拢的一种手段。隆武、鲁监国两政权封爵拜官的人数很多，大抵都是因在内部倾轧中有“功”。在这种情况下，根本不可能组织有效的防清阵线。就当时的形势而言，隆武朝廷得到了南方绝大部分明朝地方政权的承认，鲁监国仅凭浙东一隅之地与之相抗是极不明智的。他和忠于他的大臣明知在南明管辖区内竞争不过隆武政权，却幻想攻克杭州后进取南京，先拜孝陵，建立超过隆武朝廷的威望。以监国政权的兵力要实现这种战略目标显然是不现实的。何况，即便旗开得胜，如愿以偿地拿下了留都南京，唐、鲁对峙的局面也将继续下去。由于鲁监国坚持同隆武朝廷分庭抗礼，地理原因监国政权处于抗清的前线，给福建提供了屏障，隆武朝廷的实权人物郑芝龙对这种局面心中窃喜，按兵不动有了借口。
朱以海既自外于隆武朝廷，不惜以高官厚爵收买支持者，流风所及，官职紊滥。“时远近章奏，武臣则自称将军、都督，文臣自称都御史、侍郎，三品以下不计。而江湖游手之徒，假造符玺，贩鬻官爵，偃卧丘园而云联师齐楚，保守妻子而云聚兵千万。”礼部尚书吴钟峦上疏请严加查核，“募兵起义者则当问其册籍花名，原任职官者则当辨其敕书札付”，但在当时情况下根本行不通。
尽管鲁监国政权的建立分散了抗清的力量，但是朱以海等人为了保有浙东，进而恢复失地，还是采取了一些积极措施。除了沿钱塘江布防外，方国安、王之仁等部曾渡江配合当地义师收复富阳、于潜。1645年八月间一度进攻杭州，未能得手。这年九月清浙闽总督张存仁奏报：“叛贼方国安、王之仁从富阳渡江犯杭城。遣副将张杰、王定国督兵往剿，斩首四千级，余贼复盘踞富阳。又令定国往余杭防剿，至关头，遇贼对垒，我师奋勇掩杀，追至小岭二十余里，斩获无算，阵擒国安子士衍等，斩之。”
十一月，鲁监国晋封方国安为越国公、王之仁为兴国公，并且筑坛拜方国安为大将，节制诸军。十二月十九日，朱以海亲自到钱塘江边西兴犒军，每名士兵赏银二钱，“责限过江，攻取杭城”。二十四日，方国安、马士英、王之仁派总兵三员领兵二万多名于五鼓从朱桥、范村、六和塔三处过江，直至张家山、五云山、八盘岭等处，迫近杭州府城。清总督张存仁与梅勒章京朱马喇、济席哈、和托、总兵田雄、张杰等分兵三路迎击，明军大败，被俘的副将有十一人，参将、游击、都司、守备四十八人。这次渡江攻杭战役失败后，鲁监国政权的将领壮志顿消，基本上转为划江扼险的守势。查继佐上鲁监国书中说：“自十二月廿四日之后，我兵一挫，□骄益逞。乃诸镇养尊，将心万不足恃，而私斗者互见，无所为兵律也。米价腾沸，过常数倍，财竭则内必变，民情已汹汹可虑。……而举朝泄泄，犹然饰太平之容，岂以示□镇静如谢安之于秦乎？臣未能为之解也。”
正当唐、鲁二藩在福建、浙江争立的时候，分封于广西桂林的靖江王朱亨嘉也不甘寂寞，梦想黄袍加身。明代的靖江王是太祖侄儿朱文正的后裔，在宗室诸王当中谱系最远，按宗法观念他根本不具备继统的资格。然而，自从崇祯帝自缢北都覆亡以后，朱明王朝宗室中不少人心中窃喜，妄图乘乱谋取大位，朱亨嘉正是其中的一个。1645年（明弘光元年、清顺治二年）五月，清军占领南京，弘光帝被俘，七月间消息传到广西，朱亨嘉认为机会来了，“即借勤王为名，有妄窥神器之心”。