1941年5月，十六旅离开太滆地区西返，执行恢复茅山和两溧地区的任务。5月中旬十六旅驻扎溧阳黄金山，国民党40师李觉带兵来犯，双方在黄金山大打出手，十六旅三战三胜，歼敌500，俘虏上千，缴获的武器推成了小山。携大胜之威，十六旅基本收复了两溧地区和茅山部分地区。同时太滆地区的太湖支队也发展迅速，独立二团也开始向锡南和苏西发展，并且在雪浪—龙王山一战中击退日伪军上千兵力的围攻。1941年5、6月，苏南新四军形势看上去一片大好。
1941年7月1号，汪精卫和日本鬼子的“清乡”计划，从这天开始拉开了序幕。日伪军18000人从苏州出发，兵分三路扑向常熟，目标新四军六师十八旅。这次“清乡”从一开始就表现出了与以往扫荡的不同，先是与新四军大打出手的国民党40师大踏步南撤，后是日伪军对常熟地区反复梳来篦去。谭震林按照以往反“扫荡”的经验布置了这次反“清乡”，地方组织留在原地，利用得天独厚的群众基础，坚壁清野。主力突围到外围无锡待命，准备里应外合，歼灭内线敌人，十六旅仍然留在茅山，和敌人开展游击战。常熟内线留下18旅54团和警卫2团7个连，化整为零，和敌人小规模作战，以骚扰、疲劳、牵制敌人为主。按照以往经验日军扫荡一般持续一、二星期，外线部队再骚扰，破袭日伪军据点，很快就可以结束日军扫荡。但这次日军在常熟地区，反复来回锯割，继而又进行军事隔离，无论外围部队如何破袭骚扰，就是不为所动。到1941年9月，留在常熟内线部队和地方组织1400多人伤亡殆尽。一直到抗战胜利，新四军的京沪铁路以东根据地再也没有能恢复。日军肃清常熟内线部队后，留下少量部队，主力扑向十八旅外线部队。十八旅外线部队连日血战，任然摆脱不了日伪军，不得已准备北撤苏北。曾是友军的忠义救国军向日军报告了18旅北渡的消息，日军集中了3000精兵，采用前堵后追的战术，准备在长江边一举歼灭18旅。18旅长江谓清、政委温玉成带领部队连续行军20多小时，抢在敌人到达前，在江阴北面渡江，跳出了日军合围。至此苏南路东根据地全部沦陷，十八旅突围到江北的部队不足2000人。
日军完成京沪铁路以东的清乡后，将目标转向路西地区，重点还是茅山地区。1941年9月6号，原16旅47团团长，苏南第五行署专员、句容县县长在茅山战斗中受伤被捕，巫恒通是江苏省一位有名望的教育界前辈，32岁就担任泰兴教育局局长，日本鬼子抓到巫恒通后如获至宝，用担架抬到句容县城，想通过他桃李天下的威望来瓦解动摇苏南抗战抵抗力量，甚至让周佛海来劝降。周佛海曾经是江苏省教育厅厅长，是巫恒通的上级，他带着昔日上司的慈祥和三寸不烂之舌，从苏州赶来。日军摆了丰盛的宴席，由日军11独立混成旅团长和南京赶来的日军宪兵司令部特务科长小林甲子做陪，巫恒通已经绝食4天，看到周佛海等后，不知道哪来的力气，抓过餐盘砸了过去，周佛海没有想到一向温和的巫恒通，变得如此暴烈，吓得快哭了，一直叫着巫恒通的字：“天侠兄，好汉不吃眼前亏啊”。巫恒通始终没有再看他们一眼。鬼子不相信制服不了一个穷书生，又派人找来了他的孩子。年仅10岁的儿子看到父亲奄奄一息。跪在地上号啕大哭：“爹爹，你吃点东西，爹爹你不要死。”巫恒通听见儿子哭泣，吃力的抬起头，突然咬咬牙，扬起手，打了儿子一巴掌：“孩子，爹爹为什么打你，等你长大了就会明白！现在你马上出去，不然我还要打你！”
9月14号，巫恒通保持笔直的睡姿，停止了呼吸。终年39岁。当他的尸体抬出监狱时，小林甲子和堤三树男用日本人的礼节鞠躬送行。这一天，县城里的日军士兵全部臂戴黑纱。巫恒通其弟巫恒达，新四军《火线报》主编，早在1940年2月，在宜兴西施塘战斗牺牲。一门双英烈，这才是江南读书人的气节。
