西元1518年3月22日，西班牙国王查理一世和麦哲伦签署了协定。
协定中，国王答应为麦哲伦装备五艘议定吨位的船只，两年内保证充分供应船只所需的全体船员、粮食和火炮。
麦哲伦的远航探险计划获得西班牙国王赞助与赏识的消息，很快被葡萄牙奸细探听到。葡萄牙国王曼努埃尔一世得知此事，异常担心本国的独家香料贸易利益受损，因此，他立即密令葡萄牙驻塞维利亚领事阿尔瓦利什，用尽千方百计也要破坏这个计划。
阿尔瓦利什的软硬兼施，并未使麦哲伦的远航探险计划搁置。计谋没有得逞，阿尔瓦利什又唆使敌对分子给舰队装载了不少发霉的面粉、食糖和发臭的咸牛肉等。在招募海员问题上，他还大动手脚，安排敌对分子上船。组成舰队的人员共265人，其中西班牙100多人，葡萄牙人37人，意大利人30人，此外还有德、法、英等6、7个国家的水手。人员如此复杂，阿尔瓦利什轻而易举在葡萄牙人中安排了奸细，并谋划暗杀麦哲伦。这便是后来远航探险队为何动不动就叛变，动不动就自行脱离船队的主要原因。
1519年8月，远航探险队的准备工作终于就绪，全体人员待命起航。远航探险队由5只舰船组成，每条船上都备有枪炮火器和小艇。这5只舰船分别是“特里尼达”号，为船身最坚固的旗舰，载重量为110吨；“圣安东尼奥”号，载重量最大，为120吨；“康塞普逊”号，载重量90吨；“维多利亚”号，载重量85吨；“圣地亚哥”号，载重量75吨。
1519年9月20日，麦哲伦探险船队驶离了西班牙。到11月19日，探险船队利用东北季风和赤道海流，沿非洲西海岸南下。在行驶到佛得角群岛时，船队转向西行，横渡大西洋，到达南美洲巴西海岸。此时，麦哲伦探险船队沿着南美海岸南下，航行了4个月。
1520年3月31日，麦哲伦发现了一个平静的港湾，为其命名为“圣胡利安港”，船队驶入港湾，在当地抛锚。阿尔瓦利什安排的刺客忽然在此时动手，幸好麦哲伦有所察觉，并未受伤，但经此事，船员损失不小，探险船队不得不在“圣胡利安”港度过了一整个冬天。
5月中旬，为了找到通往太平洋的航线，麦哲伦派出一艘远洋帆船向南航行，探索航路，但该船不慎触礁受损。因此，当麦哲伦率领探险船队再次扬帆起航时，船队只剩下四艘远洋帆船。
1520年10月21日，探险船队沿着南美洲海岸向南航行，发现了一条通往太平洋的海峡。海峡两岸峭壁林立，风急浪高。船队冲向海峡，驶入一个比较宽阔的海港，穿过海港向前航行，又发现了一条海峡，在海峡外又有一个宽阔的海港。
麦哲伦船队向南航行几天，接连穿过几个海港，发现两条水道，一条朝东南，另一条朝西南。麦哲伦让“圣安东尼奥”号和一艘海船向东南航行，他自己乘坐的旗舰“特里尼达”号带领另一艘海船向西南航行。结果，朝西南航行的海船发现了一个海角和一片海洋。在旗舰“特里尼达”上的麦哲伦见此一幕，激动得掉下眼泪，穿过海峡时，麦哲伦看到南侧的岛屿上到处有印第安人燃烧的簧火，便给该岛屿起名“火地岛”。
而向东南航行的“圣安东尼奥”号却走进了死胡同，在返回途中又找不到船队，“圣安东尼奥”号船上的主舵手乘机哗变，驾驶风帆船返回西班牙。麦哲伦对此一无所知，只以为它失踪了。
经过28天的艰难航行，探险船队在1520年11月28日走到水道尽头，进入了太平洋。
接下来，麦哲伦船队只有沿着南美西海岸，顺秘鲁寒流航行一条路，而友谊港（后世智利瓦尔帕莱索）是他绕不开的点。
宋洲自进入工业大发展时代，增强的可不只是经济与军事实力，人类将蒸汽、电力运用于生产，那股“人定胜天”的精神头便翘了起来。
随着宋洲探险船对太平洋东西两岸的了解加深，海军中开始有人鼓噪，要把太平洋变为宋洲的内湖，南太平洋是宋洲人的南太平洋。
在这种背景下，果防部制定了太平洋“封锁”计划，自然不可能再让其他果家染指自己的海疆。
当麦哲伦船队驶入友谊港附近，一观察塔哨兵发现了情况，随即汇报给了上级。
停泊在友谊港的快速舰船紧急出动，对这三艘西班牙船展开了天罗地网的追捕。
麦哲伦站在船头，同样看见了海上的异样，数艘来历不明的船只正向自己这边快速驶来。
“麦哲伦舰长，正前方有三艘敌船！”
“该死，后方也有，我们被包围了！”
望斗中的水手大呼小叫道。
待敌船越靠越近，麦哲伦终于看清对方船上的旗帜。
“是宋洲人的船！”麦哲伦略感惊讶道。
“特里尼达”号的舵手歌朱什急忙向麦哲伦询问：“舰长，我们现在是突围，还是应战，或者……”歌朱什没敢把投降说出口。
麦哲伦想了想，做了个今生最让他后悔的决定：“打白旗，告诉敌船，我们是西班牙国王派遣的船队，与他们并无恶意。”
其他两艘船看到“特里尼达”号的信号，纷纷降下船帆，等待着宋洲快速舰船靠近。
见三艘西班牙船还算老实，宋洲舰船并没有开火，围拢后，宋洲海军立即登船，将船上的所有人控制。
“我是西班牙国王任命的海军上将，我要见你们的长官，你们不能这样无礼地对待我！”麦哲伦见宋洲士兵毫无客气地往自己身上套绳索，立刻挣扎起来。
“你现在是我们的俘虏，给我老实一点，别让我丢你入海喂鲨鱼！”海军军官也不管麦哲伦能不能听懂，自顾自地说道。
麦哲伦还想反抗，这时却听“呜”的一声，一艘吐着黑烟，比旗舰“特里尼达”号还要大50倍的巨船正缓缓靠近。
“哦，我的上帝！”
“这一定是魔鬼的船！”
被绑起来的船队船员各个目瞪口呆，被面前的场景吓傻。
“怎么现在才来？”
“锅炉升温不要时间吗？还以为有仗要打了，想不到就这样缴械投降了！”
“这三艘船交给你们拖回去，我先带人走了！”
海军军官朝蒸汽船船头一人大声喊着，挥了挥手，海军士兵将人一一押走。