十一月中旬，联军探部又传来有关洛阳八月底到十月底惊天动地的重要信报：
袁绍再三劝说何进便于此决之，何进不许。
袁绍又作书告诸州郡，诈宣何进之意，使捕案中官亲属。
何进谋划了许多日，颇感泄气，宦官惧而思变。
张让养子太医令张奉之妻乃何太后之妹也，张让向子妇叩头曰：“老臣得罪，当与新妇俱归私门。唯受恩累世，今当远离宫殿，情怀恋恋，愿复一入直，得暂奉望太后陛下颜色，然后退就沟壑，死不恨矣！“
子妇言于太后母舞阳君，舞阳君入白太后，乃诏诸常侍皆复入宫值班。
八月二十五日（公元189年9月22日），何进入长乐宫，向太后请尽诛诸常侍。
中常侍张让、段珪相谓曰：“大将军称疾，不临丧，不送葬，今突然入长乐宫，此意何为？难道从前窦武之事竟再起？“
于是，张让使人潜听何进与何太后的对话，完全听闻到何进其语。
张让、段珪、毕岚乃率其党徒数十人持兵器私自从侧门入宫，在嘉德殿前两侧埋下伏兵。
何进从长乐宫出来，宦官诈以何太后诏召何进入坐朝廷中枢嘉德殿。
何进一踏上嘉德殿省阁（门）前，张让等持剑围上来，斥诘何进曰：“天下大乱，亦非独吾等罪也。先帝尝与何太后不愉快，几至成败，吾等涕泣救解，各出家财千万为礼，和悦上意，但欲托卿门户尔。今汝乃欲灭吾等种族，不亦太过份甚乎？！“
于是尚方监渠穆拔剑斩何进于嘉德殿前。
中常侍张让、段珪等作伪诏，以与宦官关系密切的故太尉樊陵为司隶校尉，少府许相为河南尹。河南尹王允不让权。
尚书卢植、单飏、胡腾等得诏板，疑之，曰：“请大将军出共议。“
胡腾曾收留窦武的孙子窦辅。
中黄门以何进头颅掷与诸尚书曰：“何进谋反，已伏诛矣！“
何进部曲将吴匡、张璋在外，闻何进被害，欲引兵入宫，宫门闭。
虎贲中郎将袁术与吴匡部众用刀斧猛砍宫门攻之，中黄门持兵器守阁。
会日暮，袁术因烧南宫青琐门，欲以胁出张让等。
张让等入见太后，言大将军兵反，烧宫，攻尚书闼，因将太后、少帝及陈留王，劫省内官属，从复道走北宫。
尚书卢植执戈于阁道窗下，数次仰视段珪，段珪惧怕，乃释放太后，太后入阁，得以逃离宦官掌控。
袁绍与叔父太傅兼参录尚书事袁隗矫诏（伪造皇帝诏书）召来樊陵、许相，斩之。
袁绍及何苗引兵屯朱雀阙下，捕得中常侍赵忠等，斩之。
吴匡等素怨何苗不与何进同心，而又疑其与宦官通谋，乃令军中曰：“杀大将军者，即车骑将军也，吏士能为报仇乎？“何进的部众皆流涕曰：“愿致死！“
吴匡遂引兵与董卓弟奉车都尉董旻攻杀何苗于朱雀阙下，弃其尸于苑中。死者数千。
袁绍遂闭北宫门，勒兵捕诸宦者，无少长皆杀之，凡二千余人，或有无胡须者而误死者。
袁绍进兵顺着排查各宫室，或上端门屋，以攻省内。袁绍与王匡等并力入端门，于承明堂上格杀中常侍高望等二人。
八月二十七日（公元189年9月24日），张让、段珪等困迫，于是拥着少帝与陈留王数十人步出谷门。
夜，至小平津，六玺不自随，公卿无得从者，唯尚书卢植、河南中部掾闵贡夜尾随至河上。
闵贡厉声质责张让等，且曰：“今不速死，吾将杀汝！“因手剑斩数人。
张让等惶怖，叉手再拜，叩头向少帝辞曰：“臣等死，陛下自爱！“遂投河而死。
闵贡扶少帝与陈留王夜里逐随萤光向南步行，欲还宫，行数里，得民家露车，共乘之，至雒舍止。
次日，少帝独乘一马，陈留王与贡共乘一马，从雒舍南行，公卿稍有至者。
董卓至显阳苑，远见火起，知有变，引兵急进；尚未天明，到达城西，闻少帝在北，于是与公卿往奉迎于北芒阪下。
少帝见董卓领兵卒至，恐怖涕泣。群公谓董卓曰：“有诏却兵。“
董卓曰：“公诸人为国大臣，不能匡正王室，至使国家播荡，何却兵之有！“
董卓问少帝，少帝紧张，语不明。
董卓改与陈留王语，问祸乱起因和过程，陈留王从容应答，自初至终，无所遗失。董卓大喜。
河南尹王允派来护架的二百兵卒也赶到，随董卓军一起护送。