他对左右亲信孙金鼎等人说：“方今天下无主，予祖向于分封之日以粤西烟瘴不愿就封，马皇后慰之使行，于是以东宫仪卫赐之。目今东宫无人，予不俨然东宫乎！太子监国自是祖宗成宪，有何不可？”广西总兵杨国威、桂林府推官顾奕等人也想以拥立为功，三章劝进，推波助澜。八月初三日，朱亨嘉居然身穿黄袍，南面而坐，自称监国，纪年用洪武二百八十七年。改广西省会桂林为西京。杨国威被委任为大将军，封兴业伯；孙金鼎为东阁大学士；顾奕为吏科给事中；广西布政使关守箴、提学道余朝相等在桂林的官僚都参与拥戴。为了扩大影响，争取多方支持，朱亨嘉还派使者前往湖南、贵州等地颁诏授官，檄调柳州、庆远、左江、右江四十五洞“土狼标勇”，以增加自身兵力。当时，广西巡抚瞿式耜、巡按郑封正在梧州，得到靖藩僭位的消息，立即檄令思恩参将陈邦傅保持戒备，又以巡抚印文通知土司“狼兵”不得听从靖江王调令。朱亨嘉深知广西巡抚的态度直接关系到自己“事业”的成败，企图加以笼络。他先派顾奕为使者，携带诏令任命瞿式耜为刑部尚书，遭到瞿式耜的严词拒绝。八月十二日，朱亨嘉亲自统兵来到梧州，把瞿式耜拘捕，十九日押回桂林软禁于靖江王府，不久移居刘仙岩。
靖藩的自立同当时的两广高级官员态度游移有关。隆武帝在福建即位后颁诏南明管辖区，两广、贵州等地的官员并没有立即表态（举行开诏宣读仪式和上疏祝贺）。两广总督丁魁楚心怀观望，有的史籍说他同朱亨嘉有秘密联系，对谋立活动故意采取放纵态度。巡抚瞿式耜在弘光朝廷覆亡后，本来打算奉桂藩安仁王朱由（神宗的孙子，其父桂王朱常瀛已病死）为帝，在接到福州颁发的隆武监国和即位诏书以后，他认为唐王只是太祖的后裔，世系太远，没有及时上疏表态。被朱亨嘉拘留之后，他才秘密派遣家人携带奏疏祝贺朱聿键即位，并且报告朱亨嘉僭位及其必败之势，请求朝廷派遣军队平定叛乱。
朱亨嘉自立后，感到广西“地方狭小，兵马钱粮件件有限，难以为守，立志要下广东，先到肇庆会同两广商议而行，以观天下形势，以为保守之资”。他命杨国威留守桂林，自己带领兵马由水路出平乐、梧州，以参赞严天凤、范友贤为将军，充当左、右前锋。不料两广总督丁魁楚已获悉隆武即位后，除了浙江的监国鲁王以外，江南明朝各地政权都表示拥戴，而且隆武帝已给他加衔为大学士。因此，他认为这是自己建功立业的天赐良机，立即派出精兵数千名进至广西梧州，同时差官乘船由小路而来，船头打着“恭迎睿驾”的牌子，借以麻痹朱亨嘉。八月二十二日半夜，丁魁楚兵在梧州突然发起进攻，朱亨嘉拼凑的兵马被打得落花流水，自己狼狈不堪地由五屯所、永安、荔浦逃回桂林。“大学士”孙金鼎原是个不齿于士类的充军罪犯，凭借靖江王的宠信同思恩参将陈邦傅打得火热，结为儿女亲家。亨嘉兵败以后，孙金鼎逃往陈邦傅处避难。陈邦傅翻脸无情，将他处死，“把石灰淹了，解到两广识认明白”，立了一功。这件事在屈大均《安龙逸史》中记载得比较详细：孙金鼎逃到陈邦傅处躲避，邦傅密语参画胡执恭等曰：“靖江无谋，动辄败衄，我等若少依违，祸不旋踵矣！幸金鼎自来送死，乘此擒戮，以邀大功，何愁不富贵耶！”合计已定，于是“醉而投之水，仍取其尸，擦灰包扎，即传谕各舡易剿逆旗帜，解功至梧州。