“这可真是蹊跷啊……”阮元想着澳门之事，或许陈中孚所言也是道听途说，未必符合实情，只得向陈中孚道：“既然如此，我们就先去澳门吧，先告诉那艘小西洋兵船，澳门本是大清疆土，即便是他们大西洋人自己互斗，也自当清楚澳门尚有中国百姓，所以不许用兵，只待我二人前去商议！等澳门的事解决了，我再去阅兵，如何？”
“那就有劳阮总制了！”陈中孚当即向阮元拜谢道。
两日之后，阮元便即打点好行装，准备出门阅兵了。阅兵之前，阮元和陈中孚一路南下，很快到了澳门。
可是，澳门方面的情势发展，却已经远远超出了阮元的想象。
“你就是大西洋去年派来澳门的头人吧？你等兵船为何如此不晓事，我已经再三劝谕你等，不得用兵动武，为何前日夜间，他们竟还从兵船上差人下来，擅自扣押了那边的兵头保连玉？听他们说，这次从小西洋前来，也是为了救你脱困，那这件事，就劳烦你向我们说清始末了。”这一日，阮元也抵达了澳门的同知衙署，左右两旁各有十余个葡萄牙人，在例设屏风阻隔下与阮元隔着屏风对立，阮元这时问的乃是右手边之人。清朝在澳门虽未设县治，但考虑到澳门已经成为商港，另有不少国人居住在内，便在澳门设置了一个同知之位，阮元这次前来，便暂时借用了同知衙署讯问澳门兵变之事。
原来，就在阮元抵达澳门前两日，葡萄牙海军从果阿东进，一直停泊在澳门外海的那艘军舰，已经卸下小船，派遣数十兵士登陆，将之前的澳门兵头拿捕，并且救出了之前被澳门士兵软禁的澳门总督亚利亚加。而清朝所谓“小西洋”，其实指的就是印度一带，既包括英国东印度公司的辖地，也包括葡萄牙的果阿，其中细节国人往往不愿深究，只一概称为“小西洋”了事。这亚利亚加听了阮元询问，当即答道：“总督大人，您也看到了，对面这个自立为兵头的保连玉，根本就不得人心！我们的兵船只用了七十个人，就将这保连玉一党悉数抓获，而且昨日他们登岸之时，也没有伤害一个澳门的中国人。这样说您就该明白了，我才是葡萄牙国王钦定的总督，而他不过是自立兵头的乱臣贼子！那么大人，我将这乱臣贼子带回国内接受审判，您也应该同意吧？”
这亚利亚加担任总督之前，便曾在澳门居住，是以深谙中国官场之事，与阮元交涉时，其他言语均是他说葡语，一旁翻译帮忙译解，唯独这“乱臣贼子”四字，他自己说的就是中文。阮元听翻译将他言语一一译过，也向另一旁一名居中的被缚之人问道：“你可是保连玉？”
“是的，我是保利尼奥.达.席尔瓦.巴尔博萨。”这位名叫保连玉的被缚军官模样之人向阮元答道。（按此时葡萄牙驻澳门自立，后被擒获之人，依今日葡语译名，即为保利尼奥.达.席尔瓦.巴尔博萨，一般称为巴尔博萨或巴波沙，因其人全名甚长，且清代官方文献均记载为保连玉，后文均按保连玉之名称之。）
“既然他们所言兵变的兵头，就是你本人无疑，那我先问问你，你为何要监禁你们原来这位头人，为何要拥兵自立？”阮元自然也记不住保连玉全名，但通过翻译译解，已然确认此人就是所有在场之人口中的保连玉，便即继续问道。
“我……我是为了我们所有澳门葡萄牙人的权利！”不想这保连玉方一开口，竟是语出惊人：“我们的国家在改革，如果改革成功了，我们所有澳门葡萄牙人的个人权利，都会受到更好的保护和肯定。但是……但是这些人顽固不化，不允许我们改革，他们……他们会害了葡萄牙的！总督大人，我虽然驱逐了这位原来的总督，但我并不想自己做总督，我们选了自己的百姓，出来组成议事局，由会议决定澳门一切政事，我不是为了自己！更何况，我们议事局的成立，已经得到了我们国王许可，这个原来的总督，也已经被我们国王罢免了，总督大人，我……我们在这里做的一切，都是符合我们葡萄牙法律的啊？”说着，保连玉也看向自己怀中，似乎是在暗示阮元，自己手中尚有国王签署的委任状。