当日，少帝还宫，赦天下，改元光熹为昭宁。迁护驾有功者河南中部掾闵贡为郎中，封都亭侯。
传国玉玺失踪，其余御用六玺皆找到了。
六玺，皆用白玉刻成，螭虎纽，用武都紫泥封。一曰皇帝行玺，用于封国；二曰皇帝之玺，用于赐诸王侯；三曰皇帝信玺，用于发兵；四曰天子行玺，用于召大臣；五曰天子之玺，用于策封外国君主；六曰天子信玺，用于祭天地鬼神。
朝廷以武猛都尉丁原为执金吾。
骑都尉鲍信自泰山募兵一千适至，说袁绍曰：“董卓拥强兵，将有异志，今不早图，必为所制；乃其新至疲劳，袭之，可擒也！“
袁绍畏惧董卓，不敢发。鲍信乃引兵还乡兖州泰山郡。
董卓入洛阳的部军，步骑不过三千，自嫌兵少，恐不为远近所服。
于是，四、五日内，总是在夜里使兵马潜出城中军营去洛阳城外。明日一早，乃大陈旌鼓入城而还，使洛阳朝野以为有无穷无尽的西凉兵马复至。
然而洛阳城中无人知晓董卓有多少兵马。
不久，何进及弟何苗部曲皆归于董卓，董卓又阴使丁原部曲司马五原郡九原县人吕布杀丁原而并其众，董卓兵于是大盛。
丁原曾命并州从事张辽往赴京城，何进当时遣张辽往河北募兵，共得千余人。
待募兵还京，何进已亡，张辽所领兵尽归董卓所有，董卓划归吕布部。
董卓又讽朝廷，以久雨为由，策免司空刘弘，而自代之。
当初，蔡邕徙朔方，会赦得还。并州五原太守王智，中常侍王甫之弟也，奏蔡邕谤讪朝廷；蔡邕遂亡命江海，积十二年，董卓闻其名而辟之，称疾不就。
董卓怒骂道：“吾能诛人！“
蔡邕惧而应命，到，署祭酒，董卓甚为敬重。接着举高第，三日之间，周历三台，直迁为侍中。
董卓初见陈留王，陈留王对答如流，毫不惊恐，于是认为陈留王乃贤王，且为董太后所养。据传董卓自以与太后同姓同族，于是有了废少帝立陈留王之意。
朝会上，董卓谓袁绍曰：“天下之主，宜得贤明，每念灵帝，令人愤毒！董侯似可，今欲立之，为能胜史侯否？人有小智大痴，亦知复何如？为当且尔。刘氏种不足复遗！“
袁绍曰：“汉家君天下四百许年，恩泽深渥，兆民戴之。今上富于春秋，未有不善宣于天下。公欲废嫡立庶，恐众不从公议也。“
董卓按剑叱袁绍曰：“竖子敢然！天下之事，岂不在吾！吾欲为之，谁敢不从！尔谓董卓刀为不利乎！“
袁绍勃然曰：“天下健者，岂惟董公！“引佩刀，双手握刀柄作揖，径自出走。
董卓以新至，见袁绍乃大家子弟，故不敢害。
袁绍悬何进所授的节符于上东门城楼上，逃出洛阳。
八月三十日（公元189年9月27日）（注《资治通鉴》写为九月可能有误），董卓大会百僚，奋首而言曰：“皇帝暗弱，不可以奉宗庙，为天下主。今欲依伊尹、霍光故事，更立陈留王，何如？“
公卿以下皆惶恐，莫敢对。
董卓又高声言道：“昔霍光定策，延年按剑。有敢沮大议，皆以军法从事！“在坐者均震动。
尚书卢植独曰：“昔太甲既立不明，昌邑罪过千余，故有废立之事。今上富于春秋，行无失德，非前事之比也。“
董卓大怒，罢坐，要杀卢植，蔡邕为之求请。
议郎彭伯亦谏董卓曰：“卢尚书海内大儒，人之望也。今先害之，天下震怖。“
董卓乃止，但免去卢植官职。
不久，卢植以年老身体不适为由，请求返回家乡幽州涿郡涿县。
待董卓批准后，卢植便走小路离开洛阳，董卓果然派人追杀而不及。据传，卢植逃走，隐居在幽州上谷郡宁县护乌桓校尉大营附近，不问世事。
护乌桓校尉为并州太原郡人令狐君，名不详。
董卓以废立议示太傅袁隗，袁隗认同。袁绍弃官逃亡，据传去了冀州勃海郡。
九月一日（公元189年9月28日），董卓复会群僚于崇德前殿，以皇帝在丧，无人子之心，威仪不类人君为由，胁迫何太后策废少帝为弘农王，立陈留王协为帝。
尚书丁宫主持废立仪式，太傅袁隗解除少帝刘辩玉玺印绶，双手奉交给陈留王刘协，扶少帝刘辩下殿，然后扶刘协上帝座正式登基。
何太后哽涕，群臣含悲，莫敢言者。
