东汉沿西汉制度，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿，秩中二千石。
与西汉不同的是，东汉九卿分隶属三公：太常、光禄勋、卫尉三卿属太尉；太仆、廷尉、大鸿胪三卿属司徒；宗正、大司农、少府三卿属司空。
除此之外：
其一，光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。
其二，少府尚书改称尚书台，由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改为六曹，改常侍曹为吏曹，增三公曹，将主客曹分为南主客曹与北主客曹。
其三，尚书台增设左右丞二人，诸曹侍郎各六人，令史诸曹各三人，事务繁剧的曹增令史各三人。尚书台组织较西汉重要、庞大的多。
1、太常
“奉常，周为春官宗伯，掌邦礼，秦改奉常。”秦时称奉常，掌宗庙祭祀礼仪，银印青绶、秩中二千石。
属官有负责宫廷音乐的太乐，负责太庙祭祀事务的太祝，负责皇帝饮食以及祭祀用食物供奉的太宰，负责管理巫医的太医，负责观察天时星象、兼皇家史官的太史，负责应皇帝诏命进行卜筮太卜。
汉景帝中元六年（公元前144年）更名为太常，掌管礼乐社稷、宗庙礼仪。
其属官有太史、太祝、太宰、太药、太医、太卜六令及博士祭酒。
2、光禄勋
“及主诸郎之在殿中侍卫，故曰郎中令。”秦时称郎中令，掌殿中议论、宾赞、受奏事、宫廷宿卫之事。汉武帝更名为光禄勋，王莽称司中，东汉又称光禄勋。
属官有负责议论的大夫，负责宾客迎送、接受群臣奏事的谒者，供奉宫廷、等待受职的诸郎以及期门、羽林等禁卫军。
西汉时辖五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。
大夫，为专门的谏议官，无定员。有光禄大夫，秩比二千石；谏议大夫，掌议论，无常员，多至数十人；还有太中大夫、中大夫、谏大夫等。
谒者，掌殿廷朝会礼仪、接受臣民章奏，置七十人，秩六百石。
郎，为待选之官，有评议国事的议郎、有陪侍皇帝车驾的中郎、侍郎等，无定员，除授常达千人之多。
议郎、中郎秩比六百石，侍郎秩比四百石，郎中秩比三百石。
中郎分统于五官中郎将、左中郎将、右中郎将，郎中分统于车郎中将、户郎中将、骑郎中将。
东中郎将：秦郎中令属官有左中郎将，汉属光禄勋，秩比二千石，主轮番执戟宿卫天子。
郎一般取自公卿等官僚子弟，一方面作为皇帝的扈从，一方面学习政务，是秦汉之际出仕的重要途径。
3、卫尉
掌皇宫诸门屯兵，秦时始置。
属官一巴士司马令，凡吏民上书、四方贡献、朝廷征召等，按法律要使用公家的车马，巴士司马令即掌其事。
属官二卫士令，统领诸宫门卫兵。
4、太仆
秦和两汉均设太仆，王莽一度更名为太御，掌管舆马及牧畜之事。
5、廷尉
廷尉掌管刑法狱讼，是各地上诉的最高司法机关，秦时始置。“廷”字系直、平之义，治狱贵直而平，故以为号。
廷尉署有狱，称廷尉狱，大臣有罪则下廷尉狱。汉景帝更名为大理，自后或称廷尉，或称大理
属官有大理正、大理平、大理监，成为廷尉三官。
6、大鸿胪
秦时称典客，掌诸侯与少数民族部族首领朝觐事务、接待诸郡县上计吏。
属官有行人，备临时差遣远方。汉初称大行令，汉武帝太初元年更名为大鸿胪，掌管接待宾客之事。
7、宗正
秦时始置，王莽称宗伯，东汉复称宗正，掌管皇族与外戚事务，两汉皆以刘姓宗室充任。
8、大司农
秦时称治粟内史，掌诸谷物、金玉之贮，相当于国库司库。景帝改称太农令，汉武帝太初元年（公元前104年）更名为大司农，掌管国家财货。
属官有五令丞：太仓令、太仓丞，掌国库中粮食的贮存；有平准令、平准丞，掌京师及诸郡物价；有均输令、均输丞，掌征收﹑买卖和运输货物；都内令、都内丞，主国家所藏货币、布帛等财物；籍田令、籍田丞，掌管皇帝亲耕的仪式与籍田的管理，以籍田所出的谷物作为祭祀天地宗庙的粢盛。
还有斡官、铁市两长丞。斡，主也，主均输之事，所谓斡盐铁而榷酒酤也；铁市，经营铁器的集市。
9、少府。
秦和两汉均设少府，掌皇帝私产，照料皇帝日常生活起居。
属官有：御府令、御府丞，掌皇帝服饰织造与保管；
尚冠令、尚冠丞，掌皇帝各种礼服所需的皇冠；
尚衣令、尚衣丞，掌服侍皇帝更衣；
尚食令、尚食丞，掌服侍皇帝饮食；
尚沐令、尚沐丞，掌皇帝洗浴；
尚席令、尚席丞，掌皇帝就寝用具；
太官令、太官丞，掌烹调皇帝饮食，主御膳食；
太医令、太医丞，掌皇帝与后宫医药；
都水长、都水丞，掌诸郡县水利事务，在各重要水系都派驻官署；
乐府令、乐府丞，掌宫廷音乐的排练、演奏、整理，以及音乐艺人的管理；
永巷令，掌后宫宦官、宫女的生活，以及宫人犯罪的惩处；
宦者令，掌宫中诸宦官；
中书谒者令、中书谒者丞，掌内宫导引、接待、典仪等，以宦官充；
尚书令、尚书丞、尚书仆射，掌宫中文书发启、呈送皇帝。
少府的这些属官中，尚书、中书谒者两个官署对后世各个朝代的政制发展有深远的影响，其余诸“尚”后转为女官。
汉武帝时改革了中—央官制，把中—央官员分为外朝官、内朝官。
外朝官，有丞相及丞相之下的各六百石官，分权三公府。
内朝官，或称中朝官，以少府为基础扩增置或提升地位而成，由皇帝直接差遣，而不专任行政职务。包括大司马和左、右、前、后将军，尚书，以及侍中、散骑、诸吏、诸郎、博士等。