若奥回到里斯本已经是九月初，他拜访了热罗尼姆斯教堂的大主教，这勾起了他对哈维尔神父和科斯塔神父的思念，他决定再次前往日本，看望他的朋友。
若奥在里斯本停留了一个月，准备继续他的航行。他在离开家前往码头之前，何塞派人为他送来口信，告知国王要接见他，若奥只能暂时停止了他的计划，前往王宫觐见国王。
若昂三世对大西洋上越来越多的海盗感到不安，他给若奥下达了命令，让他参与皇家海军打击里斯本与亚速尔群岛之间海盗的行动。若奥对能为国家效力感到十分高兴，他和皇家海军一起在里斯本和亚速尔群岛警戒海面，护卫葡萄牙的商船队。
在和皇家海军的行动中，若奥结识了年轻贵族艾斯塔西奥·德·萨，这位还不满四十岁的中年军官雷厉风行和勇猛果敢的作风给若奥留下了深刻的印象，在完成了国王交给的任务后若奥在一五五二年初返回了里斯本。
向皇家海军辞行后，若奥决定前往日本，他率领船队从里斯本出发，沿着非洲西海岸一直向南，绕过好望角，向北到达蒙巴萨。在横渡印度洋之后在卡利卡特停靠补给，穿过马六甲海峡向北，经历了长达一年的航行，若奥终于再度登上了鹿儿岛这片土地。
若奥在登上鹿儿岛之后，直接向着弥次郎的家奔去，若奥到达弥次郎的门前，敲打房门，开门的正是弥次郎本人，若奥从弥次郎的脸上看到了悲伤。
弥次郎看到若奥，发出一声惊呼，“莱昂先生，竟然是您。”
“是的，弥次郎，我来探望哈维尔神父。”若奥说。
弥次郎摇了摇头，两行泪水从脸上流了下来，“莱昂先生，哈维尔神父上个月在上川岛病逝了。”
若奥顿时一怔，他没有料到哈维尔神父已经病逝了，他的大脑里一片空白，哈维尔神父慈祥的表情一下子涌入他的脑海。
“弥次郎，您能不能带我前往那里。”若奥说。
“好吧，莱昂先生。”弥次郎点了点头。
若奥的船队向着南边航行，几天后到达了上川岛，这里是大明国的领地，所以若奥在下船后特别让郑安同行。
来到岛上后，他们找到了一个洗礼名叫做安东尼的大明国青年，这个青年带着他们前往安葬哈维尔神父的墓地。若奥看到哈维尔神父低矮的墓碑，眼泪止不住地落了下来。从哈维尔神父的墓地回来，他拜访了“圣十字架”号的船长，这位船长告诉若奥，一个月后他们将把哈维尔神父的遗体连同棺椁移至果阿安葬。
若奥决定和“圣十字架”号同时返航，弥次郎则独自返回日本。三月末若奥的船队和“圣十字架”号到达了马六甲，此时的马六甲正流行着严重的瘟疫。令若奥吃惊的是，从哈维尔神父的遗体回到马六甲开始，大批群众手执蜡烛，在码头和街道上列队恭迎。信徒们先把灵柩停放在近岸的教堂中，便于人们前来瞻仰。第二天当信徒们重新启棺，却惊讶地发现哈维尔神父的遗体容颜如生，异香四溢，犹如熟睡一般。从这天开始，奇迹似乎在这座港口城市里不断发生，蒙天主特赐奇恩，哈维尔神父遗体的到来，竟立即平息了正在马六甲全城流行的瘟疫。