董卓又议：“何太后欺压逼迫永乐宫董太皇太后，至令忧死，乃逆妇姑之礼也。“
于是，迁何太后于永安宫。
赦天下，改元昭宁为永汉。
据传闻，天下各郡县都在杀宦官和其家族为官者。
九月三日（公元189年9月30日），董卓鸩杀何太后，董卓不允许朝廷为何太后举办丧礼，公卿以下不布服，会葬，素衣而已。
只让帝刘协到洛阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣穿白衣上朝三天。
董卓又发何苗棺，出其尸，支解节断，弃于道边；杀何苗母舞阳君，弃尸于苑枳落中。
诏除公卿以下子弟为郎，以补宦官之职，侍于殿上。
九月十二日（公元189年10月9日），以太尉兼幽州牧刘虞为大司马，封襄贲侯。襄贲县为徐州东海郡的一个县，接壤刘虞的家乡，同郡郯县。
董卓自为太尉，领前将军事，加节传、斧钺、虎贲，更封郿侯。
之前董卓为斄乡侯，属于乡侯，这次封为郿县县侯。
郿县又恰是皇甫嵩重兵驻扎之地，也是皇甫嵩面对联军的前线。
九月十三日（公元189年10月10日），以太中大夫杨彪为司空。洛阳令司马防转任治书御史，都尉诸于继任洛阳令。
九月二十一日（公元189年10月18日），征召握有兵权的豫州牧关内侯黄琬入朝为司徒。
以河南尹王允为太仆，王允次兄王懋（mào）为侍中。
袁术从虎贲中郎将转任河南尹。汉阳太守金旋入朝为议郎。
樊煜继任汉阳太守，仍在武都郡下辨县临时的汉阳郡府办公务。
董卓率司徒黄琬、司空杨彪诸公卿一同携带斩人的刑具鈇锧到朝堂上书，追理受害的陈蕃、窦武及同人，全部恢复其爵位，遣使吊祠，提拔其子孙为官。
自六月至九月一直阴雨绵绵。
冬，十月三日（公元189年10月29日），葬灵思何太后。董卓趁开启灵帝的陵墓文陵下葬灵思何太后时，使人悉取墓中所藏珍宝。
最初，南单于于扶罗既立，部落人杀其父者遂叛，共立须卜骨都侯为单于。于扶罗上奏朝廷提请诉讼。
恰灵帝崩，天下大乱，朝廷无暇顾及于扶罗的诉讼。
于扶罗军面临断饷断粮的境地。于扶罗于是率数千骑部众与郭太的白波军合兵寇并州太原郡，又攻陷司隶河东郡县，河东郡众多庶民逃往三辅。
董卓遣其将牛辅从陕县过黄河进入河东郡击之，不胜。牛辅退回黄河南岸的陕县董卓军大本营。
时庶民皆聚拢在坞堡等内自保，于扶罗军劫掠得不到任何好处，反而攻坞堡、庄苑时兵卒多有挫伤。
于扶罗又想回归原部落，但原部落人不接受，于扶罗乃屯于河东郡中部的平阳县。
须卜骨都侯为单于上位一年而病死，南匈奴王庭于是空着王位，暂以老王行部落事，也不接纳于扶罗回来继王位。
看完信报，韩遂惊呆了。大将军何进死了！前将军董卓进京把持了朝政！
何进竟然如此呆木，一切都是袁绍一伙人事先设好的局。
只是袁绍看走眼了董卓，认为董卓是亲袁家的将领，竭力引入京师。
袁绍原想用外戚何进家族与宦官火并，再用董卓军灭掉何家，袁家就控制了朝廷。不曾想董卓进京掌权后翻脸不认袁家。
误天下者袁绍矣！
新任洛阳令诸于曾为韩遂在洛阳读太学时的《毛诗》班的同窗，韩遂写信交给探部带给诸于，希建立联络。
董卓给窦武平反，对在陇西狄道的宝统（窦统）来说定是盼望已久的好消息，可重返洛阳为官。韩遂马上写信通知宝统。
数天后，宝统回信，表示已年过六旬，不看好时局，不愿入朝为官了。但可恢复“窦”姓了，不再称“宝”姓。
此事在凉州望族中引起不小的震动，当年紧锢之祸的逃犯竟然藏在狄道。
听闻宝统就是前雁门太守窦统，窦琼英是大将军窦武之妹，很多望族前来拜访，窦家着实风光起来。
韩遂又给联军各部首领去信：
联军的原目的是铲除遍布朝野的宦官及其族人、同流合污之辈，等朝廷大赦，率凉州子民重归大汉。
天下宦官及家族为官者已诛尽，原目的已达到，天下再无宦官。
故联军新目的更改为等待朝廷大赦，待明君贤臣主持朝政，率凉州子民重归大汉。