就在苏南新四军还没有从悲痛中缓过来，太滆根据地的太湖支队又出事了。第六师师部和十八旅向苏北突围后，十八旅五十二团二营也转移到了锡南和苏西地区。路东根据地丢失后，太滆地区所居的战略位置显得更为重要。路东丢失独立二团失去了东南一翼。为应对接下来的局势，罗忠毅决定在锡南、苏西组建四十八团，伺机重新打开路东局面。新四军军部同意了这个方案。10月，命令以原十八旅五十二团二营为基础，与太湖支队、苏南蔡三乐部合编组成四十八团。任命王胜为团长，罗福佑为政委，顾复兴为副团长。先提下政委罗福佑，是经历过南方三年游击战争的老红军战士，1940年3月，独立二团原政治部主任张之宜受伤后，从茅山调入任独立二团政治部主任一职，10月任四十八团政委，但在新四军任职期间，逐渐生活腐化，11月24号罗福佑携姘妇携款逃跑，被土匪抓获后，被土匪送到十六旅旅部，罗忠毅非常愤怒，堂堂四十八团政委，背叛革命，让人痛心，但念在是和他一起经历南方三年游击战争活下来的老红军，还想给他个机会，只把他拘押在塘马，等候军部处置，很多研究十六旅历史的人都认为塘马之战就是罗福佑出卖了十六旅旅部驻地。
我们回到锡南、苏西继续来看四十八团。太湖支队的长枪第一、第二连和常备队为第一营，原五十二团二营为四十八团第二营，蔡三乐部为第三营。归属十六旅指挥。这样十六旅有了四个团兵力，具体部署是两溧地区是四十六团，茅山为四十七团，太滆宜北和武南为独立二团，太滆的锡南、苏西为四十八团，四个团相互配合、策应，应对日伪军的江南清乡。四十八团刚组建，就出了问题，一营是原太湖支队，该支队成分比较复杂。支队司令顾复兴英勇杀敌，忠诚可靠，素有威名。该支队副司令苏征西原是“忠义救国军”连长，后入太湖为匪，收罗了中央军在淞沪会战后的部分溃兵三四十人，被顾复兴的游击队击败，苏征西表示愿意归顺，加入顾复兴的游击队。后组建太湖支队时，苏征西召集罗春亮等数十人编为第一连。虽经整训，却恶习难改，常敲诈群众，杀人越货，又喜欢独自行动。十六旅司令部派人充任连排干部后，情况略有好转。蔡三乐部是策反伪军来的。要改造这支部队并不容易。所以十六旅精心选择干部，派出了旅参谋长王胜和独立二团政治部主任罗福佑去领导。
王胜是福建上杭人，1929年入党的老党员，长期在一线工作指挥。罗福佑是江西人，也是老红军，在独立二团任政治部主任时对程维新的改造也很见成效。派这两个人去组建四十八团应该是没有问题的。王胜一到锡南就碰到了难题。苏征西、罗春亮拒绝将他们一连编入四十八团。顾复兴给太湖支队上课时，苏征西一心腹排长把子弹推上膛，威胁说：“苏司令流血流汗弄来的人枪，现在新四军要把它拉过去，办不到！”当晚，就有人朝顾复兴的通信员打黑枪，太湖支队已经失控。10月5号，王胜刚到了锡南，住在太湖之滨的杨树园，苏征西、罗春亮率领一连、二连兵众威胁顾复兴叛变。顾复兴不从，苏、罗将顾复兴掳走。当晚又派兵抓捕王胜，王胜在警卫员掩护下脱险。
王胜、罗福佑将发生的情况向谭震林、罗忠毅作了汇报，罗福佑谎称敌人要到锡南清乡，请示怎么办。谭震林通过电文和罗忠毅商量决定让王直回旅部汇报情况，让罗福佑全面主持四十八团工作。谭、罗要四十八团再坚持一下，若真正不行，可撤出苏西、锡南地区。可罗福佑并没有“再坚持一下”。王胜前脚刚走，罗福佑就把四十八团拉到了溧阳塘马。罗忠毅听说罗福佑把四十八团拉了回来，痛心的说：“丢失苏西、锡南，六师东翼失去了屏障呀！你在独立二团待过，对太湖地区的情况应该有所了解，十八旅北渡后，苏西、锡南的战略地位尤为突出，能不能坚持太湖地区的斗争，直接关系到茅山和太滆地区的存亡。你向师部、旅部谎报军情，随随便便放弃战略要地，你知道这意味着什么吗？”四十八团既然来了，也只能设法安排，经向师部、军部请示，免除王胜、罗福佑职务，准备适当的时候调到军部学习。四十八团由旅部直接指挥。苏、罗挟持顾复兴叛变后，把部队带到了宜南山区，投了总部设在广德的忠义救国军。伪军张鹤亭部进驻华庄，忠义救国军焦魂侠部进驻南方泉等地，锡南局势急剧恶化。