从耕的黄巾安置，大方向向确定好，具体工作由沮授负责，虽然繁重，但是有张饶、徐和等人协助，各种事情也都有条不紊的进行中。
对于留下来的五万从军战兵，廖化调来了阎忠、郭嘉协助整编黄巾军；同时调来高顺和一百名陷阵营士卒，并抽调四百名步兵教导营官兵，共同整训黄巾军。
整编方案，廖化已有初定，必须在一定范围内，打破黄巾军原有的一个个小集团，在原有的二十八个小渠帅（张饶、徐和等八名黄巾军渠帅自愿退出，不再领军）基础上，再增加十二个，设四十个营，每营一千二百余人，共有近五万人。各营经过整训，淘汰一部分人，能留下一千人就行了！
待阎忠、郭嘉等人到来，基本上同意了廖化的整编方案，同时又加入了一条，各营设置一名政治委员，前往邺城集训，结束后再入各军营。
这一点，廖化倒是忽略了，其实若想真正掌控黄巾军，思想政治工作更为重要！
却说，各营整编方案推出后，步兵教导营教官进驻各营。在各营推荐的基础上，阎忠深入各营，亲自谈话（阎忠眼光还是非常毒辣的，历史上贾诩之才就是被阎忠首先发现的），确定各营政治委员，统一派往邺城集训。
黄巾军整编已毕，整训工作正如火如荼的进行，从耕新民也被分配到相应地方，期间，吕虔又陆续运送过来两批粮草，都被廖化分配给从耕新民，确保夏粮收获之前，不至于缺粮。
对于大族贡献出来的土地，本来种植夏粮的，让新民协助收获，按照大族五成，新民五成分配，尽快收获，收获后尽快翻地，种上秋季作物。未种植作物的，抢种秋季作物。同时尽量多种植红薯。
廖化虽然没有什么具体事务，但是又必须在此坐镇，毕竟又近五万新投黄巾军在此训练，虽然出现动乱的可能性极低，但是廖化也不得不以防万一，同时廖化也想亲自监督整训工作，确保一次训练出好的成绩，否则以后再难有所改变。
一个月后，第一阶段训练结束，期间有部分战兵不堪训练重负，退出了军队，军务组安排他们到要求稍低的郡兵、县兵、村民护卫队。出廖化预料的是，竟然最终坚持留下了四万五千人！
此时，再观这些军队，与之前的黄巾军简直天渊之别！各兵士精神焕发，壮实很多；各军营更是令行禁止，气势非凡，称得上是精兵。
至于原因，应该是这些黄巾军，长期处于恶劣的生存环境中，能存活下来，自身身体素质非常高，加上整编后官兵平等，有军饷可拿，又有充足的吃食，每晚还要进行训练总结，举办一些“诉苦会”、“感恩会”等思想教育活动，这套现代思想武装的“组合拳”下来，这些人的“精、气、神”，有了脱胎换骨般的变化！若是此时拉出去，谁还看出他们原来是黄巾军？
廖化、郭嘉、沮授几人也早早开始规划各营的驻地，特别是沮授和郭嘉配合起来，一稳一奇，既考虑当前冀州的形势，又达到了分散黄巾军的目的（几万黄巾军集在一起确实不好）。
第二阶段的整训，主要是阵法的训练，需要各部拉练到驻地后进行。随后按照廖化的命令，各部陆续往驻地行去。