广督丁魁楚大喜，叙以首功，官征蛮将军，协东师前赴桂林”。九月初五日，丁魁楚亲自来到梧州，命参将陈邦傅、赵千驷、严遵诰、都司马吉翔等统兵向桂林进发。杨国威同他部下的旗鼓（相当于传令官）焦琏本来就有矛盾，瞿式耜暗中联络焦琏反正，夜间用绳索把陈部将士缒上城墙，一举擒获杨国威、顾奕等。二十五日攻靖江王邸，朱亨嘉被活捉。十月下旬，朱亨嘉和同谋文武官员被押解到广东肇庆。1646年（隆武二年）二月，丁魁楚派马吉翔把朱亨嘉等人押抵福建。隆武帝“命锦衣卫王之臣用心防护，无得疏虞。仍敕刑部侍郎马思理安置靖庶，还要酌议妥当。所刻《靖案》作速颁行，在闽亲、郡各王并令具议来奏，以服天下万世之心，不可草率，亦不许迟误”。同年四月，“安置靖庶人于连江，敕奉新王严加钤束，不许令见一人，透出一字”。“寻命掌锦衣卫事王之臣缢杀之，托言暴疾死。戮杨国威、顾奕、史其文等于市”。
平定朱亨嘉的僭乱后，隆武帝加封两广总督丁魁楚为平粤伯，陈邦傅为富川伯挂征蛮将军印。在给丁魁楚的诰敕中说：“卿有闻檄拥戴之大志，又有迅平逆寇之巨绩。王守仁当全盛之时，无推举之事，以卿比之，功实为过。”这种过誉之词反映了朱聿键渴望得到两广官员的支持。靖江王爵由朱亨歅袭封。瞿式耜却因为有意拥立桂藩，受到隆武帝的猜忌，被解除广西巡抚职务，调任行在兵部添注左侍郎；广西巡抚一职由晏日曙接替。
靖藩之变固然暴露了朱亨嘉觊觎大位的野心，隆武帝为稳定自己的地位而表现出来的私心自用也是很明显的。丁魁楚、陈邦傅仅因为投机有功，就加升伯爵，掌握了两广地区的实权，后来在永历朝廷上争权夺利，紊乱朝政，又先后投降清朝，基本上没有起过积极作用，可谓奖赏失当。真正忠于明室的瞿式耜却因有意拥立桂藩而遭到排挤。《思文大纪》卷六记载，直到隆武二年（1646）五月即朱亨嘉之乱平息半年以后，“广西桂林府、全州等州，进贡监国登极表笺四十六通。上虽嫌其迟，然亦念路远阻滞也”。这自然是表面文章，正如瞿式耜自己所说：“然余之不服靖江王而甘受其逼辱者，非为唐王也，为桂之安仁王也。”“六月到广西梧州。八月随遘靖藩之祸，时闽中已立思文矣。弟心心在神宗之孙，故既受靖祸，而又见疏于隆武。比夺西抚与晏公，遂坚意不赴佐枢之命。”瞿式耜卸任后拒不赴闽就任，在广西梧州、广东肇庆一带留连赋闲。
除了靖江王朱亨嘉的争立以外，还有益阳王的自称监国。1646年（隆武二年）二月，朱聿键下诏禁止益阳王在浙江龙游、遂昌一带私授知县。其中说到益阳王“借受慈禧（弘光太后邹氏）之命，又借勋镇方国安之推奉，近日表奏虽来，公然用监国之宝，不知此宝授自何人？”兵部郎中王期升在太湖奉楚藩宗室朱盛澂称通城王行大将军事，“居然帝制，派饷、卖札、强夺民女，为两山（指太湖中的东、西洞庭山）百姓不容”，王期升站不住脚才逃入福建。在南明历史上，这类事件多次发生。朱明宗室觊觎帝位者颇不乏人；部分官绅以“定策”为功，内部纷争不已，文官武将的升迁也深受这种风气影响。弘光、隆武、鲁监国等小朝廷以及妄图自立的某些宗室一脉相传，往往以高官显爵酬谢拥戴者。在民族危机日益深重的情况下，爵禄不用于劝奖抗清有功官员，而以是否效忠于己为依据。南明之不竞，与此颇有关系。