1943年3月起，日伪军在太滆地区再次清乡，周围局势很紧张，只有马山比较安静，太滆根据地所属的后方机关陆续转移到马山，新四军独立二团和苏西、锡南的抗日部队在各县辗转后，也常来马山休整；苏西、锡南的地下党员分批到马山受训，有些会议也转到马山来开，同志们病了来马山休养，送往根据地的干部、战士也经马山而过。大家把马山看作太滆地区的小根据地。
第一次马山战斗后，日军就走了围剿马山的打算，但因不清楚新四军在马山的实力，小部队不敢去，调动大部队下太湖又不容易。直到1943年9月，日军调集近20000兵力，准备从苏南、浙西、皖南3个方向进攻，解决国民党控制的苏浙皖地区的郎溪、广德一线。宜兴是日军的兵力集结地，宜兴日军趁战役还没有发起，先对太湖西北地区进行严密扫荡，重点目标是马山，争取在日军发起对郎溪、广德进攻前，打掉太滆新四军，消除后方的隐患。日军利用已集中的部分主力，并从江阴要塞调来了一艘炮艇，计划在中秋节这天突袭马山。
1943年9月13号，杨洪才率五连去苏西活动，准备将敌人吸引到苏西地区，以减轻武、宜地区的压力。船到苏西朗山港外，杨洪才派人与联络站联系，得到情报说，敌人正在苏西大规模“清乡”，苏西的薛永辉部已经失去联系。杨洪才决定先转移到马山再做打算。当晚，太滆地区副书记和杨洪才率五连到达马山，当地区政府见部队到来，连夜布置杀猪、和面粉、做月饼，准备第二天中秋节慰劳新四军。岛上一片欢乐的气氛。杨洪才布置三排长徐长林率领全排驻扎东泉村。担任警戒，连部和两个排都驻在西泉村。部队安排好后，孙章录和杨洪才就赶往嶂青，去找前一天到马山的陈立平汇报工作，当晚就住在了陈立平那里，没有回到五连。9月13号深夜，日伪军集中2000多兵力，分乘十几只汽艇、轮船和拖船，从宜兴和桥出发，突袭马山。
9月14号（中秋节）凌晨2时许，驻扎在东泉村的三排，听到太湖中有汽艇声，预感到敌人可能要袭击马山。果然，天微亮后时，日伪军两艘汽艇开始试探性地向东泉港口扫射。在东泉警戒的徐长林排长一面派人通知连部，一面将部队埋伏在港口两侧，进入战备状态。
天大亮后，敌艇越来越近，并不断向港口两侧小山丛林和芦苇荡中开枪、开炮，进行火力侦查。三排为避免暴露目标，一枪未发。敌艇开到港口，不知虚实，又掉头离去。敌人见港口没有人还击，觉得安全了，不多时，两艘敌艇一前一后，重返港口。前面一艘靠近码头，放下了跳板，准备登陆。此时，在东泉警戒的部队集中火力向敌艇射击。敌人遭到打击后，慌忙抽掉跳板，退入湖中。
面对严重的敌情，驻西泉的连长、指导员、副连长立即率部队去抢占制高点冠嶂峰，以掌握主动权，副指导员龚君平带领五班作后卫。上午7点钟左右，敌艇重新驶向港口，在火力掩护下，接近港口时，不少敌人跳下水去，企图登陆。三排轻重机枪一起开火，打得敌人又爬回了汽艇，狼狈地退入湖中。
8点钟左右，北边冠嶂峰突然枪声激烈，副指导员龚君平准备率领作后卫的五班向连部靠拢，但已经冲不上山。原来，敌人在进攻东泉的同时，已在马山多处登陆。五班和连部被隔开，只得从坐身山向西撤退。五班来到庙下时，发现庙下闸口的水泥平板桥已被敌人封锁。在这紧要关头，龚君平只得率部猛冲，结果战士全被打散，龚君平和五班长鲁德英牺牲。