“去搜搜看。”阮元当即吩咐了下来，两名官兵便即将保连玉身上搜了一遍，很快取出一张纸来。阮元当即命令翻译译成中文，待阮元看到这篇委任状时，只见汉文确是同意保连玉管理澳门事务的字样，也便点了点头。
“总督大人，国王陛下的谕令，我这里也有！”不想亚利亚加略一沉思，竟也从一旁随从手中接过两张纸来，亚利亚加也继续向阮元道：“总督大人，我这里有两份，一份是他们这些人闹事的时候，我们国王送来的谕令，国王陛下听说他们闹事，严厉谴责了他们！第二封是昨日果阿的船上送来的，已经同意将保连玉拿捕，另择总督管理澳门！大人，您要是不相信，也可以问问下面这些兵士，他们都是忠于国王陛下之人，这保连玉什么澳门百姓一般的言语，都是他收买人心的借口！还请大人明察，让我们将保连玉带回国内，这件事，不就结束了吗？”
一时之间，下属吏员已经将亚利亚加所持两份文书翻译完毕，阮元看着三份文书内容，竟然完全相反，一时也是大惑不解，便又让人将三分文书一并取来。尽管阮元对葡萄牙文一字不识，但看着文书下面签署之人的笔迹，却是完全相同，绝非多人签名所能写成。
“陈中丞，你也来看看，这几个名字，像是同一个人写的吗？”阮元也让陈中孚上前详加观察，可是陈中孚同样看不出什么差别，只好向阮元点了点头。
“这位头人，你等国王为何如此反复无常啊？”阮元看着三份内容相反的文章竟是同一人签署，也不觉向亚利亚加问道：“你等国王一会儿责备这保连玉专擅，一会儿又准许你等换立，一会又同意捕拿保连玉，他到底是想做什么？你等如此各执一词，我怎么能看出来，你们谁是国王真正认同的头人或者兵头啊？”
“总督大人，您可以看一下下面的签署日期，我这里后面那一封，是最新的。”亚利亚加当即补充道。
“总制大人，小人方才翻译之时，看到了上面的西洋数字，距离现在最近的一封，确实是那封要求小西洋捕拿保连玉的文书。”一旁的翻译也向阮元解释道。
“既然如此，那还是依从你等国王最后的意见吧。”阮元想着葡萄牙人内部事务，本就不该清朝方面强加干涉，便即同意了亚利亚加引渡保连玉回国，但是想着这位“大西洋国王”言行不一之举，阮元也实在有些担忧，只好向亚利亚加补充道：“还有，你等归国之后，我劝你们也应该向你等国王劝谏一番，为君者，应当言而有信，若是反复无常，只会招致民怨，你等臣下之中，或许也会再出现这种谋乱之人，劝谏的时候，言语也委婉一些，这样你们的国王或许还能听得进去。另外，你们的兵船是从小西洋开过来的吧？这里是南海，本来是我大清外洋，你们看外面的山岛之上，那也都是大清的百姓，如今英吉利人也没有侵犯你等，澳门是安全的，你们本不该擅自派兵船过来。这次你们确实没伤着澳门的大清百姓，就既往不咎吧，但是，十日之内，你等务要将兵船开回去，不得再停留于澳门外洋之上！这保连玉就由你等带走吧，剩下的事，就是你们国家自己要做的了。”
“谢谢总督大人，总督大人明察！”亚利亚加当即向阮元答道。
“总督大人，不是……不是这样的！”看起来，这保连玉似乎对于自己被擒依然不服，还想着争辩一番。
“本部堂都说过了，你们大西洋人互相争斗，若是有国王谕令，就依从你们国王之言，我们不会继续参与，你若是还有哪里不服，只回国去申辩吧。剩下的事，就不是我们能够作主的了。”阮元想着澳门之事虽毕，但还有各地阅兵要事尚待解决，也不想在澳门过多停留，当即驳回了保连玉，便同陈中孚等人一道离去了。
