1996年4月9日晚19时45分左右，一名杨姓女子从呼和浩特市锡林南路千里香饭店去厕所，当晚21时15分后，发现这个女子被扼颈窒息死于内蒙古第一毛纺织厂宿舍57栋平房西侧的公共厕所的女厕所里。
呼格吉勒图于当晚与同事闫峰吃完晚饭分手后走出来，听到了女厕所里有女子呼救的声音，便急忙赶往女厕内施救。但是当他赶到的时候，这个呼救的女子已经遭到强奸后被凶手扼颈身亡了。
眼前的悲惨画面让呼格吉勒图这个刚刚十八岁的少年感到惊悚不堪。但是本着温厚善良的性格，他还是打算要报警。
随后，呼格吉勒图跑到了附近的警亭报案，可是无辜而出于好心的呼格吉勒图却被当时任呼和浩特市公安局新城分局局长冯志明在没有证据，非常着急要破案的情况下一意孤行自以为是地把呼格吉勒图认定为杀人的凶手。
1996年，这个女子被辱杀的事件仅仅61天之后，法院在没有充足证据支持的情况下，判决呼格吉勒图死刑，并予以立即执行。
呼和浩特市人民检察院指控被告人呼格吉勒图犯故意杀人罪、流氓罪一案，呼和浩特市中级人民法院于1996年5月17日作出（1996）呼刑初字第37号刑事判决，认定呼格吉勒图犯故意杀人罪，判处死刑，剥夺政治权利终身；犯流氓罪，判处有期徒刑五年，决定执行死刑，剥夺政治权利终身。可怜的少年，只是出于好心报案就被如此冤枉。
宣判之后，呼格吉勒图以没有杀人动机，请求从轻处理等为由提出了上诉。但是内蒙古自治区高级人民法院却不调查为了草草结案，而于1996年6月5日作出（1996）内刑终字第199号刑事裁定，驳回了呼格吉勒图的上诉，维持了原判，并根据当时有关死刑案件核准程序的规定，自以为是地核准以故意杀人罪判处呼格吉勒图死刑，剥夺政治权利终身。
1996年6月10日呼格吉勒图被执行死刑。
时光荏苒如流水，在2005年10月23日，呼和浩特市破获了一起系列杀人案。犯罪嫌疑人赵志红在交代的十几起案件中，其中第16起就交代了呼和浩特第一毛纺厂宿舍大院女厕所的一起命案。当时系列杀人案专案组的干警听说之后，感觉非常的吃惊。因为当时这个案子的所谓他们认为的凶手已经被执行死刑了，现在又出现了一个凶手。这有些不可思议。于是警察观察到赵志红交代犯罪事实时很冷静，并不像蓄意编造。公安干警又拿出两起案件试探赵志红，这两起案件与赵志红的作案行为不一致，赵志红否认了这两起案件。干警就带着赵志红到第一毛纺厂作案现场，那里后来进行了改造，当时案发的女厕所也没了，但他很准确地就指出了厕所的位置。
某位记者接触后到这个案件为了真相，于是展开调查。最后确认了赵志红就是这起命案的真凶。
在2005年10月30日，某记者采写内参，内参发出以后获得了中央领导的批示。经过了许多的波折，于2014年3月初，内蒙古自治区党委政法委员会成立了呼格吉勒图案件复查组。“4·9”女尸案告破。命案涉嫌人：赵志红。
2014年12月15日，内蒙古自治区高级人民法院对呼格吉勒图故意杀人、流氓罪一案作出再审判决，并向申诉人、辩护人、检察机关送达了再审判决书。
该冤案案因呼格吉勒图的父母坚定相信自己儿子无辜，忍着巨大的痛苦为儿子申诉，内蒙古自治区高级人民法院于2014年11月19日决定启动再审程序，另行组成合议庭并依法进行审理。审理中，合议庭查阅了本案全部卷宗以及相关材料，听取了申诉人、辩护人和检察机关意见，经合议庭评议并提交审判委员会讨论，作出如下判决：一、撤销本院（1996）内刑终字第199号刑事裁定和呼和浩特市中级人民法院（1996）呼刑初字第37号刑事判决，二、原审被告人呼格吉勒图无罪。
呼格吉勒图案专案组组长因涉嫌职务犯罪被调查。