9点左右，在东泉的三排徐长林估计驻西泉的大部队已撤出，按预定方案去抢占制高点冠嶂峰了，故不再坚持原地斗争，向制高点冠嶂峰靠拢。五连只有控制制高点冠嶂峰才能继续和敌人周旋，为岛上各机关转移赢得时间。徐长林带领三排从东泉港口出发，翻过坐身山，到大东山以北，突然在山腰处遇到了一排长李德胜。李排长告诉徐排长，连部和一排、二排指战员，从西泉村向北，冲过坐身山，来到大东山抢占制高点冠嶂峰时，发现制高点冠嶂峰已被古竹上岸的敌人占领了。日军从马山岛多个地点登陆，其中一股登陆后立刻抢占了冠嶂峰。此时日军的战斗素养还是非常高的。能否拿下冠嶂峰成为战斗的关键，拿下新四军还能跟日军周旋，拿不下今天就凶多吉少了。一排和二排发动了进攻，日军居高临下，疯狂扫射，经过二小时左右战斗，一排和二排弹药耗尽，也没有能攻下冠嶂峰，连长陈宣布、指导员陈子平、副连长孙裕卿、事务长岳德义等都不幸阵亡，部队剩下不到一个班，由一排长带领在半山腰休整。
徐长林得悉情况，将两支队伍汇集在一起。由于敌众我寡，地形上又处于不利地位，已无力抢占制高点冠嶂峰而东泉港口之敌，也已经登陆，向山上扑来。这时，大墅、小墅、古竹等村庄，已被大量敌人占领，西半山接连传来枪声。两位排长商议，先冲下山去，先占领庙下村口的土地庙，控制通往稻田和芦苇 塘的小型平板水泥桥，部队撤进稻田和芦苇塘，利用夜幕，再做战斗部署。
李德胜带一个班先下山，土地庙中有几个敌人守着，在李德胜带领的一个班攻击下，敌人弃庙从桥上逃走了。李排长占领土地庙后，其余人员迅速下山过桥撤退。不料从土地庙逃出的几名日军躲在桥边的稻田里，用火力封锁桥头。这时有两条河横在面前，第一条河他们顺利过去了，但到第二条河时，情况突变。在新城、龙眼泉、嶂青、神仙庵等地日军扛着太阳旗围拢过来。李排长带部分战士突袭日军，不幸中弹负伤，倒在河边的田埂上，他手持短枪，呼吸困难，命令徐排长带剩下新四军立刻过河隐蔽，自己留下断后，三排长徐长林带人过河不久，断后的几名新四军就全部牺牲。过河后的新四军把多余的枪支沉入庙渎河，把机枪按大部件拆开，藏在河边的杆棵墩里。其余武器自带，人员分散隐蔽，有的躲在山上，有的藏在芦苇荡里。
在这次战斗中，五连4个连级干部，6个排级干部除三排长徐长林外，全部牺牲。还有大量指战员受伤，部队伤亡过半。独立二团的头号主力连再次被打残。
战斗打响后，太滆地委的领导得到日伪军派大批舰艇四面进攻马山的消息后，感到情况十分严重，因此他们立即采取紧急措施，组织机关、后勤部门分散、转移、隐蔽，以保存力量，马山的群众也从各方掩护，帮助机关撤退。
太滆地委书记、新四军独立二团政委陈立平在嶂青指挥后勤机关转移。当警卫员杨新义、机要员程安全、谢仁福烧完机密文件，撤离嶂青时，遇上日军的搜查队。谢仁福不幸牺牲，陈立平在嶂青前的黄豆田里被俘。
地委副书记孙章录、马山区委委员张振东和一批干部战士“3人一组，分散隐蔽”在芦苇塘里。马山区委书记徐亚夫也隐蔽在另一个芦苇塘深处的泥浆里。当晚他出来了解情况时，会合了一些同志，第二天他们又隐蔽在踏青附近的一个山泊里，到夜里，他们几个在桃坞弄到一条破船，在一位船老大的帮助下，突围到宜兴。
独立二团团长杨洪才，在敌军进攻时，原准备返回西泉指挥阻击敌人，但敌人已把道路阻隔，无法通过，只得隐蔽在芦苇荡里。黄昏时，他带着警卫员韩云燕、机要员程安全来到牛塘。闻讯的乡亲送来水和食物。就在这时，敌人再次袭击牛塘。担当警卫的尹林根当即开枪掩护，不幸牺牲。牛塘再次突围后，杨洪才一人爬上山顶，观察敌情。到黎明前，不见敌人撤走的动静，他走摸黑下湖，继续隐蔽在芦苇荡里。直到9月16号，敌人撤走后，他才把部队剩余人员召集起来。