过得数日，阮元和陈中孚总结澳门方面情报，认为葡萄牙人虽有争斗，大体尚属安静，也没有破坏当地国人生活，而澳门的葡萄牙人也多有供述，称之前保连玉反抗亚利亚加，自己便是被迫参与。这样一来，阮元和陈中孚便也认定，保连玉“国人权利”之语乃是借口，遂对他辩解之言不复过问，只将澳门政变情况联名上奏，以示澳门重归和平，道光无须担心。
然而，阮元终其一生，却也不清楚澳门事件背后的完整情况。
原来，拿破仑战争之时，葡萄牙由于维护王权专制，投入了反法同盟之中，可嘉庆中叶，葡萄牙却受到法国直接进攻，加上英国方面也想趁火打劫，葡萄牙王室认为欧洲大陆不安全，便即迁居到了南美巴西，在海外继续维持葡萄牙王国。后来拿破仑战败，葡萄牙得到复国，可实际管理葡萄牙事务的却是英国人，英国也一度在葡萄牙安置了驻军，如此一连数年，直到道光元年，葡萄牙人因为对英国这种实际控制不满，终于发起群众运动，驱逐了当时的葡萄牙傀儡政府，并重新迎立彼时远在巴西的国王若昂六世回国。而阮元所了解到的葡萄牙国王，也就是这位若昂六世。
面对英国人的居高临下，葡萄牙国内不满之情高涨，即便是远在东亚的澳门地区，也曾经一度同阮元进行联系，尝试共同防御英国。但道光元年若昂六世回国之后，眼看政局已然稳定，葡萄牙人却对未来的发展方向产生了分歧。一部分市民代表和开明贵族认为应该学习路易十六末年的法国，改国体为君主立宪制，而很多亲附若昂六世的贵族却不以为然，依然坚持旧有专制体制。但若昂六世本身是在巴西即位，国内根基尚浅，眼看葡萄牙本土立宪势力声势浩大，便即主动妥协，在道光二年颁布了葡萄牙宪法。只是葡萄牙立宪之时，并未给予巴西人同等权利，这一举动也直接导致了同年巴西从葡萄牙独立。
国内立宪的消息传到澳门之后，澳门的土生葡人也产生了分歧，一些进步葡人主动要求澳门当局接受立宪，并开设议事局作为决策机关。但彼时澳门总督亚利亚加乃是旧政权委任，对立宪之事不以为然。许多葡人眼看亚利亚加拒绝开设议事局，一时群情激愤，便在同为土生澳门葡人的保连玉带领下，一举推翻了亚利亚加政府，拥立保连玉管理葡萄牙军务，政务则由议事局管理。若昂六世最初担心澳门闹出大乱，故而下发诏令维持了亚利亚加的总督地位，但不久后他就听闻澳门自行成立议事局，想着跟自己立宪并不冲突，便又下发了一道谕令，支持保连玉管理澳门事务，并承认议事局存在。
然而，葡萄牙国内的立宪之事却并非一帆风顺，相反，即便是英国管理之下的葡萄牙，也有很多人并不认可立宪，立宪之后，这些人反而重新集结，并于道光三年初公开向立宪派与若昂六世发难，甚至若昂六世之子米格尔，也一度成了专制派的代表。若昂六世原本对于国王权力尚不热心，眼看支持者日众，却也有了野心，想着扩大王权，并与立宪派对抗。于是，葡萄牙很快修改了宪法，大幅扩充王权，而果阿总督阿尔布克尔克也了解到国内局势，为了向若昂六世效忠，主动要求派兵前往澳门逮捕保连玉，重新扶正亚利亚加。若昂六世眼看自己权力已经渐渐巩固，便弃立宪派于不顾，重新下发诏令，同意了果阿向澳门派出军舰。
此后保连玉便被押解回国，而葡萄牙的立宪事业也是一波三折，若昂六世不久后便即病逝，已经在巴西自立为巴西皇帝的佩德罗回国，和米格尔相互争斗，葡萄牙政局也在严格立宪与扩充王权之间左右摇摆，一直过了二十年，立宪的理念才真正深入人心。但由政治动荡造成的葡萄牙内耗，却也并未因立宪的发展而得到多少改善。
而道光三年的澳门斗争，或许也是阮元第一次接触君主立宪制，它所对清王朝产生的影响，可以说是无限接近于零。