《抗战报》是共产党太滆地区的机关报。它对于组织群众、教育群众、打击敌人起了很大的宣传作用。敌人进攻马山时，报社的谢鲤、倪仁智在突围中不幸牺牲。《抗战报》主编田树凡在西村庄中河家里，正患疟疾，发高烧卧病不起。日军搜查时，庄中和的母亲和她婆媳相称，在敌人面前保护了这位20多岁的新四军女战士。副主编吴梅，是位有残疾而且特别矮小的女同志。敌人进村时，她行动不便，难以越过牛塘村前面的开阔地，就从牛塘村后上山，藏在一棵松树下。晚上，她又摸回牛塘村最西头原编辑部驻地殷家，轻轻敲开了后门。殷大嫂给了她两个月饼，并告诉她村里有日军住着，不能进去。吴梅迅速上山，待到天亮，吴梅躲进西村后面的神仙庙。庙里佛像尚在，但已被敌人搜查过。吴梅就躲在倒竖在墙边的拜垫后面。嶂青一位老农因孩子病重，前来烧香拜佛。当日军又来搜查时，老人机智地跪在拜垫上拜佛，从容不迫掩护了她。
9月14号，战斗打响后，太滆地委的电台从小墅转移至牛塘村，一股日军向牛塘村袭来。台长翁履康觉得外面异常，正想出去观察情况，村民殷杏英奋不顾身跑回村里报告：“敌人到了村头，你们快走。”翁履康和其他同志立刻返回屋里，抢运机器，从村南突围而出，把电台藏在丁家坟园。但在敌人再次袭击牛塘村时电台被敌人抄了出来，翁履康也在耿湾被俘。
卫生队正在资泉村陈学海家，队长林伟去十六旅旅部，只有护士长顾健和医生项子森、杨春森及伤病员等人在家。日军登陆后，顾健和项子森通知伤员，能突围的突围，不能跑的分散到老百姓家里，当地群众冒着危险，把伤员藏在了陈学海加的牛圈里，刚藏好，日军进村，顾健和项子森立即上山隐蔽在深山密林里。由于群众的帮助，撤离及时，卫生队无一损失。
驻西村的50多人的学兵队，原是一支骨干力量。他们文化程度高，但基本是刚参加新四军的，太滆地委很重视这支队伍，由独立二团二营营长程铁英、指导员杨萌带领，在马山接受训练。这批学员如果受训完成，不管是补充进部队还是转地方工作，都是不可多得的力量。学兵队虽是成建制队伍，但基本上没有武器，程铁英营长带领他们白天隐蔽在耿湾的鹿鸣谭中。当夜，他们在马山警卫队指导员周传新和模范队队长秦乐康的帮助下，把沉在姚巷滨的交通船打捞出来，乘敌人汽艇向北巡逻之际，沿着盘龙山湾的山脚下湖，缓慢移到雁门附近，乘东南风急驶到太湖西岸宜兴周铁，学兵队顺利突出重围。
日军在马山反复搜查了三天，马山的共产党员、战士、群众，在敌人面前坚贞不屈，表现了中华民族抗战到底的英勇气概。马山警卫队的吴细狗，被敌人搜到后，日军用刺刀从腹部直挑到喉部。陈伯寿被日军用刺刀捅了五个洞。共产党员王明章、群众徐阿大遭受日军严刑拷打，没有透露半点实情。神仙庵的钱和尚，冒着危险，给隐蔽在娘娘庙夹墙的五位同志送水、送饭。在敌人疯狂扫荡，挨家挨户搜索牛塘村时，牛塘村的村民没有一个向敌人报信，告密地委机关情况。
由于日军要准备进攻国民党第三战区的郎溪、广德地区，日军不能久待马山岛，到第三天日军觉得马山围剿的差不多了，就离开了马山岛。敌军撤退后，杨洪才、孙章录通知各村群众，让安全归来的同志到嶂青村集中。当地群众为幸存指战员准备了饭菜，谁知端着饭碗还没有吃几口，群众又来报告发现敌情；有5艘5道帆的大木船，在西面江湾靠岸登陆。
杨洪才他们也搞不清楚来的是谁，只是估计可能是国民党顽军。于是当场决定把饭菜搬到船上吃，全体人员火速集中，乘交通站的船转移到离马山一二里路的土山上隐蔽起来。当晚，马山交通站就送来情报，来的是国民党忠义救国军晏子风部，约三四百人。他们趁人之危想来吃掉独立二团，独立二团已经无力再战，只能避敌锋芒，在交通站的帮助下转移到宜兴。
日军将先后抓到的新四军指战员17人和马山群众16人，押到宜兴日军宪兵队。9月28号，日伪军进攻国民党第三战区郎溪、广德时，缺乏民夫，就把他们充当民夫。在充当民夫的过程中，在到达苏皖交界的山区杜家坟时，日军哨兵也疲劳过度睡着了，被俘人员陆续逃跑。陈立平、翁履康等逃出后，随路讨饭，陆续回到马山。